Description du projet
Déchiffrer les bases mécaniques de la régulation des gènes
Les nucléosomes sont les unités de base de la chromatine, constitués d’ADN enroulé autour de protéines histones. Le positionnement des nucléosomes est un processus dynamique piloté par l’interaction entre la séquence d’ADN, les complexes de chromatine et d’autres facteurs, influençant les régions d’ADN accessibles à la transcription. Des récentes données indiquent que ce positionnement dépend également des propriétés mécaniques de l’ADN au niveau des régions promotrices des gènes. Avec le soutien du programme Actions Marie Skłodowska-Curie, le projet MebaGINO va étudier les mécanismes biophysiques qui régissent le positionnement des nucléosomes, et concentrer ses recherches sur l’enzyme de remodelage de la chromatine INO80. Les chercheurs s’appuieront sur des données de laboratoire pour générer un modèle biophysique capable d’expliquer comment les signaux mécaniques contrôlent le remodelage de la chromatine.
Objectif
Recent breakthroughs found that mechanical features of gene promoters influence nucleosome positioning through ATP-dependent chromatin remodeling enzymes. This finding challenges classical models of DNA-sequence-dependent histone recruitment. While mechanisms for the translation of DNA’s physical parameters to nucleosome positions are debated, their experimental validation is still pending. MebaGINO aims to address this fundamental gap in knowledge. Taking advantage of recent advances in time-resolved CryoEM, I will answer the following research question:
What is the biophysical mechanism underlying the influence of DNA mechanics on nucleosome positioning by INO80?
I will use the INO80 chromatin remodeler as a model system to understand how nucleosomes are positioned adjacent to gene promoters featuring specific mechanical patterns. Firstly, I will interrogate how the nucleosome translocation process will be stalled through substitution of ATP with ATP-analogues on DNA with varying stiffness. From these experiments, I will obtain molecular structures via single-particle CryoEM. Next, I will obtain molecular structures from short-lived states using time-resolved CryoEM. For this, I will contribute to the development of an automated platform for CryoEM sample freezing which will be made available to the scientific community via EMBL's Electron Microscopy facility. Finally, I will build a biophysical model explaining the influence of DNA mechanics on INO80’s translocation process. Thus, I will provide novel views onto the mechanical basis of gene regulation which are relevant beyond fundamental research as for example during cancer development.
During this project, I will receive extensive training on cutting-edge structural biology instrumentation while contributing with my nanotechnology skills. Combined with my biophysics background, this fellowship will enable me to establish an interdisciplinary research group focused on structural biophysics.
Champ scientifique (EuroSciVoc)
CORDIS classe les projets avec EuroSciVoc, une taxonomie multilingue des domaines scientifiques, grâce à un processus semi-automatique basé sur des techniques TLN. Voir: Le vocabulaire scientifique européen.
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- sciences naturelles sciences biologiques génétique ADN
- sciences naturelles sciences physiques optique microscopie
- sciences naturelles sciences biologiques biophysique
- sciences naturelles sciences biologiques génétique génome
- sciences naturelles sciences biologiques biochimie biomolécule protéines enzyme
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Mots‑clés
Les mots-clés du projet tels qu’indiqués par le coordinateur du projet. À ne pas confondre avec la taxonomie EuroSciVoc (champ scientifique).
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Programme(s)
Programmes de financement pluriannuels qui définissent les priorités de l’UE en matière de recherche et d’innovation.
Programmes de financement pluriannuels qui définissent les priorités de l’UE en matière de recherche et d’innovation.
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HORIZON.1.2 - Marie Skłodowska-Curie Actions (MSCA)
PROGRAMME PRINCIPAL
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Thème(s)
Les appels à propositions sont divisés en thèmes. Un thème définit un sujet ou un domaine spécifique dans le cadre duquel les candidats peuvent soumettre des propositions. La description d’un thème comprend sa portée spécifique et l’impact attendu du projet financé.
Les appels à propositions sont divisés en thèmes. Un thème définit un sujet ou un domaine spécifique dans le cadre duquel les candidats peuvent soumettre des propositions. La description d’un thème comprend sa portée spécifique et l’impact attendu du projet financé.
Régime de financement
Régime de financement (ou «type d’action») à l’intérieur d’un programme présentant des caractéristiques communes. Le régime de financement précise le champ d’application de ce qui est financé, le taux de remboursement, les critères d’évaluation spécifiques pour bénéficier du financement et les formes simplifiées de couverture des coûts, telles que les montants forfaitaires.
Régime de financement (ou «type d’action») à l’intérieur d’un programme présentant des caractéristiques communes. Le régime de financement précise le champ d’application de ce qui est financé, le taux de remboursement, les critères d’évaluation spécifiques pour bénéficier du financement et les formes simplifiées de couverture des coûts, telles que les montants forfaitaires.
HORIZON-TMA-MSCA-PF-EF - HORIZON TMA MSCA Postdoctoral Fellowships - European Fellowships
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Appel à propositions
Procédure par laquelle les candidats sont invités à soumettre des propositions de projet en vue de bénéficier d’un financement de l’UE.
Procédure par laquelle les candidats sont invités à soumettre des propositions de projet en vue de bénéficier d’un financement de l’UE.
(s’ouvre dans une nouvelle fenêtre) HORIZON-MSCA-2024-PF-01
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La contribution financière nette de l’UE est la somme d’argent que le participant reçoit, déduite de la contribution de l’UE versée à son tiers lié. Elle prend en compte la répartition de la contribution financière de l’UE entre les bénéficiaires directs du projet et d’autres types de participants, tels que les participants tiers.
69117 Heidelberg
Allemagne
Les coûts totaux encourus par l’organisation concernée pour participer au projet, y compris les coûts directs et indirects. Ce montant est un sous-ensemble du budget global du projet.