Description du projet
Révéler les contraintes évolutives cachées chez les plantes grâce à l’inférence de l’âge des acides aminés
Une question fondamentale de la biologie évolutive consiste à déterminer si les plantes utilisent régulièrement les mêmes programmes génétiques pour s’adapter aux pressions environnementales au fil du temps. Les séquences de protéines de diverses lignées pourraient apporter des éclaircissements à ce sujet. Les méthodes actuelles qui reposent sur une configuration d’alignement optimale unique n’anticipent toutefois pas la divergence évolutive, ce qui empêche l’identification de substitutions susceptibles de modifier de manière convergente les phénotypes adaptatifs. Soutenu par le programme Actions Marie Skłodowska-Curie, le projet RecAminoAge entend développer un nouveau cadre afin de déduire les origines évolutives communes en incorporant des configurations d’alignement sous-optimales. Défini comme «l’âge des acides aminés», il date séquentiellement les substitutions de protéines jusqu’à ce que l’une d’entre elles ne soit plus stable dans l’alignement sous-optimal, indiquant ainsi l’origine ou l’âge évolutif d’un acide aminé au sein d’une protéine.
Objectif
Plants constantly face environmental challenges, impacting ecosystem stability, promoting new pathogens and compromising food security. A fundamental question in evolutionary biology is whether repeated adaptations, driven by similar environmental pressures, rely on the same genetic programs, especially over long timescales. Protein sequences, increasingly available across diverse lineages, offer a unique opportunity to tackle this issue on an unprecedented scale. However, as evolutionary divergence increases, current methods result in substantial information loss and an inherent bias due to reliance on a single optimal alignment configuration. This, in turn, makes it difficult to identify which substitutions among billions could convergently alter adaptive phenotypes.
To overcome these challenges, I will establish a novel framework for inferring common evolutionary origins by incorporating suboptimal alignment configurations. Summarized as “amino acid ages”, I will date protein substitutions in a ladder-like fashion until a substitution is no longer stable in the suboptimal alignment space. The taxonomic level of the detected substitution will indicate the evolutionary origin/age of an amino acid within a protein. I hypothesize that amino acid ages capture emerging nuances missed in divergent lineages since suboptimal configurations may expose hidden evolutionary constraints.
First, I will develop a fast and scalable computation of amino acid ages for community use. Second, I will generate a resource containing amino acid age annotations for all available plants. Third, I will establish associations between candidate protein substitutions that lack assigned ages, not acquired through common ancestry, and recurrent adaptive traits.
RecAminoAge will provide the community with a disruptive methodology that sheds light on protein evolution rates over long timescales while enhancing predictions of species retaining valuable adaptations to tackle future challenges.
Champ scientifique (EuroSciVoc)
CORDIS classe les projets avec EuroSciVoc, une taxonomie multilingue des domaines scientifiques, grâce à un processus semi-automatique basé sur des techniques TLN. Voir: Le vocabulaire scientifique européen.
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- sciences naturelles sciences biologiques biochimie biomolécule protéines
- sciences naturelles sciences biologiques biologie de l'évolution
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Mots‑clés
Les mots-clés du projet tels qu’indiqués par le coordinateur du projet. À ne pas confondre avec la taxonomie EuroSciVoc (champ scientifique).
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Programme(s)
Programmes de financement pluriannuels qui définissent les priorités de l’UE en matière de recherche et d’innovation.
Programmes de financement pluriannuels qui définissent les priorités de l’UE en matière de recherche et d’innovation.
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HORIZON.1.2 - Marie Skłodowska-Curie Actions (MSCA)
PROGRAMME PRINCIPAL
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Thème(s)
Les appels à propositions sont divisés en thèmes. Un thème définit un sujet ou un domaine spécifique dans le cadre duquel les candidats peuvent soumettre des propositions. La description d’un thème comprend sa portée spécifique et l’impact attendu du projet financé.
Les appels à propositions sont divisés en thèmes. Un thème définit un sujet ou un domaine spécifique dans le cadre duquel les candidats peuvent soumettre des propositions. La description d’un thème comprend sa portée spécifique et l’impact attendu du projet financé.
Régime de financement
Régime de financement (ou «type d’action») à l’intérieur d’un programme présentant des caractéristiques communes. Le régime de financement précise le champ d’application de ce qui est financé, le taux de remboursement, les critères d’évaluation spécifiques pour bénéficier du financement et les formes simplifiées de couverture des coûts, telles que les montants forfaitaires.
Régime de financement (ou «type d’action») à l’intérieur d’un programme présentant des caractéristiques communes. Le régime de financement précise le champ d’application de ce qui est financé, le taux de remboursement, les critères d’évaluation spécifiques pour bénéficier du financement et les formes simplifiées de couverture des coûts, telles que les montants forfaitaires.
HORIZON-TMA-MSCA-PF-EF - HORIZON TMA MSCA Postdoctoral Fellowships - European Fellowships
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Appel à propositions
Procédure par laquelle les candidats sont invités à soumettre des propositions de projet en vue de bénéficier d’un financement de l’UE.
Procédure par laquelle les candidats sont invités à soumettre des propositions de projet en vue de bénéficier d’un financement de l’UE.
(s’ouvre dans une nouvelle fenêtre) HORIZON-MSCA-2024-PF-01
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La contribution financière nette de l’UE est la somme d’argent que le participant reçoit, déduite de la contribution de l’UE versée à son tiers lié. Elle prend en compte la répartition de la contribution financière de l’UE entre les bénéficiaires directs du projet et d’autres types de participants, tels que les participants tiers.
80539 MUNCHEN
Allemagne
Les coûts totaux encourus par l’organisation concernée pour participer au projet, y compris les coûts directs et indirects. Ce montant est un sous-ensemble du budget global du projet.