Projektbeschreibung
Sequenzierungsbasierte 3D-Mikroskopie für räumliche molekulare Karten
Die derzeitigen Verfahren der molekularen Bildgebung und der räumlichen Transkriptomik sind teuer, haben einen begrenzten Durchsatz und sind durch ihren zweidimensionalen Charakter eingeschränkt. Im Rahmen des EU-finanzierten Projekts VOLUMINEX wird eine auf 3D-Sequenzierung basierende Mikroskopiemethode zur Erstellung räumlicher molekularer Karten unter Verwendung von DNS-Barcode-Netzwerken entwickelt. Dieser Prozess beginnt mit Gewebeproben und gipfelt in erschwinglichen molekularen Bildern, die der Forschung und der klinischen Diagnostik den Zugang zu fortgeschrittener Bildgebung erleichtern. Das Projektteam wird diese Technologie mit biowissenschaftlicher Unterstützung auf Organoide anwenden. Die Projektpartner werden außerdem Algorithmen entwickeln, um die rechnerischen Herausforderungen zu bewältigen. Ziel ist es, umfassende räumliche und transkriptomische Bildgebung erschwinglich und zugänglich zu gestalten.
Ziel
Current molecular imaging and spatial transcriptomics methods are limited in throughput and affordability, and are constrained by inherent 2-dimensionality. We propose the Volumetric UMI Network Explorer (VOLUMINEX), a 3D implementation of sequencing-based microscopy. This radical alternative to optical imaging builds spatial molecular maps by sequencing DNA barcode networks where each node is a clonally amplified DNA patch, and each edge indicates inter-node proximity. The resulting network reveals gene identities along with their locations without a reference map. We propose an end-to-end pipeline starting with a tissue, followed by enzymatic processing steps, and ending with sequencing and a computational reconstruction to form a molecular image. We envision this procedure as an off-the-shelf commercial kit, offering an inexpensive alternative to advanced imaging instrumentation, expanding access to more researchers and potentially even clinical diagnostic settings. We are led by a Stockholm-based tech-dev team with seminal contributions to the field of sequencing-based microscopy, and a Stockholm-based company Single Technologies AB with a proprietary 3D sequencing device uniquely suited for validating our technology. We have partnered with an Utrecht-based team of life scientists to develop and deploy our technology on organoids, a rich controllable model tissue-like system perfect for exploring 3D biological imaging. Finally, at the heart of the project are undiscovered laws and physical principles which we aim to uncover and exploit with our Paris-based team of theoreticians, who will develop optimisation, graph theory, and machine learning algorithms to tackle the challenging computational problem of spatial reconstruction presented by sequencing-based microscopy. Through VOLUMINEX, we aim to kick off a new era of molecular imaging where comprehensive spatial and transcriptomic data is accessible, affordable, and 3-dimensional.
Wissenschaftliches Gebiet (EuroSciVoc)
CORDIS klassifiziert Projekte mit EuroSciVoc, einer mehrsprachigen Taxonomie der Wissenschaftsbereiche, durch einen halbautomatischen Prozess, der auf Verfahren der Verarbeitung natürlicher Sprache beruht. Siehe: Das European Science Vocabulary.
CORDIS klassifiziert Projekte mit EuroSciVoc, einer mehrsprachigen Taxonomie der Wissenschaftsbereiche, durch einen halbautomatischen Prozess, der auf Verfahren der Verarbeitung natürlicher Sprache beruht. Siehe: Das European Science Vocabulary.
- Naturwissenschaften Biowissenschaften Genetik DNS
- Naturwissenschaften Naturwissenschaften Optik Mikroskopie
- Sozialwissenschaften Rechtswissenschaften
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Schlüsselbegriffe
Schlüsselbegriffe des Projekts, wie vom Projektkoordinator angegeben. Nicht zu verwechseln mit der EuroSciVoc-Taxonomie (Wissenschaftliches Gebiet).
Schlüsselbegriffe des Projekts, wie vom Projektkoordinator angegeben. Nicht zu verwechseln mit der EuroSciVoc-Taxonomie (Wissenschaftliches Gebiet).
Programm/Programme
Mehrjährige Finanzierungsprogramme, in denen die Prioritäten der EU für Forschung und Innovation festgelegt sind.
Mehrjährige Finanzierungsprogramme, in denen die Prioritäten der EU für Forschung und Innovation festgelegt sind.
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HORIZON.3.1 - The European Innovation Council (EIC)
HAUPTPROGRAMM
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Thema/Themen
Aufforderungen zur Einreichung von Vorschlägen sind nach Themen gegliedert. Ein Thema definiert einen bestimmten Bereich oder ein Gebiet, zu dem Vorschläge eingereicht werden können. Die Beschreibung eines Themas umfasst seinen spezifischen Umfang und die erwarteten Auswirkungen des finanzierten Projekts.
Aufforderungen zur Einreichung von Vorschlägen sind nach Themen gegliedert. Ein Thema definiert einen bestimmten Bereich oder ein Gebiet, zu dem Vorschläge eingereicht werden können. Die Beschreibung eines Themas umfasst seinen spezifischen Umfang und die erwarteten Auswirkungen des finanzierten Projekts.
Finanzierungsplan
Finanzierungsregelung (oder „Art der Maßnahme“) innerhalb eines Programms mit gemeinsamen Merkmalen. Sieht folgendes vor: den Umfang der finanzierten Maßnahmen, den Erstattungssatz, spezifische Bewertungskriterien für die Finanzierung und die Verwendung vereinfachter Kostenformen wie Pauschalbeträge.
Finanzierungsregelung (oder „Art der Maßnahme“) innerhalb eines Programms mit gemeinsamen Merkmalen. Sieht folgendes vor: den Umfang der finanzierten Maßnahmen, den Erstattungssatz, spezifische Bewertungskriterien für die Finanzierung und die Verwendung vereinfachter Kostenformen wie Pauschalbeträge.
HORIZON-EIC - HORIZON EIC Grants
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Aufforderung zur Vorschlagseinreichung
Verfahren zur Aufforderung zur Einreichung von Projektvorschlägen mit dem Ziel, eine EU-Finanzierung zu erhalten.
Verfahren zur Aufforderung zur Einreichung von Projektvorschlägen mit dem Ziel, eine EU-Finanzierung zu erhalten.
(öffnet in neuem Fenster) HORIZON-EIC-2024-PATHFINDEROPEN-01
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Finanzieller Nettobeitrag der EU. Der Geldbetrag, den der Beteiligte erhält, abzüglich des EU-Beitrags an mit ihm verbundene Dritte. Berücksichtigt die Aufteilung des EU-Finanzbeitrags zwischen den direkten Begünstigten des Projekts und anderen Arten von Beteiligten, wie z. B. Dritten.
100 44 Stockholm
Schweden
Die Gesamtkosten, die dieser Organisation durch die Beteiligung am Projekt entstanden sind, einschließlich der direkten und indirekten Kosten. Dieser Betrag ist Teil des Gesamtbudgets des Projekts.