Opis projektu
Odkrycie ograniczeń ewolucyjnych roślin dzięki wnioskowaniu o wieku aminokwasów
Jedno z najważniejszych pytań w biologii ewolucyjnej dotyczy tego, czy rośliny wykorzystują wielokrotnie te same programy genetyczne, aby przystosować się do presji środowiskowej w dłuższym okresie. Nieco więcej światła na ten problem może rzucić badanie sekwencji białek w różnych liniach. Niestety, obecne metody, które opierają się na pojedynczej optymalnej konfiguracji dopasowania, nie przewidują dywergencji ewolucyjnej, tym samym uniemożliwiając identyfikację podstawień, które mogłyby drogą konwergencji zmieniać fenotypy adaptacyjne. Korzystając ze wsparcia programu działań „Maria Skłodowska-Curie”, zespół projektu RecAminoAge zamierza opracować nowe ramy umożliwiające wnioskowanie o wspólnym pochodzeniu ewolucyjnym dzięki włączeniu nieoptymalnych konfiguracji dopasowania. Metoda ta, określona jako „wiek aminokwasów”, pozwoli na sekwencyjne datowanie podstawień białek, dopóki jedno z nich nie przestanie być stabilne w nieoptymalnym dopasowaniu, tym samym wskazując na ewolucyjne pochodzenie/wiek aminokwasu w białku.
Cel
Plants constantly face environmental challenges, impacting ecosystem stability, promoting new pathogens and compromising food security. A fundamental question in evolutionary biology is whether repeated adaptations, driven by similar environmental pressures, rely on the same genetic programs, especially over long timescales. Protein sequences, increasingly available across diverse lineages, offer a unique opportunity to tackle this issue on an unprecedented scale. However, as evolutionary divergence increases, current methods result in substantial information loss and an inherent bias due to reliance on a single optimal alignment configuration. This, in turn, makes it difficult to identify which substitutions among billions could convergently alter adaptive phenotypes.
To overcome these challenges, I will establish a novel framework for inferring common evolutionary origins by incorporating suboptimal alignment configurations. Summarized as “amino acid ages”, I will date protein substitutions in a ladder-like fashion until a substitution is no longer stable in the suboptimal alignment space. The taxonomic level of the detected substitution will indicate the evolutionary origin/age of an amino acid within a protein. I hypothesize that amino acid ages capture emerging nuances missed in divergent lineages since suboptimal configurations may expose hidden evolutionary constraints.
First, I will develop a fast and scalable computation of amino acid ages for community use. Second, I will generate a resource containing amino acid age annotations for all available plants. Third, I will establish associations between candidate protein substitutions that lack assigned ages, not acquired through common ancestry, and recurrent adaptive traits.
RecAminoAge will provide the community with a disruptive methodology that sheds light on protein evolution rates over long timescales while enhancing predictions of species retaining valuable adaptations to tackle future challenges.
Dziedzina nauki (EuroSciVoc)
Klasyfikacja projektów w serwisie CORDIS opiera się na wielojęzycznej taksonomii EuroSciVoc, obejmującej wszystkie dziedziny nauki, w oparciu o półautomatyczny proces bazujący na technikach przetwarzania języka naturalnego. Więcej informacji: Europejski Słownik Naukowy.
Klasyfikacja projektów w serwisie CORDIS opiera się na wielojęzycznej taksonomii EuroSciVoc, obejmującej wszystkie dziedziny nauki, w oparciu o półautomatyczny proces bazujący na technikach przetwarzania języka naturalnego. Więcej informacji: Europejski Słownik Naukowy.
- nauki przyrodnicze nauki biologiczne biochemia biocząsteczki białka
- nauki przyrodnicze nauki biologiczne biologia ewolucyjna
Aby użyć tej funkcji, musisz się zalogować lub zarejestrować
Słowa kluczowe
Słowa kluczowe dotyczące projektu wybrane przez koordynatora projektu. Nie należy mylić ich z pojęciami z taksonomii EuroSciVoc dotyczącymi dziedzin nauki.
Słowa kluczowe dotyczące projektu wybrane przez koordynatora projektu. Nie należy mylić ich z pojęciami z taksonomii EuroSciVoc dotyczącymi dziedzin nauki.
Program(-y)
Wieloletnie programy finansowania, które określają priorytety Unii Europejskiej w obszarach badań naukowych i innowacji.
Wieloletnie programy finansowania, które określają priorytety Unii Europejskiej w obszarach badań naukowych i innowacji.
-
HORIZON.1.2 - Marie Skłodowska-Curie Actions (MSCA)
GŁÓWNY PROGRAM
Wyświetl wszystkie projekty finansowane w ramach tego programu
Temat(-y)
Zaproszenia do składania wniosków dzielą się na tematy. Każdy temat określa wybrany obszar lub wybrane zagadnienie, których powinny dotyczyć wnioski składane przez wnioskodawców. Opis tematu obejmuje jego szczegółowy zakres i oczekiwane oddziaływanie finansowanego projektu.
Zaproszenia do składania wniosków dzielą się na tematy. Każdy temat określa wybrany obszar lub wybrane zagadnienie, których powinny dotyczyć wnioski składane przez wnioskodawców. Opis tematu obejmuje jego szczegółowy zakres i oczekiwane oddziaływanie finansowanego projektu.
System finansowania
Program finansowania (lub „rodzaj działania”) realizowany w ramach programu o wspólnych cechach. Określa zakres finansowania, stawkę zwrotu kosztów, szczegółowe kryteria oceny kwalifikowalności kosztów w celu ich finansowania oraz stosowanie uproszczonych form rozliczania kosztów, takich jak rozliczanie ryczałtowe.
Program finansowania (lub „rodzaj działania”) realizowany w ramach programu o wspólnych cechach. Określa zakres finansowania, stawkę zwrotu kosztów, szczegółowe kryteria oceny kwalifikowalności kosztów w celu ich finansowania oraz stosowanie uproszczonych form rozliczania kosztów, takich jak rozliczanie ryczałtowe.
HORIZON-TMA-MSCA-PF-EF - HORIZON TMA MSCA Postdoctoral Fellowships - European Fellowships
Wyświetl wszystkie projekty finansowane w ramach tego programu finansowania
Zaproszenie do składania wniosków
Procedura zapraszania wnioskodawców do składania wniosków projektowych w celu uzyskania finansowania ze środków Unii Europejskiej.
Procedura zapraszania wnioskodawców do składania wniosków projektowych w celu uzyskania finansowania ze środków Unii Europejskiej.
(odnośnik otworzy się w nowym oknie) HORIZON-MSCA-2024-PF-01
Wyświetl wszystkie projekty finansowane w ramach tego zaproszeniaKoordynator
Kwota netto dofinansowania ze środków Unii Europejskiej. Suma środków otrzymanych przez uczestnika, pomniejszona o kwotę unijnego dofinansowania przekazanego powiązanym podmiotom zewnętrznym. Uwzględnia podział unijnego dofinansowania pomiędzy bezpośrednich beneficjentów projektu i pozostałych uczestników, w tym podmioty zewnętrzne.
80539 MUNCHEN
Niemcy
Ogół kosztów poniesionych przez organizację w związku z uczestnictwem w projekcie. Obejmuje koszty bezpośrednie i pośrednie. Kwota stanowi część całkowitego budżetu projektu.