Descrizione del progetto
Microscopia 3D basata sul sequenziamento per mappe molecolari spaziali
Le attuali tecniche di imaging molecolare e trascrittomica spaziale sono costose, caratterizzate da un rendimento ridotto e limitate dalla loro intrinseca natura bidimensionale. Il progetto VOLUMINEX, finanziato dall’UE, svilupperà un metodo di microscopia basato sul sequenziamento 3D al fine di creare mappe molecolari spaziali utilizzando reti di codici a barre di DNA. Il processo ha inizio con campioni di tessuto e culmina in immagini molecolari a prezzi accessibili, rendendo l’immaginografia avanzata più accessibile ai ricercatori e alla diagnostica clinica. Il progetto applicherà questa tecnologia agli organoidi usufruendo del supporto di scienziati attivi nel settore delle scienze della vita. I partner di VOLUMINEX svilupperanno inoltre algoritmi per affrontare le sfide computazionali con l’obiettivo di rendere l’immaginografia spaziale e trascrittomica di ampia portata accessibile e conveniente.
Obiettivo
Current molecular imaging and spatial transcriptomics methods are limited in throughput and affordability, and are constrained by inherent 2-dimensionality. We propose the Volumetric UMI Network Explorer (VOLUMINEX), a 3D implementation of sequencing-based microscopy. This radical alternative to optical imaging builds spatial molecular maps by sequencing DNA barcode networks where each node is a clonally amplified DNA patch, and each edge indicates inter-node proximity. The resulting network reveals gene identities along with their locations without a reference map. We propose an end-to-end pipeline starting with a tissue, followed by enzymatic processing steps, and ending with sequencing and a computational reconstruction to form a molecular image. We envision this procedure as an off-the-shelf commercial kit, offering an inexpensive alternative to advanced imaging instrumentation, expanding access to more researchers and potentially even clinical diagnostic settings. We are led by a Stockholm-based tech-dev team with seminal contributions to the field of sequencing-based microscopy, and a Stockholm-based company Single Technologies AB with a proprietary 3D sequencing device uniquely suited for validating our technology. We have partnered with an Utrecht-based team of life scientists to develop and deploy our technology on organoids, a rich controllable model tissue-like system perfect for exploring 3D biological imaging. Finally, at the heart of the project are undiscovered laws and physical principles which we aim to uncover and exploit with our Paris-based team of theoreticians, who will develop optimisation, graph theory, and machine learning algorithms to tackle the challenging computational problem of spatial reconstruction presented by sequencing-based microscopy. Through VOLUMINEX, we aim to kick off a new era of molecular imaging where comprehensive spatial and transcriptomic data is accessible, affordable, and 3-dimensional.
Campo scientifico (EuroSciVoc)
CORDIS classifica i progetti con EuroSciVoc, una tassonomia multilingue dei campi scientifici, attraverso un processo semi-automatico basato su tecniche NLP. Cfr.: Il Vocabolario Scientifico Europeo.
CORDIS classifica i progetti con EuroSciVoc, una tassonomia multilingue dei campi scientifici, attraverso un processo semi-automatico basato su tecniche NLP. Cfr.: Il Vocabolario Scientifico Europeo.
- scienze naturali scienze biologiche genetica DNA
- scienze naturali scienze fisiche ottica microscopia
- scienze sociali legge
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Parole chiave
Parole chiave del progetto, indicate dal coordinatore del progetto. Da non confondere con la tassonomia EuroSciVoc (campo scientifico).
Parole chiave del progetto, indicate dal coordinatore del progetto. Da non confondere con la tassonomia EuroSciVoc (campo scientifico).
Programma(i)
Programmi di finanziamento pluriennali che definiscono le priorità dell’UE in materia di ricerca e innovazione.
Programmi di finanziamento pluriennali che definiscono le priorità dell’UE in materia di ricerca e innovazione.
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HORIZON.3.1 - The European Innovation Council (EIC)
PROGRAMMA PRINCIPALE
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Argomento(i)
Gli inviti a presentare proposte sono suddivisi per argomenti. Un argomento definisce un’area o un tema specifico per il quale i candidati possono presentare proposte. La descrizione di un argomento comprende il suo ambito specifico e l’impatto previsto del progetto finanziato.
Gli inviti a presentare proposte sono suddivisi per argomenti. Un argomento definisce un’area o un tema specifico per il quale i candidati possono presentare proposte. La descrizione di un argomento comprende il suo ambito specifico e l’impatto previsto del progetto finanziato.
Meccanismo di finanziamento
Meccanismo di finanziamento (o «Tipo di azione») all’interno di un programma con caratteristiche comuni. Specifica: l’ambito di ciò che viene finanziato; il tasso di rimborso; i criteri di valutazione specifici per qualificarsi per il finanziamento; l’uso di forme semplificate di costi come gli importi forfettari.
Meccanismo di finanziamento (o «Tipo di azione») all’interno di un programma con caratteristiche comuni. Specifica: l’ambito di ciò che viene finanziato; il tasso di rimborso; i criteri di valutazione specifici per qualificarsi per il finanziamento; l’uso di forme semplificate di costi come gli importi forfettari.
HORIZON-EIC - HORIZON EIC Grants
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Invito a presentare proposte
Procedura per invitare i candidati a presentare proposte di progetti, con l’obiettivo di ricevere finanziamenti dall’UE.
Procedura per invitare i candidati a presentare proposte di progetti, con l’obiettivo di ricevere finanziamenti dall’UE.
(si apre in una nuova finestra) HORIZON-EIC-2024-PATHFINDEROPEN-01
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Contributo finanziario netto dell’UE. La somma di denaro che il partecipante riceve, decurtata dal contributo dell’UE alla terza parte collegata. Tiene conto della distribuzione del contributo finanziario dell’UE tra i beneficiari diretti del progetto e altri tipi di partecipanti, come i partecipanti terzi.
100 44 STOCKHOLM
Svezia
I costi totali sostenuti dall’organizzazione per partecipare al progetto, compresi i costi diretti e indiretti. Questo importo è un sottoinsieme del bilancio complessivo del progetto.