Translational quantitative systems toxicology to improve the understanding of the safety of medicines - Sofia: 116030 | TransQST | Project | Results | H2020 | CORDIS

Veröffentlichungen

Homeostasis, injury and recovery dynamics at multiple scales in a self-organizing mouse intestinal crypt

Autoren: Louis Gall, Carrie Duckworth, Ferran Jardi, Lieve Lammens, Aimee Parker, Ambra Bianco, Holly Kimko, David Mark Pritchard, Carmen Pin
Veröffentlicht in: eLife, 2023, ISSN 2050-084X
Herausgeber: eLife Sciences Publications
DOI: 10.7554/elife.85478

Genetic polymorphism in ATIC is associated with effectiveness and toxicity of pemetrexed in non-small-cell lung cancer

Autoren: Sabine Visser, Stijn Koolen, Nadine van Donk, Nico van Walree, Cor van der Leest, Robin Cornelissen, Ron van Schaik, Ron Mathijssen, Joachim Aerts, Bruno H Stricker
Veröffentlicht in: Thorax, Ausgabe 76/11, 2021, Seite(n) 1150-1153, ISSN 0040-6376
Herausgeber: BMJ Publishing Group
DOI: 10.1136/thoraxjnl-2020-216504

Dysregulated mesenchymal PDGFR‐β drives kidney fibrosis

Autoren: Eva M Buhl, Sonja Djudjaj, Barbara M Klinkhammer, Katja Ermert, Victor G Puelles, Maja T Lindenmeyer, Clemens D Cohen, Chaoyong He, Erawan Borkham‐Kamphorst, Ralf Weiskirchen, Bernd Denecke, Panuwat Trairatphisan, Julio Saez‐Rodriguez, Tobias B Huber, Lorin E Olson, Jürgen Floege, Peter Boor
Veröffentlicht in: EMBO Molecular Medicine, Ausgabe 12/3, 2020, ISSN 1757-4676
Herausgeber: John Wiley & Sons Ltd.
DOI: 10.15252/emmm.201911021

Utilization of Pharmacokinetic/ Pharmacodynamic Modeling in Pharmacoepidemiological Studies: ASystematic Review on Antiarrhythmic and Glucose-Lowering Medicines

Autoren: Soroush Mohammadi Jouabadi, Mitra Nekouei Shahraki, Payam Peymani, Bruno H. Stricker and Fariba Ahmadizar
Veröffentlicht in: Frontiers in Pharmacology, 2022, ISSN 1663-9812
Herausgeber: Frontiers Media S.A.
DOI: 10.3389/fphar.2022.908538

The human hepatocyte TXG-MAPr: gene co-expression network modules to support mechanism-based risk assessment

Autoren: Giulia Callegaro, Steven J. Kunnen, Panuwat Trairatphisan, Solène Grosdidier, Marije Niemeijer, Wouter den Hollander, Emre Guney, Janet Piñero Gonzalez, Laura Furlong, Yue W. Webster, Julio Saez-Rodriguez, Jeffrey J. Sutherland, Jennifer Mollon, James L. Stevens, Bob van de Water
Veröffentlicht in: Archives of Toxicology, Ausgabe 95/12, 2021, Seite(n) 3745-3775, ISSN 0340-5761
Herausgeber: Springer Verlag
DOI: 10.1007/s00204-021-03141-w

Benchmarking post-GWAS analysis tools in major depression: Challenges and implications

Autoren: Judith Pérez-Granado, Janet Piñero and Laura I. Furlong
Veröffentlicht in: Frontiers in Genetics, Ausgabe 16648021, 2022, ISSN 1664-8021
Herausgeber: Frontiers Media
DOI: 10.3389/fgene.2022.1006903

Applying the CiPA Approach to Evaluate Cardiac Proarrhythmia Risk of some Antimalarials Used Off‐label in the First Wave of COVID‐19

Autoren: Annie Delaunois, Matthew Abernathy, Warren D. Anderson, Kylie A. Beattie, Khuram W. Chaudhary, Julie Coulot, Vitalina Gryshkova, Simon Hebeisen, Mark Holbrook, James Kramer, Yuri Kuryshev, Derek Leishman, Isabel Lushbough, Elisa Passini, Will S. Redfern, Blanca Rodriguez, Eric I. Rossman, Cristian Trovato, Caiyun Wu, Jean‐Pierre Valentin
Veröffentlicht in: Clinical and Translational Science, 2021, ISSN 1752-8054
Herausgeber: Wiley-Blackwell
DOI: 10.1111/cts.13011

The virtual assay software for human in silico drug trials to augment drug cardiac testing

Autoren: Elisa Passini, Xin Zhou, Cristian Trovato, Oliver J Britton, Alfonso Bueno-Orovio, Blanca Rodriguez
Veröffentlicht in: Journal of Computational Science, 2020, Seite(n) 101202, ISSN 1877-7503
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.jocs.2020.101202

Path4Drug: Data Science Workflow for Identification of Tissue-Specific Biological Pathways Modulated by Toxic Drugs

Autoren: Barbara Füzi, Jana Gurinova, Henning Hermjakob, Gerhard F. Ecker, Rahuman Sheriff
Veröffentlicht in: Frontiers in Pharmacology, Ausgabe 12, 2021, ISSN 1663-9812
Herausgeber: Frontiers Media S.A.
DOI: 10.3389/fphar.2021.708296

