Opis projektu
Przestrzenne mapy molekularne dzięki mikroskopii 3D opartej na sekwencjonowaniu
Obecne techniki obrazowania molekularnego i transkryptomiki przestrzennej są kosztowne, mają określoną przepustowość, a ich możliwości ogranicza dwuwymiarowy charakter. Z tego względu zespół finansowanego ze środków UE projektu VOLUMINEX opracuje opartą na sekwencjonowaniu metodę trójwymiarowej mikroskopii, która umożliwi tworzenie przestrzennych map molekularnych przy użyciu sieci „kodów kreskowych” DNA. Proces ten rozpoczyna się od pobrania próbek tkanki, a kończy na uzyskaniu niedrogich obrazów molekularnych, dzięki czemu zaawansowane obrazowanie stanie się bardziej dostępne dla osób zajmujących się nauką lub diagnostyką kliniczną. Korzystając ze wsparcia badaczy zajmujących się naukami przyrodniczymi, zespół projektu zamierza zastosować tę technologię do organoidów. Z kolei w celu sprostania wyzwaniom związanym z obliczeniami partnerzy projektu opracują również specjalne algorytmy. Celem tych wysiłków jest zmniejszenie kosztów i zwiększenie dostępności kompleksowego obrazowania przestrzennego i transkryptomicznego.
Cel
Current molecular imaging and spatial transcriptomics methods are limited in throughput and affordability, and are constrained by inherent 2-dimensionality. We propose the Volumetric UMI Network Explorer (VOLUMINEX), a 3D implementation of sequencing-based microscopy. This radical alternative to optical imaging builds spatial molecular maps by sequencing DNA barcode networks where each node is a clonally amplified DNA patch, and each edge indicates inter-node proximity. The resulting network reveals gene identities along with their locations without a reference map. We propose an end-to-end pipeline starting with a tissue, followed by enzymatic processing steps, and ending with sequencing and a computational reconstruction to form a molecular image. We envision this procedure as an off-the-shelf commercial kit, offering an inexpensive alternative to advanced imaging instrumentation, expanding access to more researchers and potentially even clinical diagnostic settings. We are led by a Stockholm-based tech-dev team with seminal contributions to the field of sequencing-based microscopy, and a Stockholm-based company Single Technologies AB with a proprietary 3D sequencing device uniquely suited for validating our technology. We have partnered with an Utrecht-based team of life scientists to develop and deploy our technology on organoids, a rich controllable model tissue-like system perfect for exploring 3D biological imaging. Finally, at the heart of the project are undiscovered laws and physical principles which we aim to uncover and exploit with our Paris-based team of theoreticians, who will develop optimisation, graph theory, and machine learning algorithms to tackle the challenging computational problem of spatial reconstruction presented by sequencing-based microscopy. Through VOLUMINEX, we aim to kick off a new era of molecular imaging where comprehensive spatial and transcriptomic data is accessible, affordable, and 3-dimensional.
Dziedzina nauki (EuroSciVoc)
Klasyfikacja projektów w serwisie CORDIS opiera się na wielojęzycznej taksonomii EuroSciVoc, obejmującej wszystkie dziedziny nauki, w oparciu o półautomatyczny proces bazujący na technikach przetwarzania języka naturalnego.
Klasyfikacja projektów w serwisie CORDIS opiera się na wielojęzycznej taksonomii EuroSciVoc, obejmującej wszystkie dziedziny nauki, w oparciu o półautomatyczny proces bazujący na technikach przetwarzania języka naturalnego.
Aby użyć tej funkcji, musisz się zalogować lub zarejestrować
Słowa kluczowe
Program(-y)
- HORIZON.3.1 - The European Innovation Council (EIC) Main Programme
Zaproszenie do składania wniosków
HORIZON-EIC-2024-PATHFINDEROPEN-01
Zobacz inne projekty w ramach tego zaproszeniaSystem finansowania
HORIZON-EIC - HORIZON EIC GrantsKoordynator
100 44 Stockholm
Szwecja