Descripción del proyecto
Factores de transcripción específicos y su papel en la expresión génica
Los factores de transcripción (FT) son proteínas que desempeñan un papel fundamental en la transcripción del ADN en ARN. En el proyecto GRADMAP, que cuenta con el apoyo de las acciones Marie Skłodowska-Curie, se investigará la hipótesis de que los FT se organizan de manera espacial no aleatoria dentro del núcleo celular y forman gradientes radiales que podrían ser esenciales para regular la expresión génica. Para ello, se diferenciarán las células madre hematopoyéticas en diferentes linajes y se empleará la técnica CUT&RUN para delinear, a lo largo del tiempo y dentro del núcleo, los lugares donde los factores de transcripción se unen al ADN.
Objetivo
Here I propose an ambitious project designed to explore an exciting new hypothesis: TFs are non-randomly spatially organised within the cell nucleus, forming radial gradients that likely play an important role in regulating gene expression. This idea was born from one of the intriguing discoveries revealed by Genomic loci Positioning by Sequencing (GPSeq), a technique developed in the host lab, that the binding motifs of the majority of human transcription factors (TFs) seem to form radial density gradients, with some TF binding motifs being more abundant towards the nuclear periphery, whilst others more abundant in the centre. Furthermore, preliminary analysis showed that the predicted binding motifs of master regulator TFs specifying lymphoid vs myeloid lineages form opposing radial gradients, suggesting that this mode of transcriptional regulation is critical for cell fate specification. In this project, I will differentiate hematopoietic stem cell (HSC) into opposing lineages (lymphoid/myeloid) and perform TF CUT&RUN to assay TF occupancy and chromatin landscape, coupled with GPSeq to assay the radial arrangement of chromatin in these lineages. The intersection of these two genome-wide datasets will provide the first ever map of the occupancy of lineage specific transcription factors through differentiation time and nuclear space with respect to radiality. In parallel I will generate additional omics datasets in these cell populations to assay chromatin accessibility, transcription and chromatin interactions to build a comprehensive, multi-dimensional genomic atlas in which the spatial arrangement of TFs can be linked with gene expression dynamics. Crucially, no other study has thus far addressed this novel hypothesis; my work will provide significant advancements in understanding the interplay of genome architecture with transcriptional regulation and cell-fate specification.
Palabras clave
Palabras clave del proyecto indicadas por el coordinador del proyecto. No confundir con la taxonomía EuroSciVoc (Ámbito científico).
Palabras clave del proyecto indicadas por el coordinador del proyecto. No confundir con la taxonomía EuroSciVoc (Ámbito científico).
Programa(s)
Programas de financiación plurianuales que definen las prioridades de la UE en materia de investigación e innovación.
Programas de financiación plurianuales que definen las prioridades de la UE en materia de investigación e innovación.
-
HORIZON.1.2 - Marie Skłodowska-Curie Actions (MSCA)
PROGRAMA PRINCIPAL
Ver todos los proyectos financiados en el marco de este programa
Tema(s)
Las convocatorias de propuestas se dividen en temas. Un tema define una materia o área específica para la que los solicitantes pueden presentar propuestas. La descripción de un tema comprende su alcance específico y la repercusión prevista del proyecto financiado.
Las convocatorias de propuestas se dividen en temas. Un tema define una materia o área específica para la que los solicitantes pueden presentar propuestas. La descripción de un tema comprende su alcance específico y la repercusión prevista del proyecto financiado.
Régimen de financiación
Régimen de financiación (o «Tipo de acción») dentro de un programa con características comunes. Especifica: el alcance de lo que se financia; el porcentaje de reembolso; los criterios específicos de evaluación para optar a la financiación; y el uso de formas simplificadas de costes como los importes a tanto alzado.
Régimen de financiación (o «Tipo de acción») dentro de un programa con características comunes. Especifica: el alcance de lo que se financia; el porcentaje de reembolso; los criterios específicos de evaluación para optar a la financiación; y el uso de formas simplificadas de costes como los importes a tanto alzado.
HORIZON-TMA-MSCA-PF-EF - HORIZON TMA MSCA Postdoctoral Fellowships - European Fellowships
Ver todos los proyectos financiados en el marco de este régimen de financiación
Convocatoria de propuestas
Procedimiento para invitar a los solicitantes a presentar propuestas de proyectos con el objetivo de obtener financiación de la UE.
Procedimiento para invitar a los solicitantes a presentar propuestas de proyectos con el objetivo de obtener financiación de la UE.
(se abrirá en una nueva ventana) HORIZON-MSCA-2024-PF-01
Ver todos los proyectos financiados en el marco de esta convocatoriaCoordinador
Aportación financiera neta de la UE. Es la suma de dinero que recibe el participante, deducida la aportación de la UE a su tercero vinculado. Considera la distribución de la aportación financiera de la UE entre los beneficiarios directos del proyecto y otros tipos de participantes, como los terceros participantes.
20157 Milano
Italia
Los costes totales en que ha incurrido esta organización para participar en el proyecto, incluidos los costes directos e indirectos. Este importe es un subconjunto del presupuesto total del proyecto.