Opis projektu
Interakcje enhancer-promotor a sekwencje genomowe u ssaków
Regulacja genów jest niezbędnym elementem różnorodności biologicznej, a sekcje wzmacniające, zwane enhancerami, odgrywają kluczową rolę, aktywując geny na odległość. Jednak sposób, w jaki lokalizują i oddziałują z docelowymi promotorami, pozostaje tajemnicą. Ewolucja stanowi okno, przez które możemy przyjrzeć się bliżej temu procesowi. Projekt EVOCHIC realizowany przy wsparciu programu działania „Maria Skłodowska-Curie” wykorzysta zestaw danych o wysokiej rozdzielczości dotyczący kontaktów wzmacniacz-promotor u pięciu gatunków ssaków i w trzech różnych tkankach. Połączenie tego z sekwencjami genomowymi, adnotacjami wzmacniaczy i danymi dotyczącymi ekspresji genów pozwoli projektowi odkryć, w jaki sposób te interakcje dalekiego zasięgu ewoluują wraz ze zmianami DNA i struktury chromatyny. Zespół projektu EVOCHIC opracuje również modele głębokiego uczenia do przewidywania cech DNA, które napędzają ewolucję tych interakcji.
Cel
Gene regulation is fundamental to biological diversity, driving differences between cell types within an organism and contributing to variation between species. DNA regions known as enhancers play a critical role in this process. Enhancers can be located millions of base pairs away from the genes they regulate, interacting with the promoters of these genes through 3D contacts within the nucleus. How enhancers find their target genes remains largely elusive. Evolution offers a unique “natural perturbation experiment” to study the principles of enhancer-promoter communication. Enhancers, and especially the sequences spanning enhancer-promoter contacts, evolve faster than the gene expression patterns they control. This raises important questions about the genetic and epigenetic factors that sustain and drive the evolution of long-range gene regulation. To address these questions, my computational project will leverage an unpublished, high-resolution dataset on enhancer-promoter contacts from five mammalian species and three tissues, along with corresponding genomic sequences, enhancer annotations, and gene expression data. My analyses will: (1) map how enhancer-promoter contacts co-evolve with genomic sequences, chromatin states, and gene expression, (2) establish how large-scale genomic rearrangements disrupt or constrain these contacts, and (3) develop and train deep learning models to predict DNA sequences underpinning the evolution of enhancer-promoter contacts. By integrating functional genomics, evolutionary biology, and machine learning, this project will uncover the mechanisms behind the evolution of long-range gene regulation, with broad implications for understanding non-coding genetic variation in evolution, disease, and synthetic biology. The fellowship will enhance my expertise in comparative genomics, 3D chromatin biology, and deep learning, while fostering new collaborations and bringing evolutionary insights to the host lab.
Dziedzina nauki (EuroSciVoc)
Klasyfikacja projektów w serwisie CORDIS opiera się na wielojęzycznej taksonomii EuroSciVoc, obejmującej wszystkie dziedziny nauki, w oparciu o półautomatyczny proces bazujący na technikach przetwarzania języka naturalnego. Więcej informacji: Europejski Słownik Naukowy.
Klasyfikacja projektów w serwisie CORDIS opiera się na wielojęzycznej taksonomii EuroSciVoc, obejmującej wszystkie dziedziny nauki, w oparciu o półautomatyczny proces bazujący na technikach przetwarzania języka naturalnego. Więcej informacji: Europejski Słownik Naukowy.
Aby użyć tej funkcji, musisz się zalogować lub zarejestrować
Słowa kluczowe
Słowa kluczowe dotyczące projektu wybrane przez koordynatora projektu. Nie należy mylić ich z pojęciami z taksonomii EuroSciVoc dotyczącymi dziedzin nauki.
Słowa kluczowe dotyczące projektu wybrane przez koordynatora projektu. Nie należy mylić ich z pojęciami z taksonomii EuroSciVoc dotyczącymi dziedzin nauki.
Program(-y)
Wieloletnie programy finansowania, które określają priorytety Unii Europejskiej w obszarach badań naukowych i innowacji.
Wieloletnie programy finansowania, które określają priorytety Unii Europejskiej w obszarach badań naukowych i innowacji.
-
HORIZON.1.2 - Marie Skłodowska-Curie Actions (MSCA)
GŁÓWNY PROGRAM
Wyświetl wszystkie projekty finansowane w ramach tego programu
Temat(-y)
Zaproszenia do składania wniosków dzielą się na tematy. Każdy temat określa wybrany obszar lub wybrane zagadnienie, których powinny dotyczyć wnioski składane przez wnioskodawców. Opis tematu obejmuje jego szczegółowy zakres i oczekiwane oddziaływanie finansowanego projektu.
Zaproszenia do składania wniosków dzielą się na tematy. Każdy temat określa wybrany obszar lub wybrane zagadnienie, których powinny dotyczyć wnioski składane przez wnioskodawców. Opis tematu obejmuje jego szczegółowy zakres i oczekiwane oddziaływanie finansowanego projektu.
System finansowania
Program finansowania (lub „rodzaj działania”) realizowany w ramach programu o wspólnych cechach. Określa zakres finansowania, stawkę zwrotu kosztów, szczegółowe kryteria oceny kwalifikowalności kosztów w celu ich finansowania oraz stosowanie uproszczonych form rozliczania kosztów, takich jak rozliczanie ryczałtowe.
Program finansowania (lub „rodzaj działania”) realizowany w ramach programu o wspólnych cechach. Określa zakres finansowania, stawkę zwrotu kosztów, szczegółowe kryteria oceny kwalifikowalności kosztów w celu ich finansowania oraz stosowanie uproszczonych form rozliczania kosztów, takich jak rozliczanie ryczałtowe.
HORIZON-TMA-MSCA-PF-EF - HORIZON TMA MSCA Postdoctoral Fellowships - European Fellowships
Wyświetl wszystkie projekty finansowane w ramach tego programu finansowania
Zaproszenie do składania wniosków
Procedura zapraszania wnioskodawców do składania wniosków projektowych w celu uzyskania finansowania ze środków Unii Europejskiej.
Procedura zapraszania wnioskodawców do składania wniosków projektowych w celu uzyskania finansowania ze środków Unii Europejskiej.
(odnośnik otworzy się w nowym oknie) HORIZON-MSCA-2024-PF-01
Wyświetl wszystkie projekty finansowane w ramach tego zaproszeniaKoordynator
Kwota netto dofinansowania ze środków Unii Europejskiej. Suma środków otrzymanych przez uczestnika, pomniejszona o kwotę unijnego dofinansowania przekazanego powiązanym podmiotom zewnętrznym. Uwzględnia podział unijnego dofinansowania pomiędzy bezpośrednich beneficjentów projektu i pozostałych uczestników, w tym podmioty zewnętrzne.
SW7 2AZ London
Zjednoczone Królestwo
Ogół kosztów poniesionych przez organizację w związku z uczestnictwem w projekcie. Obejmuje koszty bezpośrednie i pośrednie. Kwota stanowi część całkowitego budżetu projektu.