Descrizione del progetto
Decodificare le basi meccaniche della regolazione genica
I nucleosomi sono le unità fondamentali della cromatina e sono costituiti da DNA avvolto attorno alle proteine istoniche. Il posizionamento dei nucleosomi è un processo dinamico guidato dall’interazione tra sequenza del DNA, complessi della cromatina e altri fattori, che influenza quali regioni del DNA risultano accessibili alla trascrizione. Nuove prove indicano che questo posizionamento dipende anche dalle proprietà meccaniche del DNA nelle regioni dei promotori genici. Con il supporto del programma di azioni Marie Skłodowska-Curie, il progetto MebaGINO si propone di studiare i meccanismi biofisici che regolano il posizionamento dei nucleosomi, concentrandosi sull’enzima INO80 che rimodella la cromatina. I ricercatori utilizzeranno i dati di laboratorio per generare un modello biofisico in grado di spiegare in che modo gli stimoli meccanici controllano il rimodellamento della cromatina.
Obiettivo
Recent breakthroughs found that mechanical features of gene promoters influence nucleosome positioning through ATP-dependent chromatin remodeling enzymes. This finding challenges classical models of DNA-sequence-dependent histone recruitment. While mechanisms for the translation of DNA’s physical parameters to nucleosome positions are debated, their experimental validation is still pending. MebaGINO aims to address this fundamental gap in knowledge. Taking advantage of recent advances in time-resolved CryoEM, I will answer the following research question:
What is the biophysical mechanism underlying the influence of DNA mechanics on nucleosome positioning by INO80?
I will use the INO80 chromatin remodeler as a model system to understand how nucleosomes are positioned adjacent to gene promoters featuring specific mechanical patterns. Firstly, I will interrogate how the nucleosome translocation process will be stalled through substitution of ATP with ATP-analogues on DNA with varying stiffness. From these experiments, I will obtain molecular structures via single-particle CryoEM. Next, I will obtain molecular structures from short-lived states using time-resolved CryoEM. For this, I will contribute to the development of an automated platform for CryoEM sample freezing which will be made available to the scientific community via EMBL's Electron Microscopy facility. Finally, I will build a biophysical model explaining the influence of DNA mechanics on INO80’s translocation process. Thus, I will provide novel views onto the mechanical basis of gene regulation which are relevant beyond fundamental research as for example during cancer development.
During this project, I will receive extensive training on cutting-edge structural biology instrumentation while contributing with my nanotechnology skills. Combined with my biophysics background, this fellowship will enable me to establish an interdisciplinary research group focused on structural biophysics.
Campo scientifico (EuroSciVoc)
CORDIS classifica i progetti con EuroSciVoc, una tassonomia multilingue dei campi scientifici, attraverso un processo semi-automatico basato su tecniche NLP. Cfr.: Il Vocabolario Scientifico Europeo.
CORDIS classifica i progetti con EuroSciVoc, una tassonomia multilingue dei campi scientifici, attraverso un processo semi-automatico basato su tecniche NLP. Cfr.: Il Vocabolario Scientifico Europeo.
- scienze naturali scienze biologiche genetica DNA
- scienze naturali scienze fisiche ottica microscopia
- scienze naturali scienze biologiche biofisica
- scienze naturali scienze biologiche genetica genomi
- scienze naturali scienze biologiche biochimica biomolecole proteine enzimi
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Parole chiave
Parole chiave del progetto, indicate dal coordinatore del progetto. Da non confondere con la tassonomia EuroSciVoc (campo scientifico).
Parole chiave del progetto, indicate dal coordinatore del progetto. Da non confondere con la tassonomia EuroSciVoc (campo scientifico).
Programma(i)
Programmi di finanziamento pluriennali che definiscono le priorità dell’UE in materia di ricerca e innovazione.
Programmi di finanziamento pluriennali che definiscono le priorità dell’UE in materia di ricerca e innovazione.
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HORIZON.1.2 - Marie Skłodowska-Curie Actions (MSCA)
PROGRAMMA PRINCIPALE
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Argomento(i)
Gli inviti a presentare proposte sono suddivisi per argomenti. Un argomento definisce un’area o un tema specifico per il quale i candidati possono presentare proposte. La descrizione di un argomento comprende il suo ambito specifico e l’impatto previsto del progetto finanziato.
Gli inviti a presentare proposte sono suddivisi per argomenti. Un argomento definisce un’area o un tema specifico per il quale i candidati possono presentare proposte. La descrizione di un argomento comprende il suo ambito specifico e l’impatto previsto del progetto finanziato.
Meccanismo di finanziamento
Meccanismo di finanziamento (o «Tipo di azione») all’interno di un programma con caratteristiche comuni. Specifica: l’ambito di ciò che viene finanziato; il tasso di rimborso; i criteri di valutazione specifici per qualificarsi per il finanziamento; l’uso di forme semplificate di costi come gli importi forfettari.
Meccanismo di finanziamento (o «Tipo di azione») all’interno di un programma con caratteristiche comuni. Specifica: l’ambito di ciò che viene finanziato; il tasso di rimborso; i criteri di valutazione specifici per qualificarsi per il finanziamento; l’uso di forme semplificate di costi come gli importi forfettari.
HORIZON-TMA-MSCA-PF-EF - HORIZON TMA MSCA Postdoctoral Fellowships - European Fellowships
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Invito a presentare proposte
Procedura per invitare i candidati a presentare proposte di progetti, con l’obiettivo di ricevere finanziamenti dall’UE.
Procedura per invitare i candidati a presentare proposte di progetti, con l’obiettivo di ricevere finanziamenti dall’UE.
(si apre in una nuova finestra) HORIZON-MSCA-2024-PF-01
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Contributo finanziario netto dell’UE. La somma di denaro che il partecipante riceve, decurtata dal contributo dell’UE alla terza parte collegata. Tiene conto della distribuzione del contributo finanziario dell’UE tra i beneficiari diretti del progetto e altri tipi di partecipanti, come i partecipanti terzi.
69117 Heidelberg
Germania
I costi totali sostenuti dall’organizzazione per partecipare al progetto, compresi i costi diretti e indiretti. Questo importo è un sottoinsieme del bilancio complessivo del progetto.