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Fast and comprehensive structure identification in cryo-ET using deep learning and tomogram optimisation

Obiettivo

Cryo-electron tomography (cryo-ET) revolutionises cellular structure visualisation, but extracting biological insights is often hindered by limitations of subtomogram averaging (STA). With AlphaFold2's recent breakthroughs in structure prediction, identifying known structures in their 3D cellular context is often more important than structure determination by STA. The TomoFind project aims to significantly improve our ability to identify biomolecular structures within tomographic reconstructions.

This goal will be pursued through three interconnected approaches: 1) Developing deep learning tools for rapid and comprehensive identification of known structures in tomograms; 2) Refining data acquisition parameters via mathematical modelling and computational optimisation; and 3) Enhancing reconstruction algorithms to fully leverage advancements from 1) and 2). This highly interdisciplinary project combines applied mathematics, machine learning, and structural biology, and close collaboration between computational and experimental groups ensures practical applicability and maximises chances of success.

TomoFind will advance cryo-ET analysis capabilities, enabling investigation of cellular structures and processes at unprecedented resolution and scale. The resulting open-source software will lead to high impact across structural and cell biology research communities.

The host institution's world-class technical expertise and state-of-the-art facilities provide an ideal environment for this project. This, combined with the applicant's interdisciplinary background spanning applied mathematics, data science, and computational imaging, forms a strong foundation, crucial for the success of TomoFind. The project will enhance the applicant's skills and network, boosting future prospects for prestigious European research positions. The host institute will also benefit from the project's outcomes, advancing its research capabilities in cryo-ET and structural biology.

Campo scientifico (EuroSciVoc)

CORDIS classifica i progetti con EuroSciVoc, una tassonomia multilingue dei campi scientifici, attraverso un processo semi-automatico basato su tecniche NLP. Cfr.: Il Vocabolario Scientifico Europeo.

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Parole chiave

Parole chiave del progetto, indicate dal coordinatore del progetto. Da non confondere con la tassonomia EuroSciVoc (campo scientifico).

Programma(i)

Programmi di finanziamento pluriennali che definiscono le priorità dell’UE in materia di ricerca e innovazione.

Argomento(i)

Gli inviti a presentare proposte sono suddivisi per argomenti. Un argomento definisce un’area o un tema specifico per il quale i candidati possono presentare proposte. La descrizione di un argomento comprende il suo ambito specifico e l’impatto previsto del progetto finanziato.

Meccanismo di finanziamento

Meccanismo di finanziamento (o «Tipo di azione») all’interno di un programma con caratteristiche comuni. Specifica: l’ambito di ciò che viene finanziato; il tasso di rimborso; i criteri di valutazione specifici per qualificarsi per il finanziamento; l’uso di forme semplificate di costi come gli importi forfettari.

HORIZON-TMA-MSCA-PF-EF - HORIZON TMA MSCA Postdoctoral Fellowships - European Fellowships

Vedi tutti i progetti finanziati nell’ambito di questo schema di finanziamento

Invito a presentare proposte

Procedura per invitare i candidati a presentare proposte di progetti, con l’obiettivo di ricevere finanziamenti dall’UE.

(si apre in una nuova finestra) HORIZON-MSCA-2024-PF-01

Vedi tutti i progetti finanziati nell’ambito del bando

Coordinatore

UNITED KINGDOM RESEARCH AND INNOVATION
Contributo netto dell'UE

Contributo finanziario netto dell’UE. La somma di denaro che il partecipante riceve, decurtata dal contributo dell’UE alla terza parte collegata. Tiene conto della distribuzione del contributo finanziario dell’UE tra i beneficiari diretti del progetto e altri tipi di partecipanti, come i partecipanti terzi.

€ 260 347,92
Indirizzo
POLARIS HOUSE NORTH STAR AVENUE
SN2 1FL SWINDON
Regno Unito

Mostra sulla mappa

Regione
South West (England) Gloucestershire, Wiltshire and Bristol/Bath area Swindon
Tipo di attività
Research Organisations
Collegamenti
Costo totale

I costi totali sostenuti dall’organizzazione per partecipare al progetto, compresi i costi diretti e indiretti. Questo importo è un sottoinsieme del bilancio complessivo del progetto.

Nessun dato
Il mio fascicolo 0 0