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From Farm to Water to Patient: Genomic Source Attribution of Shiga toxin-producing E. coli.

Obiettivo

Human infections with Shiga toxin-producing Escherichia coli (STEC) are rising in the Netherlands and are classified among the zoonoses of highest current risk. Despite decades of investment in food safety surveillance, only about 40% of infections can be linked back to food, leaving the majority of infections without an identified source. This gap points to overlooked environmental pathways, particularly livestock reservoirs and contaminated surface waters, that remain poorly understood. My project will generate the first national, year-long dataset of STEC genomes from humans, underrepresented livestock, and surface waters, combining these data with case-control epidemiology to quantify the contribution of environmental exposures. By applying supervised machine-learning approaches to genomic data, I will be able to attribute infections to their sources with greater accuracy and identify risk factors tied to specific reservoirs rather than broad ecological associations. This integrated approach will move beyond piecemeal surveillance and instead provide a unified picture of how human, animal, and environmental compartments interact to sustain transmission. The results will provide evidence to inform water-quality standards, manure management, and farm biosecurity, while building a model of genomic attribution that can be integrated into national surveillance. In doing so, the fellowship aligns directly with European priorities on zoonotic disease preparedness and sustainable agriculture, ensuring that the outcomes will be relevant not only for the Netherlands but also for other countries facing similar risks. Through this work I aim to close the largest blind spot in STEC epidemiology in the Netherlands, producing insights that are directly relevant for public health policy, food safety, and One Health preparedness across Europe.

Campo scientifico (EuroSciVoc)

CORDIS classifica i progetti con EuroSciVoc, una tassonomia multilingue dei campi scientifici, attraverso un processo semi-automatico basato su tecniche NLP. Cfr.: Il Vocabolario Scientifico Europeo.

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Parole chiave

Parole chiave del progetto, indicate dal coordinatore del progetto. Da non confondere con la tassonomia EuroSciVoc (campo scientifico).

Programma(i)

Programmi di finanziamento pluriennali che definiscono le priorità dell’UE in materia di ricerca e innovazione.

Argomento(i)

Gli inviti a presentare proposte sono suddivisi per argomenti. Un argomento definisce un’area o un tema specifico per il quale i candidati possono presentare proposte. La descrizione di un argomento comprende il suo ambito specifico e l’impatto previsto del progetto finanziato.

Meccanismo di finanziamento

Meccanismo di finanziamento (o «Tipo di azione») all’interno di un programma con caratteristiche comuni. Specifica: l’ambito di ciò che viene finanziato; il tasso di rimborso; i criteri di valutazione specifici per qualificarsi per il finanziamento; l’uso di forme semplificate di costi come gli importi forfettari.

HORIZON-TMA-MSCA-PF-EF - HORIZON TMA MSCA Postdoctoral Fellowships - European Fellowships

Vedi tutti i progetti finanziati nell’ambito di questo schema di finanziamento

Invito a presentare proposte

Procedura per invitare i candidati a presentare proposte di progetti, con l’obiettivo di ricevere finanziamenti dall’UE.

(si apre in una nuova finestra) HORIZON-MSCA-2025-PF

Vedi tutti i progetti finanziati nell’ambito del bando

Coordinatore

UNIVERSITEIT UTRECHT
Contributo netto dell'UE

Contributo finanziario netto dell’UE. La somma di denaro che il partecipante riceve, decurtata dal contributo dell’UE alla terza parte collegata. Tiene conto della distribuzione del contributo finanziario dell’UE tra i beneficiari diretti del progetto e altri tipi di partecipanti, come i partecipanti terzi.

€ 232 916,16
Costo totale

I costi totali sostenuti dall’organizzazione per partecipare al progetto, compresi i costi diretti e indiretti. Questo importo è un sottoinsieme del bilancio complessivo del progetto.

Nessun dato
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