Descripción del proyecto
Revelar las restricciones evolutivas ocultas en las plantas mediante la estimación de la antigüedad de los aminoácidos
Una pregunta clave en biología evolutiva es si las plantas recurren una y otra vez a los mismos programas genéticos para adaptarse a las presiones ambientales a lo largo del tiempo. El análisis de las secuencias proteicas en diferentes linajes evolutivos podría aportar información valiosa para resolver esta pregunta. Sin embargo, los métodos actuales, que se basan en una única configuración óptima de alineación de secuencias de aminoácidos, no capturan la divergencia evolutiva, lo cual dificulta la identificación de sustituciones que podrían modificar de forma convergente los fenotipos adaptativos. En el proyecto RecAminoAge, financiado por las acciones Marie Skłodowska-Curie, se pretende desarrollar un nuevo modelo para inferir orígenes evolutivos comunes incorporando configuraciones de alineación subóptimas. El modelo de «antigüedad de aminoácidos» asignará una fecha secuencial a las sustituciones proteicas hasta que una ya no sea estable en la alineación subóptima, lo que indicará el origen o antigüedad evolutiva de un aminoácido dentro de una proteína.
Objetivo
Plants constantly face environmental challenges, impacting ecosystem stability, promoting new pathogens and compromising food security. A fundamental question in evolutionary biology is whether repeated adaptations, driven by similar environmental pressures, rely on the same genetic programs, especially over long timescales. Protein sequences, increasingly available across diverse lineages, offer a unique opportunity to tackle this issue on an unprecedented scale. However, as evolutionary divergence increases, current methods result in substantial information loss and an inherent bias due to reliance on a single optimal alignment configuration. This, in turn, makes it difficult to identify which substitutions among billions could convergently alter adaptive phenotypes.
To overcome these challenges, I will establish a novel framework for inferring common evolutionary origins by incorporating suboptimal alignment configurations. Summarized as “amino acid ages”, I will date protein substitutions in a ladder-like fashion until a substitution is no longer stable in the suboptimal alignment space. The taxonomic level of the detected substitution will indicate the evolutionary origin/age of an amino acid within a protein. I hypothesize that amino acid ages capture emerging nuances missed in divergent lineages since suboptimal configurations may expose hidden evolutionary constraints.
First, I will develop a fast and scalable computation of amino acid ages for community use. Second, I will generate a resource containing amino acid age annotations for all available plants. Third, I will establish associations between candidate protein substitutions that lack assigned ages, not acquired through common ancestry, and recurrent adaptive traits.
RecAminoAge will provide the community with a disruptive methodology that sheds light on protein evolution rates over long timescales while enhancing predictions of species retaining valuable adaptations to tackle future challenges.
Ámbito científico (EuroSciVoc)
CORDIS clasifica los proyectos con EuroSciVoc, una taxonomía plurilingüe de ámbitos científicos, mediante un proceso semiautomático basado en técnicas de procesamiento del lenguaje natural. Véas: El vocabulario científico europeo..
CORDIS clasifica los proyectos con EuroSciVoc, una taxonomía plurilingüe de ámbitos científicos, mediante un proceso semiautomático basado en técnicas de procesamiento del lenguaje natural. Véas: El vocabulario científico europeo..
- ciencias naturales ciencias biológicas bioquímica biomoléculas proteínas
- ciencias naturales ciencias biológicas biología evolutiva
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Palabras clave
Palabras clave del proyecto indicadas por el coordinador del proyecto. No confundir con la taxonomía EuroSciVoc (Ámbito científico).
Palabras clave del proyecto indicadas por el coordinador del proyecto. No confundir con la taxonomía EuroSciVoc (Ámbito científico).
Programa(s)
Programas de financiación plurianuales que definen las prioridades de la UE en materia de investigación e innovación.
Programas de financiación plurianuales que definen las prioridades de la UE en materia de investigación e innovación.
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HORIZON.1.2 - Marie Skłodowska-Curie Actions (MSCA)
PROGRAMA PRINCIPAL
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Tema(s)
Las convocatorias de propuestas se dividen en temas. Un tema define una materia o área específica para la que los solicitantes pueden presentar propuestas. La descripción de un tema comprende su alcance específico y la repercusión prevista del proyecto financiado.
Las convocatorias de propuestas se dividen en temas. Un tema define una materia o área específica para la que los solicitantes pueden presentar propuestas. La descripción de un tema comprende su alcance específico y la repercusión prevista del proyecto financiado.
Régimen de financiación
Régimen de financiación (o «Tipo de acción») dentro de un programa con características comunes. Especifica: el alcance de lo que se financia; el porcentaje de reembolso; los criterios específicos de evaluación para optar a la financiación; y el uso de formas simplificadas de costes como los importes a tanto alzado.
Régimen de financiación (o «Tipo de acción») dentro de un programa con características comunes. Especifica: el alcance de lo que se financia; el porcentaje de reembolso; los criterios específicos de evaluación para optar a la financiación; y el uso de formas simplificadas de costes como los importes a tanto alzado.
HORIZON-TMA-MSCA-PF-EF - HORIZON TMA MSCA Postdoctoral Fellowships - European Fellowships
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Convocatoria de propuestas
Procedimiento para invitar a los solicitantes a presentar propuestas de proyectos con el objetivo de obtener financiación de la UE.
Procedimiento para invitar a los solicitantes a presentar propuestas de proyectos con el objetivo de obtener financiación de la UE.
(se abrirá en una nueva ventana) HORIZON-MSCA-2024-PF-01
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Aportación financiera neta de la UE. Es la suma de dinero que recibe el participante, deducida la aportación de la UE a su tercero vinculado. Considera la distribución de la aportación financiera de la UE entre los beneficiarios directos del proyecto y otros tipos de participantes, como los terceros participantes.
80539 MUNCHEN
Alemania
Los costes totales en que ha incurrido esta organización para participar en el proyecto, incluidos los costes directos e indirectos. Este importe es un subconjunto del presupuesto total del proyecto.