Comparative signature of Marburg virus cell activation as a blueprint for the identification of antiviral targets against newly emerging viruses

Informations projet

COMBINE

N° de convention de subvention: 101191739

DOI

10.3030/101191739

Date de signature de la CE 7 Novembre 2024

Date de début 1 Janvier 2025

Date de fin 31 Decembre 2029

Financé au titre de

• Health

Coût total

€ 7 285 043,75

Contribution de l’UE

€ 7 285 043,75

Coordonné par

HELMHOLTZ-ZENTRUM FUR INFEKTIONSFORSCHUNG GMBH
Germany

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Les liens vers les livrables et les publications des projets du 7e PC, ainsi que les liens vers certains types de résultats spécifiques tels que les jeux de données et les logiciels, sont récupérés dynamiquement sur OpenAIRE .

Publications

Peer reviewed articles (11)

iDeepLC: Chemical Structure Information Yields Improved Retention Time Prediction of Peptides with Unseen Modifications

Auteurs: Alireza Nameni, Arthur Declercq, Ralf Gabriels, Robbe Devreese, Sven Degroeve, Amélie De Maesschalck, Maarten Dhaenens, Cristina Chiva, Eduard Sabidó, Lennart Martens, Robbin Bouwmeester
Publié dans: Analytical Chemistry, Numéro 98, 2026, ISSN 0003-2700
Éditeur: American Chemical Society (ACS)
DOI: 10.1021/ACS.ANALCHEM.5C08017

The <i>Escherichia coli</i> PeptideAtlas Build: Characterizing the Observed <i>Escherichia coli</i> Pan-Proteome and Its Post-Translational Modifications

Auteurs: Caroline Jachmann, Zhi Sun, Kevin Velghe, Florence Arsène-Ploetze, Aurélie Hirschler, Jasper Zuallaert, Christine Carapito, Robbin Bouwmeester, Kay Nieselt, Eric W. Deutsch, Lennart Martens, Ralf Gabriels, Tim Van Den Bossche
Publié dans: Journal of Proteome Research, Numéro 25, 2026, ISSN 1535-3893
Éditeur: American Chemical Society (ACS)
DOI: 10.1021/ACS.JPROTEOME.5C00902

msqrob2TMT: Robust Linear Mixed Models for Inferring Differential Abundant Proteins in Labeled Experiments With Arbitrarily Complex Design

Auteurs: Stijn Vandenbulcke, Christophe Vanderaa, Oliver Crook, Lennart Martens, Lieven Clement
Publié dans: Molecular &amp; Cellular Proteomics, Numéro 24, 2025, ISSN 1535-9476
Éditeur: Elsevier BV
DOI: 10.1016/J.MCPRO.2025.101002

Transfer learning in DeepLC improves LC retention time prediction across substantially different modifications and setups

Auteurs: Robbin Bouwmeester, Alireza Nameni, Arthur Declercq, Robbe Devreese, Kevin Velghe, Vladimir Gorshkov, Pelayo A. Penanes, Frank Kjeldsen, Magali Rompais, Christine Carapito, Ralf Gabriels, Lennart Martens
Publié dans: Nature Communications, Numéro 17, 2026, ISSN 2041-1723
Éditeur: Springer Science and Business Media LLC
DOI: 10.1038/S41467-026-68981-5

Organizing the interface—Plasma membrane architecture and receptor dynamics in virus‐cell interactions

Auteurs: Jan Schlegel, Christian Sieben
Publié dans: FEBS Letters, 2026, ISSN 0014-5793
Éditeur: Wiley
DOI: 10.1002/1873-3468.70347

MultiStageSearch: An Iterative Workflow for Unbiased Taxonomic Analysis of Pathogens Using Proteogenomics

Auteurs: Julian Pipart, Tanja Holstein, Lennart Martens, Thilo Muth
Publié dans: Journal of Proteome Research, Numéro 24, 2025, ISSN 1535-3893
Éditeur: American Chemical Society (ACS)
DOI: 10.1021/ACS.JPROTEOME.4C00901

TIMS ² Rescore: A Data Dependent Acquisition-Parallel Accumulation and Serial Fragmentation-Optimized Data-Driven Rescoring Pipeline Based on MS ² Rescore

Auteurs: Arthur Declercq, Robbe Devreese, Jonas Scheid, Caroline Jachmann, Tim Van Den Bossche, Annica Preikschat, David Gomez-Zepeda, Jeewan Babu Rijal, Aurélie Hirschler, Jonathan R Krieger, Tharan Srikumar, George Rosenberger, Claudia Martelli, Dennis Trede, Christine Carapito, Stefan Tenzer, Juliane S Walz, Sven Degroeve, Robbin Bouwmeester, Lennart Martens, Ralf Gabriels
Publié dans: Journal of Proteome Research, Numéro 24, 2025, ISSN 1535-3893
Éditeur: American Chemical Society (ACS)
DOI: 10.1021/ACS.JPROTEOME.4C00609

Single influenza A viruses induce nanoscale cellular reprogramming at the virus-cell interface

Auteurs: Lukas Broich, Hannah Wullenkord, Maria Kaukab Osman, Yang Fu, Mathias Müsken, Peter Reuther, Mark Brönstrup, Christian Sieben
Publié dans: Nature Communications, Numéro 16, 2025, ISSN 2041-1723
Éditeur: Springer Science and Business Media LLC
DOI: 10.1038/S41467-025-58935-8

MLMarker: a machine learning framework for tissue inference and biomarker discovery

Auteurs: Tine Claeys, Sam van Puyenbroeck, Kris Gevaert, Lennart Martens
Publié dans: Genome Biology, Numéro 27, 2026, ISSN 1474-760X
Éditeur: Springer Science and Business Media LLC
DOI: 10.1186/S13059-026-04125-8

omicsGMF: a multi-tool for dimensionality reduction, batch correction and imputation in bulk- and single-cell proteomics

Auteurs: Alexandre Segers, Cristian Castiglione, Christophe Vanderaa, Lennart Martens, Davide Risso, Lieven Clement
Publié dans: Nature Communications, Numéro 17, 2026, ISSN 2041-1723
Éditeur: Springer Science and Business Media LLC
DOI: 10.1038/S41467-026-73402-8

Collisional Cross-Section Prediction for Multiconformational Peptide Ions with IM2Deep

Auteurs: Robbe Devreese, Alireza Nameni, Arthur Declercq, Emmy Terryn, Ralf Gabriels, Francis Impens, Kris Gevaert, Lennart Martens, Robbin Bouwmeester
Publié dans: Analytical Chemistry, Numéro 97, 2025, ISSN 0003-2700
Éditeur: American Chemical Society (ACS)
DOI: 10.1021/ACS.ANALCHEM.5C01142