Descrizione del progetto
Le sequenze di DNA plasmano l’organizzazione cromosomica attraverso le proprietà meccaniche
Le sequenze di DNA influiscono sia sulla codifica delle proteine sia sulle loro proprietà meccaniche, incidendo sulla regolazione genica e sull’organizzazione della cromatina. Tuttavia, l’impatto di queste caratteristiche meccaniche sulle funzioni biologiche rimane per lo più inesplorato. Sostenuto dal programma di azioni Marie Skłodowska-Curie, il progetto MECHGEN svilupperà un modello di dinamica molecolare per studiare il modo in cui le sequenze di DNA influiscono sull’organizzazione cromosomica. Il progetto esaminerà il modo in cui le sequenze influiscono sulle deformazioni topologiche e sui danni al DNA superavvolto, nonché il loro effetto sulla struttura e sulla funzione della cromatina. Combinando simulazioni e dati sperimentali, l’obiettivo è ampliare la nostra comprensione della stabilità genomica e della regolazione genica, con potenziali ripercussioni sul trattamento delle malattie genetiche.
Obiettivo
Beyond its role in encoding the primary structure of proteins, the sequence of DNA also determines its mechanical properties such as shape and flexibility. This sequence-specific mechanical code significantly influences interactions between the cellular machinery and the genome, affecting critical processes such as gene regulation and chromatin organization. However, the extent to which this MECHanical GENome drives biological function remains largely unexplored. MECHGEN seeks to bridge this gap by leveraging a recently developed coarse-graining methodology to construct a multi-resolution molecular dynamics (MD) model that integrates sequence-dependent elastic properties of DNA. This model will enable efficient simulations of genomic length DNA, chromatin, and other biologically relevant systems.
Using this new methodology, we propose to study two aspects of chromosomal organization. The first will investigate how DNA sequence influences the distribution of topological strains and how sequence context determines the exposure of DNA damage in supercoiled DNA, offering new insights into genomic stability and repair mechanisms. The second line of investigation will explore how DNA sequence shapes chromatin structure and function, focusing on nucleosome positioning and higher-order chromatin architectures. By combining coarse-grained simulations with experimental data, MECHGEN aims to clarify the role of sequence variations in chromosomal organization and gene regulation. These findings could significantly impact our understanding of genomic function and stability, with potential applications in the study and treatment of genetic diseases.
Campo scientifico (EuroSciVoc)
CORDIS classifica i progetti con EuroSciVoc, una tassonomia multilingue dei campi scientifici, attraverso un processo semi-automatico basato su tecniche NLP. Cfr.: Il Vocabolario Scientifico Europeo.
CORDIS classifica i progetti con EuroSciVoc, una tassonomia multilingue dei campi scientifici, attraverso un processo semi-automatico basato su tecniche NLP. Cfr.: Il Vocabolario Scientifico Europeo.
- scienze naturali scienze biologiche genetica DNA
- scienze naturali scienze biologiche biochimica biomolecole proteine
- scienze naturali scienze biologiche genetica genomi
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Parole chiave
Parole chiave del progetto, indicate dal coordinatore del progetto. Da non confondere con la tassonomia EuroSciVoc (campo scientifico).
Parole chiave del progetto, indicate dal coordinatore del progetto. Da non confondere con la tassonomia EuroSciVoc (campo scientifico).
Programma(i)
Programmi di finanziamento pluriennali che definiscono le priorità dell’UE in materia di ricerca e innovazione.
Programmi di finanziamento pluriennali che definiscono le priorità dell’UE in materia di ricerca e innovazione.
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HORIZON.1.2 - Marie Skłodowska-Curie Actions (MSCA)
PROGRAMMA PRINCIPALE
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Argomento(i)
Gli inviti a presentare proposte sono suddivisi per argomenti. Un argomento definisce un’area o un tema specifico per il quale i candidati possono presentare proposte. La descrizione di un argomento comprende il suo ambito specifico e l’impatto previsto del progetto finanziato.
Gli inviti a presentare proposte sono suddivisi per argomenti. Un argomento definisce un’area o un tema specifico per il quale i candidati possono presentare proposte. La descrizione di un argomento comprende il suo ambito specifico e l’impatto previsto del progetto finanziato.
Meccanismo di finanziamento
Meccanismo di finanziamento (o «Tipo di azione») all’interno di un programma con caratteristiche comuni. Specifica: l’ambito di ciò che viene finanziato; il tasso di rimborso; i criteri di valutazione specifici per qualificarsi per il finanziamento; l’uso di forme semplificate di costi come gli importi forfettari.
Meccanismo di finanziamento (o «Tipo di azione») all’interno di un programma con caratteristiche comuni. Specifica: l’ambito di ciò che viene finanziato; il tasso di rimborso; i criteri di valutazione specifici per qualificarsi per il finanziamento; l’uso di forme semplificate di costi come gli importi forfettari.
HORIZON-TMA-MSCA-PF-EF - HORIZON TMA MSCA Postdoctoral Fellowships - European Fellowships
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Invito a presentare proposte
Procedura per invitare i candidati a presentare proposte di progetti, con l’obiettivo di ricevere finanziamenti dall’UE.
Procedura per invitare i candidati a presentare proposte di progetti, con l’obiettivo di ricevere finanziamenti dall’UE.
(si apre in una nuova finestra) HORIZON-MSCA-2024-PF-01
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Contributo finanziario netto dell’UE. La somma di denaro che il partecipante riceve, decurtata dal contributo dell’UE alla terza parte collegata. Tiene conto della distribuzione del contributo finanziario dell’UE tra i beneficiari diretti del progetto e altri tipi di partecipanti, come i partecipanti terzi.
EH8 9YL Edinburgh
Regno Unito
I costi totali sostenuti dall’organizzazione per partecipare al progetto, compresi i costi diretti e indiretti. Questo importo è un sottoinsieme del bilancio complessivo del progetto.