Description du projet
Reconstruire en temps réel la dynamique des épidémies
La pandémie de COVID-19 a démontré l’importance de comprendre comment les pandémies se propagent en temps réel afin d’accroître l’efficacité de la préparation et de la réponse en matière de santé publique. Les méthodes traditionnelles qui s’appuient sur des données de cas déclarés peuvent être biaisées ou incomplètes, en particulier dans les régions où les ressources sont limitées. Soutenu par le programme Actions Marie Skłodowska-Curie, le projet Deep EpiDyn propose une approche différente de la surveillance des épidémies en combinant l’évolution virale et l’apprentissage profond. Les chercheurs visent à former des modèles permettant de relier les informations sur l’évolution virale à des indicateurs épidémiologiques clés tels que le taux de transmission et la période infectieuse. Cette approche promet une analyse plus rapide, plus précise et en temps réel, améliorant ainsi la surveillance des maladies et la préparation.
Objectif
Reconstructing epidemic dynamics in real-time has become crucial for effective disease management, as demonstrated by the COVID-19 pandemic. Traditional methods rely on epidemiological data (e.g. reported cases), which can be biased or incomplete due to variable testing policies, particularly in resource-limited settings. Instead, phylodynamics has emerged as a valuable toolkit for using viral phylogenies to understand epidemic dynamics. However, conventional phylodynamic methods rely on mathematical formulas and approximations, which are not scalable to large datasets and are time-consuming, limiting their use primarily to retrospective rather than real-time analysis.
This proposal aims to transform phylodynamics by integrating it with deep learning to bypass the cumbersome likelihood calculations, thereby facilitating real-time analysis directly from sequence data. I will develop innovative deep learning models to explore the relationships between phylogenetic trees and epidemiological parameters of viruses with epidemic potential, such as SARS-CoV-2, influenza, RSV, and mpox. These models are designed to rapidly and accurately estimate time-varying epidemiological metrics, including transmission heterogeneity, basic reproduction numbers, infectious and incubation periods.
This initiative is set to revolutionize our ability to model and comprehend infectious diseases in real-time, elevating sequence data to a critical, standalone data source. It will incorporate cross-validation with epidemiological inference from reported cases and wastewater analyses, reducing reliance on any single data source and enhancing both public health responses and infectious disease surveillance. Furthermore, by simulating incremental data collection that reflects real outbreak conditions, this project will evaluate the sensitivity of real-time estimations and determine the necessary sampling proportions to accurately represent epidemic dynamics. This approach will yield crucial
Champ scientifique (EuroSciVoc)
CORDIS classe les projets avec EuroSciVoc, une taxonomie multilingue des domaines scientifiques, grâce à un processus semi-automatique basé sur des techniques TLN. Voir: Le vocabulaire scientifique européen.
CORDIS classe les projets avec EuroSciVoc, une taxonomie multilingue des domaines scientifiques, grâce à un processus semi-automatique basé sur des techniques TLN. Voir: Le vocabulaire scientifique européen.
- sciences naturelles sciences biologiques morphologie biologique morphologie comparative
- ingénierie et technologie génie de l'environnement procédés de traitement des eaux procédés de traitement de eau usée
- sciences médicales et de la santé sciences de la santé santé publique et environnementale épidémiologie pandémies
- sciences médicales et de la santé sciences de la santé maladie infectieuse virus à ARN grippe
- sciences médicales et de la santé sciences de la santé maladie infectieuse virus à ARN coronavirus
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Mots‑clés
Les mots-clés du projet tels qu’indiqués par le coordinateur du projet. À ne pas confondre avec la taxonomie EuroSciVoc (champ scientifique).
Les mots-clés du projet tels qu’indiqués par le coordinateur du projet. À ne pas confondre avec la taxonomie EuroSciVoc (champ scientifique).
Programme(s)
Programmes de financement pluriannuels qui définissent les priorités de l’UE en matière de recherche et d’innovation.
Programmes de financement pluriannuels qui définissent les priorités de l’UE en matière de recherche et d’innovation.
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HORIZON.1.2 - Marie Skłodowska-Curie Actions (MSCA)
PROGRAMME PRINCIPAL
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Thème(s)
Les appels à propositions sont divisés en thèmes. Un thème définit un sujet ou un domaine spécifique dans le cadre duquel les candidats peuvent soumettre des propositions. La description d’un thème comprend sa portée spécifique et l’impact attendu du projet financé.
Les appels à propositions sont divisés en thèmes. Un thème définit un sujet ou un domaine spécifique dans le cadre duquel les candidats peuvent soumettre des propositions. La description d’un thème comprend sa portée spécifique et l’impact attendu du projet financé.
Régime de financement
Régime de financement (ou «type d’action») à l’intérieur d’un programme présentant des caractéristiques communes. Le régime de financement précise le champ d’application de ce qui est financé, le taux de remboursement, les critères d’évaluation spécifiques pour bénéficier du financement et les formes simplifiées de couverture des coûts, telles que les montants forfaitaires.
Régime de financement (ou «type d’action») à l’intérieur d’un programme présentant des caractéristiques communes. Le régime de financement précise le champ d’application de ce qui est financé, le taux de remboursement, les critères d’évaluation spécifiques pour bénéficier du financement et les formes simplifiées de couverture des coûts, telles que les montants forfaitaires.
HORIZON-TMA-MSCA-PF-EF - HORIZON TMA MSCA Postdoctoral Fellowships - European Fellowships
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Appel à propositions
Procédure par laquelle les candidats sont invités à soumettre des propositions de projet en vue de bénéficier d’un financement de l’UE.
Procédure par laquelle les candidats sont invités à soumettre des propositions de projet en vue de bénéficier d’un financement de l’UE.
(s’ouvre dans une nouvelle fenêtre) HORIZON-MSCA-2024-PF-01
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La contribution financière nette de l’UE est la somme d’argent que le participant reçoit, déduite de la contribution de l’UE versée à son tiers lié. Elle prend en compte la répartition de la contribution financière de l’UE entre les bénéficiaires directs du projet et d’autres types de participants, tels que les participants tiers.
OX1 2JD Oxford
Royaume-Uni
Les coûts totaux encourus par l’organisation concernée pour participer au projet, y compris les coûts directs et indirects. Ce montant est un sous-ensemble du budget global du projet.