Descrizione del progetto
Decifrare la localizzazione dell’RNA per approfondire la regolazione genica nelle piante
La localizzazione dell’RNA all’interno di una cellula è fondamentale per controllare l’espressione genica, ma i meccanismi che determinano dove le molecole di RNA vengono trasportate e trattenute rimangono ancora poco chiari, in particolare nelle piante. Sostenuto dal programma di azioni Marie Skłodowska-Curie, il progetto D-POLARIS fornirà la prima analisi completa delle regole che governano la localizzazione dell’RNA nelle cellule vegetali, combinando tecniche avanzate di sequenziamento dell’RNA, profilazione della struttura dell’RNA, test reporter ad alta produttività e intelligenza artificiale. Usando la pianta modello Arabidopsis, la ricerca identificherà e convaliderà le caratteristiche sequenziali e strutturali che indirizzano l’RNA verso diversi compartimenti cellulari e ne valuterà gli effetti sulla funzione genica e sui tratti delle piante. I risultati aiuteranno a comprendere meglio la regolazione genica nelle piante e apriranno nuove opportunità per migliorare le colture e la biotecnologia.
Obiettivo
Cellular RNA localization determines transcript fate by controlling its distribution between chromatin, nucleus and cytoplasm. Studies in animal cells have identified a limited number of sequence motifs linked to compartmentalization, but these motifs are often broadly defined and not readily generalizable across species, cell types or conditions. RNA molecules can adopt diverse spatial structures that are involved in various aspects of RNA metabolism. RNA structure has therefore been proposed as an additional layer that regulates RNA subcellular localization.
I aim to deliver the first comprehensive decoding of RNA localization rules in plants by combining compartment-resolved RNA-seq fractionation, in vivo RNA structure profiling, massively parallel reporter assay (MPRA), and AI-driven analyses. Building on my preliminary compartment-resolved RNA-seq fractionation datasets from chromatin-associated, nuclear and cytosolic fractions under control and cold conditions, I will (1) generate compartment-resolved in vivo RNA secondary-structure maps in Arabidopsis, (2) use MPRA to identify and validate sequence–structure motifs that regulate subcellular localization using both traditional bioinformatic and AI-driven modelling to refine motif discovery. (3) Motifs identified through integrated analysis will be validated in native gene contexts via transient expression in Arabidopsis protoplasts and stable complementation of T-DNA mutants with wild-type and motif-altered constructs. Additionally, I will assess whether these motif-driven localization changes cause measurable phenotypic effects.
The outputs will establish a promising conceptual framework for harnessing RNA localization as a regulatory layer of gene expression in plants. Hosted at the John Innes Centre, I shall benefit from advanced training in RNA biology, molecular genetics and AI-driven analysis, complemented by opportunities to boost my professional visibility, leadership capacity and employability.
Campo scientifico (EuroSciVoc)
CORDIS classifica i progetti con EuroSciVoc, una tassonomia multilingue dei campi scientifici, attraverso un processo semi-automatico basato su tecniche NLP. Cfr.: Il Vocabolario Scientifico Europeo.
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Parole chiave
Parole chiave del progetto, indicate dal coordinatore del progetto. Da non confondere con la tassonomia EuroSciVoc (campo scientifico).
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Programma(i)
Programmi di finanziamento pluriennali che definiscono le priorità dell’UE in materia di ricerca e innovazione.
Programmi di finanziamento pluriennali che definiscono le priorità dell’UE in materia di ricerca e innovazione.
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HORIZON.1.2 - Marie Skłodowska-Curie Actions (MSCA)
PROGRAMMA PRINCIPALE
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Argomento(i)
Gli inviti a presentare proposte sono suddivisi per argomenti. Un argomento definisce un’area o un tema specifico per il quale i candidati possono presentare proposte. La descrizione di un argomento comprende il suo ambito specifico e l’impatto previsto del progetto finanziato.
Gli inviti a presentare proposte sono suddivisi per argomenti. Un argomento definisce un’area o un tema specifico per il quale i candidati possono presentare proposte. La descrizione di un argomento comprende il suo ambito specifico e l’impatto previsto del progetto finanziato.
Meccanismo di finanziamento
Meccanismo di finanziamento (o «Tipo di azione») all’interno di un programma con caratteristiche comuni. Specifica: l’ambito di ciò che viene finanziato; il tasso di rimborso; i criteri di valutazione specifici per qualificarsi per il finanziamento; l’uso di forme semplificate di costi come gli importi forfettari.
Meccanismo di finanziamento (o «Tipo di azione») all’interno di un programma con caratteristiche comuni. Specifica: l’ambito di ciò che viene finanziato; il tasso di rimborso; i criteri di valutazione specifici per qualificarsi per il finanziamento; l’uso di forme semplificate di costi come gli importi forfettari.
HORIZON-TMA-MSCA-PF-EF - HORIZON TMA MSCA Postdoctoral Fellowships - European Fellowships
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Invito a presentare proposte
Procedura per invitare i candidati a presentare proposte di progetti, con l’obiettivo di ricevere finanziamenti dall’UE.
Procedura per invitare i candidati a presentare proposte di progetti, con l’obiettivo di ricevere finanziamenti dall’UE.
(si apre in una nuova finestra) HORIZON-MSCA-2025-PF
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Contributo finanziario netto dell’UE. La somma di denaro che il partecipante riceve, decurtata dal contributo dell’UE alla terza parte collegata. Tiene conto della distribuzione del contributo finanziario dell’UE tra i beneficiari diretti del progetto e altri tipi di partecipanti, come i partecipanti terzi.
NR4 7UH NORWICH
Regno Unito
I costi totali sostenuti dall’organizzazione per partecipare al progetto, compresi i costi diretti e indiretti. Questo importo è un sottoinsieme del bilancio complessivo del progetto.