Opis projektu
Przestrzenne mapy molekularne dzięki mikroskopii 3D opartej na sekwencjonowaniu
Obecne techniki obrazowania molekularnego i transkryptomiki przestrzennej są kosztowne, mają określoną przepustowość, a ich możliwości ogranicza dwuwymiarowy charakter. Z tego względu zespół finansowanego ze środków UE projektu VOLUMINEX opracuje opartą na sekwencjonowaniu metodę trójwymiarowej mikroskopii, która umożliwi tworzenie przestrzennych map molekularnych przy użyciu sieci „kodów kreskowych” DNA. Proces ten rozpoczyna się od pobrania próbek tkanki, a kończy na uzyskaniu niedrogich obrazów molekularnych, dzięki czemu zaawansowane obrazowanie stanie się bardziej dostępne dla osób zajmujących się nauką lub diagnostyką kliniczną. Korzystając ze wsparcia badaczy zajmujących się naukami przyrodniczymi, zespół projektu zamierza zastosować tę technologię do organoidów. Z kolei w celu sprostania wyzwaniom związanym z obliczeniami partnerzy projektu opracują również specjalne algorytmy. Celem tych wysiłków jest zmniejszenie kosztów i zwiększenie dostępności kompleksowego obrazowania przestrzennego i transkryptomicznego.
Cel
Current molecular imaging and spatial transcriptomics methods are limited in throughput and affordability, and are constrained by inherent 2-dimensionality. We propose the Volumetric UMI Network Explorer (VOLUMINEX), a 3D implementation of sequencing-based microscopy. This radical alternative to optical imaging builds spatial molecular maps by sequencing DNA barcode networks where each node is a clonally amplified DNA patch, and each edge indicates inter-node proximity. The resulting network reveals gene identities along with their locations without a reference map. We propose an end-to-end pipeline starting with a tissue, followed by enzymatic processing steps, and ending with sequencing and a computational reconstruction to form a molecular image. We envision this procedure as an off-the-shelf commercial kit, offering an inexpensive alternative to advanced imaging instrumentation, expanding access to more researchers and potentially even clinical diagnostic settings. We are led by a Stockholm-based tech-dev team with seminal contributions to the field of sequencing-based microscopy, and a Stockholm-based company Single Technologies AB with a proprietary 3D sequencing device uniquely suited for validating our technology. We have partnered with an Utrecht-based team of life scientists to develop and deploy our technology on organoids, a rich controllable model tissue-like system perfect for exploring 3D biological imaging. Finally, at the heart of the project are undiscovered laws and physical principles which we aim to uncover and exploit with our Paris-based team of theoreticians, who will develop optimisation, graph theory, and machine learning algorithms to tackle the challenging computational problem of spatial reconstruction presented by sequencing-based microscopy. Through VOLUMINEX, we aim to kick off a new era of molecular imaging where comprehensive spatial and transcriptomic data is accessible, affordable, and 3-dimensional.
Dziedzina nauki (EuroSciVoc)
Klasyfikacja projektów w serwisie CORDIS opiera się na wielojęzycznej taksonomii EuroSciVoc, obejmującej wszystkie dziedziny nauki, w oparciu o półautomatyczny proces bazujący na technikach przetwarzania języka naturalnego. Więcej informacji: Europejski Słownik Naukowy.
Klasyfikacja projektów w serwisie CORDIS opiera się na wielojęzycznej taksonomii EuroSciVoc, obejmującej wszystkie dziedziny nauki, w oparciu o półautomatyczny proces bazujący na technikach przetwarzania języka naturalnego. Więcej informacji: Europejski Słownik Naukowy.
- nauki przyrodnicze nauki biologiczne genetyka DNA
- nauki przyrodnicze nauki fizyczne optyka mikroskopia
- nauki społeczne prawo
Aby użyć tej funkcji, musisz się zalogować lub zarejestrować
Przepraszamy… podczas wykonywania operacji wystąpił nieoczekiwany błąd.
