Descrizione del progetto
Rivelare i vincoli evolutivi nascosti nelle piante attraverso l’inferenza dell’età degli amminoacidi
Un interrogativo chiave nel campo della biologia evolutiva è se le piante utilizzino ripetutamente gli stessi programmi genetici per adattarsi alle pressioni ambientali nel corso del tempo. Per chiarirlo, le sequenze di proteine di diversi lignaggi potrebbero risultare importanti; ciononostante, i metodi attuali che si basano su una singola configurazione di allineamento ottimale non prevedono la divergenza evolutiva, inibendo l’identificazione di sostituzioni che potrebbero alterare in modo convergente i fenotipi adattativi. Sostenuto dal programma di azioni Marie Skłodowska-Curie, il progetto RecAminoAge si propone di sviluppare un nuovo quadro volto a dedurre le origini evolutive comuni incorporando configurazioni di allineamento subottimali. Definito come «età dell’amminoacido», tale framework daterà in sequenza le sostituzioni proteiche finché una non sarà più stabile nell’allineamento subottimale, indicando l’origine/l’età evolutiva di un amminoacido all’interno di una proteina.
Obiettivo
Plants constantly face environmental challenges, impacting ecosystem stability, promoting new pathogens and compromising food security. A fundamental question in evolutionary biology is whether repeated adaptations, driven by similar environmental pressures, rely on the same genetic programs, especially over long timescales. Protein sequences, increasingly available across diverse lineages, offer a unique opportunity to tackle this issue on an unprecedented scale. However, as evolutionary divergence increases, current methods result in substantial information loss and an inherent bias due to reliance on a single optimal alignment configuration. This, in turn, makes it difficult to identify which substitutions among billions could convergently alter adaptive phenotypes.
To overcome these challenges, I will establish a novel framework for inferring common evolutionary origins by incorporating suboptimal alignment configurations. Summarized as “amino acid ages”, I will date protein substitutions in a ladder-like fashion until a substitution is no longer stable in the suboptimal alignment space. The taxonomic level of the detected substitution will indicate the evolutionary origin/age of an amino acid within a protein. I hypothesize that amino acid ages capture emerging nuances missed in divergent lineages since suboptimal configurations may expose hidden evolutionary constraints.
First, I will develop a fast and scalable computation of amino acid ages for community use. Second, I will generate a resource containing amino acid age annotations for all available plants. Third, I will establish associations between candidate protein substitutions that lack assigned ages, not acquired through common ancestry, and recurrent adaptive traits.
RecAminoAge will provide the community with a disruptive methodology that sheds light on protein evolution rates over long timescales while enhancing predictions of species retaining valuable adaptations to tackle future challenges.
Campo scientifico (EuroSciVoc)
CORDIS classifica i progetti con EuroSciVoc, una tassonomia multilingue dei campi scientifici, attraverso un processo semi-automatico basato su tecniche NLP. Cfr.: Il Vocabolario Scientifico Europeo.
CORDIS classifica i progetti con EuroSciVoc, una tassonomia multilingue dei campi scientifici, attraverso un processo semi-automatico basato su tecniche NLP. Cfr.: Il Vocabolario Scientifico Europeo.
- scienze naturali scienze biologiche biochimica biomolecole proteine
- scienze naturali scienze biologiche biologia evoluzionistica
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Parole chiave
Parole chiave del progetto, indicate dal coordinatore del progetto. Da non confondere con la tassonomia EuroSciVoc (campo scientifico).
Parole chiave del progetto, indicate dal coordinatore del progetto. Da non confondere con la tassonomia EuroSciVoc (campo scientifico).
Programma(i)
Programmi di finanziamento pluriennali che definiscono le priorità dell’UE in materia di ricerca e innovazione.
Programmi di finanziamento pluriennali che definiscono le priorità dell’UE in materia di ricerca e innovazione.
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HORIZON.1.2 - Marie Skłodowska-Curie Actions (MSCA)
PROGRAMMA PRINCIPALE
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Argomento(i)
Gli inviti a presentare proposte sono suddivisi per argomenti. Un argomento definisce un’area o un tema specifico per il quale i candidati possono presentare proposte. La descrizione di un argomento comprende il suo ambito specifico e l’impatto previsto del progetto finanziato.
Gli inviti a presentare proposte sono suddivisi per argomenti. Un argomento definisce un’area o un tema specifico per il quale i candidati possono presentare proposte. La descrizione di un argomento comprende il suo ambito specifico e l’impatto previsto del progetto finanziato.
Meccanismo di finanziamento
Meccanismo di finanziamento (o «Tipo di azione») all’interno di un programma con caratteristiche comuni. Specifica: l’ambito di ciò che viene finanziato; il tasso di rimborso; i criteri di valutazione specifici per qualificarsi per il finanziamento; l’uso di forme semplificate di costi come gli importi forfettari.
Meccanismo di finanziamento (o «Tipo di azione») all’interno di un programma con caratteristiche comuni. Specifica: l’ambito di ciò che viene finanziato; il tasso di rimborso; i criteri di valutazione specifici per qualificarsi per il finanziamento; l’uso di forme semplificate di costi come gli importi forfettari.
HORIZON-TMA-MSCA-PF-EF - HORIZON TMA MSCA Postdoctoral Fellowships - European Fellowships
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Invito a presentare proposte
Procedura per invitare i candidati a presentare proposte di progetti, con l’obiettivo di ricevere finanziamenti dall’UE.
Procedura per invitare i candidati a presentare proposte di progetti, con l’obiettivo di ricevere finanziamenti dall’UE.
(si apre in una nuova finestra) HORIZON-MSCA-2024-PF-01
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Contributo finanziario netto dell’UE. La somma di denaro che il partecipante riceve, decurtata dal contributo dell’UE alla terza parte collegata. Tiene conto della distribuzione del contributo finanziario dell’UE tra i beneficiari diretti del progetto e altri tipi di partecipanti, come i partecipanti terzi.
80539 MUNCHEN
Germania
I costi totali sostenuti dall’organizzazione per partecipare al progetto, compresi i costi diretti e indiretti. Questo importo è un sottoinsieme del bilancio complessivo del progetto.