Projektbeschreibung
Enhancer-Promoter-Interaktionen mit genomischen Sequenzen bei Säugetieren
Die Genregulierung ist für die biologische Vielfalt unerlässlich, und Enhancer spielen eine entscheidende Rolle, da sie Gene aus der Ferne aktivieren. Wie diese Enhancer ihre Zielpromotoren lokalisieren und mit ihnen interagieren, bleibt jedoch rätselhaft. Die Evolution bietet eine gute Chance, diesen Prozess zu untersuchen. Das Team des innerhalb der Marie-Skłodowska-Curie-Maßnahmen unterstützten Projekts EVOCHIC wird einen hochauflösenden Datensatz von Enhancer-Promoter-Kontakten über fünf Säugetierarten hinweg und bei drei verschiedenen Geweben nutzen. Durch Kombination mit genomischen Sequenzen, Enhancer-Annotationen und Genexpressionsdaten wird das Projektteam aufdecken, wie sich diese weitreichenden Interaktionen zusammen mit Veränderungen der DNS- und Chromatinstruktur entwickeln. Im Rahmen von EVOCHIC werden außerdem Deep-Learning-Modelle entwickelt, um DNS-Merkmale vorherzusagen, die die Evolution dieser Wechselwirkungen vorantreiben.
Ziel
Gene regulation is fundamental to biological diversity, driving differences between cell types within an organism and contributing to variation between species. DNA regions known as enhancers play a critical role in this process. Enhancers can be located millions of base pairs away from the genes they regulate, interacting with the promoters of these genes through 3D contacts within the nucleus. How enhancers find their target genes remains largely elusive. Evolution offers a unique “natural perturbation experiment” to study the principles of enhancer-promoter communication. Enhancers, and especially the sequences spanning enhancer-promoter contacts, evolve faster than the gene expression patterns they control. This raises important questions about the genetic and epigenetic factors that sustain and drive the evolution of long-range gene regulation. To address these questions, my computational project will leverage an unpublished, high-resolution dataset on enhancer-promoter contacts from five mammalian species and three tissues, along with corresponding genomic sequences, enhancer annotations, and gene expression data. My analyses will: (1) map how enhancer-promoter contacts co-evolve with genomic sequences, chromatin states, and gene expression, (2) establish how large-scale genomic rearrangements disrupt or constrain these contacts, and (3) develop and train deep learning models to predict DNA sequences underpinning the evolution of enhancer-promoter contacts. By integrating functional genomics, evolutionary biology, and machine learning, this project will uncover the mechanisms behind the evolution of long-range gene regulation, with broad implications for understanding non-coding genetic variation in evolution, disease, and synthetic biology. The fellowship will enhance my expertise in comparative genomics, 3D chromatin biology, and deep learning, while fostering new collaborations and bringing evolutionary insights to the host lab.
Wissenschaftliches Gebiet (EuroSciVoc)
CORDIS klassifiziert Projekte mit EuroSciVoc, einer mehrsprachigen Taxonomie der Wissenschaftsbereiche, durch einen halbautomatischen Prozess, der auf Verfahren der Verarbeitung natürlicher Sprache beruht. Siehe: Das European Science Vocabulary.
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Schlüsselbegriffe
Schlüsselbegriffe des Projekts, wie vom Projektkoordinator angegeben. Nicht zu verwechseln mit der EuroSciVoc-Taxonomie (Wissenschaftliches Gebiet).
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Programm/Programme
Mehrjährige Finanzierungsprogramme, in denen die Prioritäten der EU für Forschung und Innovation festgelegt sind.
Mehrjährige Finanzierungsprogramme, in denen die Prioritäten der EU für Forschung und Innovation festgelegt sind.
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HORIZON.1.2 - Marie Skłodowska-Curie Actions (MSCA)
HAUPTPROGRAMM
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Thema/Themen
Aufforderungen zur Einreichung von Vorschlägen sind nach Themen gegliedert. Ein Thema definiert einen bestimmten Bereich oder ein Gebiet, zu dem Vorschläge eingereicht werden können. Die Beschreibung eines Themas umfasst seinen spezifischen Umfang und die erwarteten Auswirkungen des finanzierten Projekts.
Aufforderungen zur Einreichung von Vorschlägen sind nach Themen gegliedert. Ein Thema definiert einen bestimmten Bereich oder ein Gebiet, zu dem Vorschläge eingereicht werden können. Die Beschreibung eines Themas umfasst seinen spezifischen Umfang und die erwarteten Auswirkungen des finanzierten Projekts.
Finanzierungsplan
Finanzierungsregelung (oder „Art der Maßnahme“) innerhalb eines Programms mit gemeinsamen Merkmalen. Sieht folgendes vor: den Umfang der finanzierten Maßnahmen, den Erstattungssatz, spezifische Bewertungskriterien für die Finanzierung und die Verwendung vereinfachter Kostenformen wie Pauschalbeträge.
Finanzierungsregelung (oder „Art der Maßnahme“) innerhalb eines Programms mit gemeinsamen Merkmalen. Sieht folgendes vor: den Umfang der finanzierten Maßnahmen, den Erstattungssatz, spezifische Bewertungskriterien für die Finanzierung und die Verwendung vereinfachter Kostenformen wie Pauschalbeträge.
HORIZON-TMA-MSCA-PF-EF - HORIZON TMA MSCA Postdoctoral Fellowships - European Fellowships
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Aufforderung zur Vorschlagseinreichung
Verfahren zur Aufforderung zur Einreichung von Projektvorschlägen mit dem Ziel, eine EU-Finanzierung zu erhalten.
Verfahren zur Aufforderung zur Einreichung von Projektvorschlägen mit dem Ziel, eine EU-Finanzierung zu erhalten.
(öffnet in neuem Fenster) HORIZON-MSCA-2024-PF-01
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Finanzieller Nettobeitrag der EU. Der Geldbetrag, den der Beteiligte erhält, abzüglich des EU-Beitrags an mit ihm verbundene Dritte. Berücksichtigt die Aufteilung des EU-Finanzbeitrags zwischen den direkten Begünstigten des Projekts und anderen Arten von Beteiligten, wie z. B. Dritten.
SW7 2AZ London
Vereinigtes Königreich
Die Gesamtkosten, die dieser Organisation durch die Beteiligung am Projekt entstanden sind, einschließlich der direkten und indirekten Kosten. Dieser Betrag ist Teil des Gesamtbudgets des Projekts.