Wymagane uwierzytelnienie. Powodem może być wygaśnięcie sesji.
Dziękujemy za przesłanie opinii. Wkrótce otrzymasz wiadomość e-mail z potwierdzeniem zgłoszenia. W przypadku wybrania opcji otrzymywania powiadomień o statusie zgłoszenia, skontaktujemy się również gdy status ulegnie zmianie.
Słowa kluczowe
Słowa kluczowe dotyczące projektu wybrane przez koordynatora projektu. Nie należy mylić ich z pojęciami z taksonomii EuroSciVoc dotyczącymi dziedzin nauki.
Słowa kluczowe dotyczące projektu wybrane przez koordynatora projektu. Nie należy mylić ich z pojęciami z taksonomii EuroSciVoc dotyczącymi dziedzin nauki.
Program(-y)
Wieloletnie programy finansowania, które określają priorytety Unii Europejskiej w obszarach badań naukowych i innowacji.
Wieloletnie programy finansowania, które określają priorytety Unii Europejskiej w obszarach badań naukowych i innowacji.
-
HORIZON.3.1 - The European Innovation Council (EIC)
GŁÓWNY PROGRAM
Wyświetl wszystkie projekty finansowane w ramach tego programu
Temat(-y)
Zaproszenia do składania wniosków dzielą się na tematy. Każdy temat określa wybrany obszar lub wybrane zagadnienie, których powinny dotyczyć wnioski składane przez wnioskodawców. Opis tematu obejmuje jego szczegółowy zakres i oczekiwane oddziaływanie finansowanego projektu.
Zaproszenia do składania wniosków dzielą się na tematy. Każdy temat określa wybrany obszar lub wybrane zagadnienie, których powinny dotyczyć wnioski składane przez wnioskodawców. Opis tematu obejmuje jego szczegółowy zakres i oczekiwane oddziaływanie finansowanego projektu.
System finansowania
Program finansowania (lub „rodzaj działania”) realizowany w ramach programu o wspólnych cechach. Określa zakres finansowania, stawkę zwrotu kosztów, szczegółowe kryteria oceny kwalifikowalności kosztów w celu ich finansowania oraz stosowanie uproszczonych form rozliczania kosztów, takich jak rozliczanie ryczałtowe.
Program finansowania (lub „rodzaj działania”) realizowany w ramach programu o wspólnych cechach. Określa zakres finansowania, stawkę zwrotu kosztów, szczegółowe kryteria oceny kwalifikowalności kosztów w celu ich finansowania oraz stosowanie uproszczonych form rozliczania kosztów, takich jak rozliczanie ryczałtowe.
HORIZON-EIC - HORIZON EIC Grants
Wyświetl wszystkie projekty finansowane w ramach tego programu finansowania
Zaproszenie do składania wniosków
Procedura zapraszania wnioskodawców do składania wniosków projektowych w celu uzyskania finansowania ze środków Unii Europejskiej.
Procedura zapraszania wnioskodawców do składania wniosków projektowych w celu uzyskania finansowania ze środków Unii Europejskiej.
(odnośnik otworzy się w nowym oknie) HORIZON-EIC-2024-PATHFINDEROPEN-01
Wyświetl wszystkie projekty finansowane w ramach tego zaproszeniaKoordynator
Kwota netto dofinansowania ze środków Unii Europejskiej. Suma środków otrzymanych przez uczestnika, pomniejszona o kwotę unijnego dofinansowania przekazanego powiązanym podmiotom zewnętrznym. Uwzględnia podział unijnego dofinansowania pomiędzy bezpośrednich beneficjentów projektu i pozostałych uczestników, w tym podmioty zewnętrzne.
100 44 STOCKHOLM
Szwecja
Ogół kosztów poniesionych przez organizację w związku z uczestnictwem w projekcie. Obejmuje koszty bezpośrednie i pośrednie. Kwota stanowi część całkowitego budżetu projektu.