Descripción del proyecto
Interacciones entre potenciadores y promotores con secuencias genómicas en mamíferos
La regulación de los genes es esencial para la diversidad biológica, y los potenciadores desempeñan un papel crucial al activar genes a distancia. Sin embargo, sigue siendo un misterio cómo estos potenciadores localizan e interactúan con sus promotores diana. La evolución ofrece una poderosa lente a través de la cual estudiar este proceso. El equipo del proyecto EVOCHIC, financiado las Acciones Marie Skłodowska-Curie, utilizará un conjunto de datos de alta resolución sobre contactos erntre potenciadores y promotores en cinco especies de mamíferos y tres tejidos diferentes. Combinando estos datos con secuencias genómicas, anotaciones de potenciadores y datos de expresión génica, en el proyecto se pretende descubrir cómo evolucionan estas interacciones de largo alcance junto con los cambios en la estructura del ADN y la cromatina. En EVOCHIC también se desarrollarán modelos de aprendizaje profundo para predecir las características del ADN que impulsan la evolución de estas interacciones.
Objetivo
Gene regulation is fundamental to biological diversity, driving differences between cell types within an organism and contributing to variation between species. DNA regions known as enhancers play a critical role in this process. Enhancers can be located millions of base pairs away from the genes they regulate, interacting with the promoters of these genes through 3D contacts within the nucleus. How enhancers find their target genes remains largely elusive. Evolution offers a unique “natural perturbation experiment” to study the principles of enhancer-promoter communication. Enhancers, and especially the sequences spanning enhancer-promoter contacts, evolve faster than the gene expression patterns they control. This raises important questions about the genetic and epigenetic factors that sustain and drive the evolution of long-range gene regulation. To address these questions, my computational project will leverage an unpublished, high-resolution dataset on enhancer-promoter contacts from five mammalian species and three tissues, along with corresponding genomic sequences, enhancer annotations, and gene expression data. My analyses will: (1) map how enhancer-promoter contacts co-evolve with genomic sequences, chromatin states, and gene expression, (2) establish how large-scale genomic rearrangements disrupt or constrain these contacts, and (3) develop and train deep learning models to predict DNA sequences underpinning the evolution of enhancer-promoter contacts. By integrating functional genomics, evolutionary biology, and machine learning, this project will uncover the mechanisms behind the evolution of long-range gene regulation, with broad implications for understanding non-coding genetic variation in evolution, disease, and synthetic biology. The fellowship will enhance my expertise in comparative genomics, 3D chromatin biology, and deep learning, while fostering new collaborations and bringing evolutionary insights to the host lab.
Ámbito científico (EuroSciVoc)
CORDIS clasifica los proyectos con EuroSciVoc, una taxonomía plurilingüe de ámbitos científicos, mediante un proceso semiautomático basado en técnicas de procesamiento del lenguaje natural. Véas: El vocabulario científico europeo..
CORDIS clasifica los proyectos con EuroSciVoc, una taxonomía plurilingüe de ámbitos científicos, mediante un proceso semiautomático basado en técnicas de procesamiento del lenguaje natural. Véas: El vocabulario científico europeo..
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Palabras clave
Palabras clave del proyecto indicadas por el coordinador del proyecto. No confundir con la taxonomía EuroSciVoc (Ámbito científico).
Palabras clave del proyecto indicadas por el coordinador del proyecto. No confundir con la taxonomía EuroSciVoc (Ámbito científico).
Programa(s)
Programas de financiación plurianuales que definen las prioridades de la UE en materia de investigación e innovación.
Programas de financiación plurianuales que definen las prioridades de la UE en materia de investigación e innovación.
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HORIZON.1.2 - Marie Skłodowska-Curie Actions (MSCA)
PROGRAMA PRINCIPAL
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Tema(s)
Las convocatorias de propuestas se dividen en temas. Un tema define una materia o área específica para la que los solicitantes pueden presentar propuestas. La descripción de un tema comprende su alcance específico y la repercusión prevista del proyecto financiado.
Las convocatorias de propuestas se dividen en temas. Un tema define una materia o área específica para la que los solicitantes pueden presentar propuestas. La descripción de un tema comprende su alcance específico y la repercusión prevista del proyecto financiado.
Régimen de financiación
Régimen de financiación (o «Tipo de acción») dentro de un programa con características comunes. Especifica: el alcance de lo que se financia; el porcentaje de reembolso; los criterios específicos de evaluación para optar a la financiación; y el uso de formas simplificadas de costes como los importes a tanto alzado.
Régimen de financiación (o «Tipo de acción») dentro de un programa con características comunes. Especifica: el alcance de lo que se financia; el porcentaje de reembolso; los criterios específicos de evaluación para optar a la financiación; y el uso de formas simplificadas de costes como los importes a tanto alzado.
HORIZON-TMA-MSCA-PF-EF - HORIZON TMA MSCA Postdoctoral Fellowships - European Fellowships
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Convocatoria de propuestas
Procedimiento para invitar a los solicitantes a presentar propuestas de proyectos con el objetivo de obtener financiación de la UE.
Procedimiento para invitar a los solicitantes a presentar propuestas de proyectos con el objetivo de obtener financiación de la UE.
(se abrirá en una nueva ventana) HORIZON-MSCA-2024-PF-01
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Aportación financiera neta de la UE. Es la suma de dinero que recibe el participante, deducida la aportación de la UE a su tercero vinculado. Considera la distribución de la aportación financiera de la UE entre los beneficiarios directos del proyecto y otros tipos de participantes, como los terceros participantes.
SW7 2AZ London
Reino Unido
Los costes totales en que ha incurrido esta organización para participar en el proyecto, incluidos los costes directos e indirectos. Este importe es un subconjunto del presupuesto total del proyecto.