Descrizione del progetto
Scoprire nuovi ruoli dei fagi nell’editing del genoma
I batteriofagi abitano più di due terzi dei genomi batterici e rappresentano circa il 10 % del loro DNA. Possono integrarsi nei geni dell’ospite durante la lisogenia, influenzando lo sviluppo batterico e le comunità microbiche come il microbioma intestinale umano. Tuttavia, i meccanismi evolutivi alla base dell’integrazione fagica e dei suoi effetti regolatori rimangono poco chiari. In questo contesto, il progetto PHAGE_ATTACH, finanziato dall’UE, studierà il modo in cui specifiche integrazioni fagiche influenzano le interazioni ospite-batteriofago utilizzando la bioinformatica e una nuova banca dati dei profagi. Concentrandosi sul Bacillus subtilis, esaminerà la specificità dell’integrasi e i suoi effetti sulla idoneità del batteriofago-ospite attraverso fagi ingegnerizzati e l’imaging, con l’obiettivo di rivelare nuovi ruoli dei fagi nell’editing del genoma e approfondire la comprensione della coevoluzione fago-batterio.
Obiettivo
Bacteriophages are found in over two-thirds of sequenced bacterial genomes, with phage DNA making up an estimated 10% of these genomes. Recent studies suggest that phage DNA integration, during so called lysogeny, can lead to interactions with bacterial hosts that are more complex than once thought. There are phages which very specifically and reversibly integrate into host genes, modulating host development. Altering bacterial behaviours can have detrimental consequences in microbial communities, such as those found in the human gut. However, it is unclear how specific phage integration mechanisms evolve, or if integration specificity influences regulation during lysogeny. I hypothesise that phage integration components are a key factor in phage-host interactions, with attachment sites (att) and phage integrases under strong evolutionary pressure. This project's goal is to examine the consequences of specific phage integration for the host and for the phage and to understand how integration components are directed by evolution. This will be fulfilled via three research objectives: 1) bioinformatics analysis of phage integration components, capitalizing on newly built prophage database and focusing on conservation of host att genes and phage integrases; 2) investigation of the effects of integrase specificity on phage-host interactions and fitness via combining engineered phages and trackable host with high-throughput imaging and RNA sequencing. 3) testing the long-term effect of specific att sites on host genome evolution in ecological context to Bacillus subtilis was selected as the model host due to its tractability, biotechnological importance, and susceptibility to phages with highly specific integrases. Understanding the impacts of phage integration specificity and its evolution will reveal new phage roles in host genome editing and gene transfer, improve our knowledge of phage-bacteria coevolution and it will pave new ways to engineering of bacterial genomes.
Campo scientifico (EuroSciVoc)
CORDIS classifica i progetti con EuroSciVoc, una tassonomia multilingue dei campi scientifici, attraverso un processo semi-automatico basato su tecniche NLP. Cfr.: Il Vocabolario Scientifico Europeo.
CORDIS classifica i progetti con EuroSciVoc, una tassonomia multilingue dei campi scientifici, attraverso un processo semi-automatico basato su tecniche NLP. Cfr.: Il Vocabolario Scientifico Europeo.
- scienze naturali scienze biologiche microbiologia virologia
- scienze naturali scienze biologiche genetica DNA
- scienze naturali scienze biologiche biologia evoluzionistica
- scienze naturali scienze biologiche genetica RNA
- scienze naturali scienze biologiche genetica genomi
È necessario effettuare l’accesso o registrarsi per utilizzare questa funzione
Parole chiave
Parole chiave del progetto, indicate dal coordinatore del progetto. Da non confondere con la tassonomia EuroSciVoc (campo scientifico).
Parole chiave del progetto, indicate dal coordinatore del progetto. Da non confondere con la tassonomia EuroSciVoc (campo scientifico).
Programma(i)
Programmi di finanziamento pluriennali che definiscono le priorità dell’UE in materia di ricerca e innovazione.
Programmi di finanziamento pluriennali che definiscono le priorità dell’UE in materia di ricerca e innovazione.
-
HORIZON.4.1 - Widening participation and spreading excellence
PROGRAMMA PRINCIPALE
Vedi tutti i progetti finanziati nell’ambito di questo programma
Argomento(i)
Gli inviti a presentare proposte sono suddivisi per argomenti. Un argomento definisce un’area o un tema specifico per il quale i candidati possono presentare proposte. La descrizione di un argomento comprende il suo ambito specifico e l’impatto previsto del progetto finanziato.
Gli inviti a presentare proposte sono suddivisi per argomenti. Un argomento definisce un’area o un tema specifico per il quale i candidati possono presentare proposte. La descrizione di un argomento comprende il suo ambito specifico e l’impatto previsto del progetto finanziato.
Meccanismo di finanziamento
Meccanismo di finanziamento (o «Tipo di azione») all’interno di un programma con caratteristiche comuni. Specifica: l’ambito di ciò che viene finanziato; il tasso di rimborso; i criteri di valutazione specifici per qualificarsi per il finanziamento; l’uso di forme semplificate di costi come gli importi forfettari.
Meccanismo di finanziamento (o «Tipo di azione») all’interno di un programma con caratteristiche comuni. Specifica: l’ambito di ciò che viene finanziato; il tasso di rimborso; i criteri di valutazione specifici per qualificarsi per il finanziamento; l’uso di forme semplificate di costi come gli importi forfettari.
HORIZON-TMA-MSCA-PF-EF - HORIZON TMA MSCA Postdoctoral Fellowships - European Fellowships
Vedi tutti i progetti finanziati nell’ambito di questo schema di finanziamento
Invito a presentare proposte
Procedura per invitare i candidati a presentare proposte di progetti, con l’obiettivo di ricevere finanziamenti dall’UE.
Procedura per invitare i candidati a presentare proposte di progetti, con l’obiettivo di ricevere finanziamenti dall’UE.
(si apre in una nuova finestra) HORIZON-WIDERA-2024-TALENTS-02
Vedi tutti i progetti finanziati nell’ambito del bandoCoordinatore
Contributo finanziario netto dell’UE. La somma di denaro che il partecipante riceve, decurtata dal contributo dell’UE alla terza parte collegata. Tiene conto della distribuzione del contributo finanziario dell’UE tra i beneficiari diretti del progetto e altri tipi di partecipanti, come i partecipanti terzi.
1000 Ljubljana
Slovenia
I costi totali sostenuti dall’organizzazione per partecipare al progetto, compresi i costi diretti e indiretti. Questo importo è un sottoinsieme del bilancio complessivo del progetto.