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Intrinsically Disordered Proteins worldwide staff and data EXchange for Ensembles and Curation

Descrizione del progetto

Miglioramento degli studi sulle proteine intrinsecamente disordinate

Lo studio delle proteine intrinsecamente disordinate (IDP), una classe di proteine funzionalmente importanti, è fondamentale per il progresso di una numerosi processi, campi di ricerca e applicazioni industriali. Il loro studio si è rivelato complesso e la mancanza di flussi di lavoro standardizzati ha ostacolato la comunicazione dei dati tra i ricercatori e l’organizzazione delle attività di ricerca. Sostenuto dal programma di azioni Marie Skłodowska-Curie, il progetto IDPexec collaborerà con ricercatori in Europa, Nord America e Giappone per studiare e sviluppare un flusso di lavoro da punto a punto, basato fin dall’inizio su standard condivisi, per la ricerca sulle IDP e per trasformare dati ed evidenze acquisiti in ensemble conformazionali affidabili e funzionalmente interpretabili. Per raggiungere questo obiettivo, il progetto si concentrerà su soluzioni di curatela assistite dall’IA, standard adottati dalla comunità scientifica, ontologie e simulazioni multiscala.

Obiettivo

IDPexec will transform how the community studies intrinsically disordered proteins (IDPs). IDPexec gathers leading groups in Europe, North America and Japan to deliver a standards-first, end-to-end workflow that turns heterogeneous evidence into trustworthy, functionally interpretable conformational ensembles. WP1 extends and operationalises community standards and ontologies, e.g. MIADE for experimental reporting, IDPO with GO/ECO for semantics. Curated records and ensembles will be deposited and cross-linked across databases (e.g. DisProt, PED, UniProt) to ensure FAIR access.
WP2 scales high-quality AI-assisted curation and adds evolutionary context (e.g. multiple sequence alignments, phylogenies and bulk feature) to prioritise conserved IDPs, identify lineage-specific segments and build gold-standard datasets. WP3 delivers integrative ensemble generation by combining multi-scale simulations with machine-learning guidance and rigorous refinement against NMR, EPR, SAXS/SANS and smFRET using Bayesian/maximum-entropy approaches with explicit uncertainty quantification. Open, containerised software and interoperable workflows will be released to the community.
WP4 establishes a benchmarking and validation framework with preregistered tasks, multi-criteria metrics (e.g. fit to observables, uncertainty) and public leaderboards—closing the loop between method development and biological insight (e.g. phase separation, transient secondary structure, mutation sensitivity). International secondments drive bidirectional knowledge transfer among curators, experimentalists and modellers. Training events build a skilled workforce fluent in standards, FAIR data stewardship and integrative modelling. By delivering calibrated forward models and uncertainty-aware refinement, and institutionalising open benchmarks, IDPexec will raise the bar for IDP research, accelerate adoption in academia and industry, and position Europe as a global hub for IDP data, methods and training.

Campo scientifico (EuroSciVoc)

Parole chiave

Programma(i)

Argomento(i)

Meccanismo di finanziamento

HORIZON-TMA-MSCA-SE - HORIZON TMA MSCA Staff Exchanges

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Invito a presentare proposte

(si apre in una nuova finestra) HORIZON-MSCA-2025-SE-01

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Coordinatore

UNIVERSITA DEGLI STUDI DI PADOVA
Contributo netto dell'UE
€ 200 400,00
Indirizzo
VIA 8 FEBBRAIO 2
35122 Padova
Italia
Regione
Nord-Est Veneto Padova
Tipo di attività
Higher or Secondary Education Establishments
Collegamenti
Costo totale
Nessun dato

Partecipanti (6)

Partner (11)