Projektbeschreibung
Neue Funktionen von Phagen bei der Genomeditierung entdecken
Bakteriophagen sind in über zwei Dritteln aller bakteriellen Genome zu finden und machen etwa 10 % ihrer DNS aus. Sie können sich während der Lysogenie in Wirtsgene integrieren und so die bakterielle Entwicklung und mikrobielle Gemeinschaften wie das menschliche Darmmikrobiom beeinflussen. Die evolutionären Mechanismen hinter der Phagenintegration und ihre regulatorischen Auswirkungen sind jedoch nach wie vor unklar. In diesem Zusammenhang wird das EU-finanzierte Projekt PHAGE_ATTACH mithilfe der Bioinformatik und einer neuen Prophagen-Datenbank untersuchen, wie sich spezifische Phagenintegrationen auf die Interaktionen zwischen Wirt und Phage auswirken. Mit Schwerpunkt auf Bacillus subtilis werden die Integrase-Spezifität und deren Auswirkungen auf die Fitness von Phagen und Wirten mithilfe von gentechnisch veränderten Phagen und Bildgebung untersucht, um neue Funktionen von Phagen bei der Genom-Editierung aufzudecken und das Verständnis der Koevolution von Phagen und Bakterien zu vertiefen.
Ziel
Bacteriophages are found in over two-thirds of sequenced bacterial genomes, with phage DNA making up an estimated 10% of these genomes. Recent studies suggest that phage DNA integration, during so called lysogeny, can lead to interactions with bacterial hosts that are more complex than once thought. There are phages which very specifically and reversibly integrate into host genes, modulating host development. Altering bacterial behaviours can have detrimental consequences in microbial communities, such as those found in the human gut. However, it is unclear how specific phage integration mechanisms evolve, or if integration specificity influences regulation during lysogeny. I hypothesise that phage integration components are a key factor in phage-host interactions, with attachment sites (att) and phage integrases under strong evolutionary pressure. This project's goal is to examine the consequences of specific phage integration for the host and for the phage and to understand how integration components are directed by evolution. This will be fulfilled via three research objectives: 1) bioinformatics analysis of phage integration components, capitalizing on newly built prophage database and focusing on conservation of host att genes and phage integrases; 2) investigation of the effects of integrase specificity on phage-host interactions and fitness via combining engineered phages and trackable host with high-throughput imaging and RNA sequencing. 3) testing the long-term effect of specific att sites on host genome evolution in ecological context to Bacillus subtilis was selected as the model host due to its tractability, biotechnological importance, and susceptibility to phages with highly specific integrases. Understanding the impacts of phage integration specificity and its evolution will reveal new phage roles in host genome editing and gene transfer, improve our knowledge of phage-bacteria coevolution and it will pave new ways to engineering of bacterial genomes.
Wissenschaftliches Gebiet (EuroSciVoc)
CORDIS klassifiziert Projekte mit EuroSciVoc, einer mehrsprachigen Taxonomie der Wissenschaftsbereiche, durch einen halbautomatischen Prozess, der auf Verfahren der Verarbeitung natürlicher Sprache beruht. Siehe: Das European Science Vocabulary.
CORDIS klassifiziert Projekte mit EuroSciVoc, einer mehrsprachigen Taxonomie der Wissenschaftsbereiche, durch einen halbautomatischen Prozess, der auf Verfahren der Verarbeitung natürlicher Sprache beruht. Siehe: Das European Science Vocabulary.
- Naturwissenschaften Biowissenschaften Mikrobiologie Virologie
- Naturwissenschaften Biowissenschaften Genetik DNS
- Naturwissenschaften Biowissenschaften Evolutionsbiologie
- Naturwissenschaften Biowissenschaften Genetik RNS
- Naturwissenschaften Biowissenschaften Genetik Genom
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Schlüsselbegriffe
Schlüsselbegriffe des Projekts, wie vom Projektkoordinator angegeben. Nicht zu verwechseln mit der EuroSciVoc-Taxonomie (Wissenschaftliches Gebiet).
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Programm/Programme
Mehrjährige Finanzierungsprogramme, in denen die Prioritäten der EU für Forschung und Innovation festgelegt sind.
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HORIZON.4.1 - Widening participation and spreading excellence
HAUPTPROGRAMM
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Thema/Themen
Aufforderungen zur Einreichung von Vorschlägen sind nach Themen gegliedert. Ein Thema definiert einen bestimmten Bereich oder ein Gebiet, zu dem Vorschläge eingereicht werden können. Die Beschreibung eines Themas umfasst seinen spezifischen Umfang und die erwarteten Auswirkungen des finanzierten Projekts.
Aufforderungen zur Einreichung von Vorschlägen sind nach Themen gegliedert. Ein Thema definiert einen bestimmten Bereich oder ein Gebiet, zu dem Vorschläge eingereicht werden können. Die Beschreibung eines Themas umfasst seinen spezifischen Umfang und die erwarteten Auswirkungen des finanzierten Projekts.
Finanzierungsplan
Finanzierungsregelung (oder „Art der Maßnahme“) innerhalb eines Programms mit gemeinsamen Merkmalen. Sieht folgendes vor: den Umfang der finanzierten Maßnahmen, den Erstattungssatz, spezifische Bewertungskriterien für die Finanzierung und die Verwendung vereinfachter Kostenformen wie Pauschalbeträge.
Finanzierungsregelung (oder „Art der Maßnahme“) innerhalb eines Programms mit gemeinsamen Merkmalen. Sieht folgendes vor: den Umfang der finanzierten Maßnahmen, den Erstattungssatz, spezifische Bewertungskriterien für die Finanzierung und die Verwendung vereinfachter Kostenformen wie Pauschalbeträge.
HORIZON-TMA-MSCA-PF-EF - HORIZON TMA MSCA Postdoctoral Fellowships - European Fellowships
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Aufforderung zur Vorschlagseinreichung
Verfahren zur Aufforderung zur Einreichung von Projektvorschlägen mit dem Ziel, eine EU-Finanzierung zu erhalten.
Verfahren zur Aufforderung zur Einreichung von Projektvorschlägen mit dem Ziel, eine EU-Finanzierung zu erhalten.
(öffnet in neuem Fenster) HORIZON-WIDERA-2024-TALENTS-02
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Finanzieller Nettobeitrag der EU. Der Geldbetrag, den der Beteiligte erhält, abzüglich des EU-Beitrags an mit ihm verbundene Dritte. Berücksichtigt die Aufteilung des EU-Finanzbeitrags zwischen den direkten Begünstigten des Projekts und anderen Arten von Beteiligten, wie z. B. Dritten.
1000 Ljubljana
Slowenien
Die Gesamtkosten, die dieser Organisation durch die Beteiligung am Projekt entstanden sind, einschließlich der direkten und indirekten Kosten. Dieser Betrag ist Teil des Gesamtbudgets des Projekts.