Blinded In Silico Drug Trial Reveals the Minimum Set of Ion Channels for Torsades de Pointes Risk Assessment

Autoren: Xin Zhou, Yusheng Qu, Elisa Passini, Alfonso Bueno-Orovio, Yang Liu, Hugo M. Vargas, Blanca Rodriguez
Veröffentlicht in: Frontiers in Pharmacology, Ausgabe 10, 2020, ISSN 1663-9812
Herausgeber: Frontiers Media S.A.
DOI: 10.3389/fphar.2019.01643

Parallel ant colony optimization for the training of cell signaling networks

Autoren: Patricia González, Roberto Prado-Rodriguez, Attila Gábor, Julio Saez-Rodriguez, Julio R.Banga, Ramón Doallo
Veröffentlicht in: Expert Systems with Applications, 2022, ISSN 0957-4174
Herausgeber: Pergamon Press Ltd.
DOI: 10.1016/j.eswa.2022.118199

A novel cardiovascular systems model to quantify drugs effects on the inter-relationship between contractility and other hemodynamic variables

Autoren: Yu Fu, Hadi Taghvafard, Medhat M Said, Eric I Rossman, Teresa A Collins, Stéphanie Billiald-Desquand, Derek Leishman, Piet H van der Graaf, J G Coen van Hasselt, Nelleke Snelder
Veröffentlicht in: CPT: pharmacometrics & systems pharmacology, 2022, ISSN 2163-8306
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1002/psp4.12774

Mouse organoids as an in vitro tool to study the in vivo intestinal response to cytotoxicants

Autoren: F Jardi, C Kelly, C Teague, H Fowler-Williams, D C Sevin, D Rodrigues, H Jo, S Ferreira, B Herpers, M Van Heerden, T de Kok, C Pin, A Lynch, C A Duckworth, S De Jonghe, L Lammens, D M Pritchard
Veröffentlicht in: Archives of Toxicology, Ausgabe 03405761, 2022, ISSN 0340-5761
Herausgeber: Springer Verlag
DOI: 10.1007/s00204-022-03374-3

All-Optical Electrophysiology Refines Populations of In Silico Human iPSC-CMs for Drug Evaluation

Autoren: Michelangelo Paci, Elisa Passini, Aleksandra Klimas, Stefano Severi, Jari Hyttinen, Blanca Rodriguez, Emilia Entcheva
Veröffentlicht in: Biophysical Journal, Ausgabe 118/10, 2020, Seite(n) 2596-2611, ISSN 0006-3495
Herausgeber: Biophysical Society
DOI: 10.1016/j.bpj.2020.03.018

BioModels—15 years of sharing computational models in life science

Autoren: Rahuman S Malik-Sheriff, Mihai Glont, Tung V N Nguyen, Krishna Tiwari, Matthew G Roberts, Ashley Xavier, Manh T Vu, Jinghao Men, Matthieu Maire, Sarubini Kananathan, Emma L Fairbanks, Johannes P Meyer, Chinmay Arankalle, Thawfeek M Varusai, Vincent Knight-Schrijver, Lu Li, Corina Dueñas-Roca, Gaurhari Dass, Sarah M Keating, Young M Park, Nicola Buso, Nicolas Rodriguez, Michael Hucka, Henning Herm
Veröffentlicht in: Nucleic Acids Research, 2019, ISSN 0305-1048
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkz1055

Reproducibility in systems biology modelling

Autoren: Krishna Tiwari, Sarubini Kananathan, Matthew G Roberts, Johannes P Meyer, Mohammad Umer Sharif Shohan, Ashley Xavier, Matthieu Maire, Ahmad Zyoud, Jinghao Men, Szeyi Ng, Tung V N Nguyen, Mihai Glont, Henning Hermjakob, Rahuman S Malik‐Sheriff
Veröffentlicht in: Molecular Systems Biology, Ausgabe 17/2, 2021, ISSN 1744-4292
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.15252/msb.20209982

Unravelling Mechanisms of Doxorubicin-Induced Toxicity in 3D Human Intestinal Organoids

Autoren: Daniela Rodrigues, Luke Coyle,Barbara Füzi, Sofia Ferreira, Heeseung Jo, Bram Herpers, Seung-Wook Chung, Ciarán Fisher, Jos C. S. Kleinjans, Danyel Jennen and Theo M. de Kok
Veröffentlicht in: International Journal of Molecular Sciences, Ausgabe 2022: 23(3), 2022, ISSN 1422-0067
Herausgeber: Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI: 10.3390/ijms23031286

Sex-Based Difference in the Effect of Metoprolol on Heart Rate and Bradycardia in a Population-Based Setting

Autoren: Linda C. Hendriksen,Grace Omes-Smit, Birgit C. P. Koch, M. Arfan Ikram, Bruno H. Stricker and Loes E. Visser
Veröffentlicht in: MDPI, Ausgabe 20754701, 2022, ISSN 2075-4701
Herausgeber: MDPI
DOI: 10.3390/jpm12060870

QTc-interval prolongation and increased risk of sudden cardiac death associated with hydroxychloroquine

Autoren: Fariba Ahmadizar, Negin Soroush, M Arfan Ikram, Jan A Kors, Maryam Kavousi, Bruno H Stricker
Veröffentlicht in: European Journal of Preventive Cardiology, 2020, ISSN 2047-4873
Herausgeber: SAGE Publications Ltd
DOI: 10.1093/eurjpc/zwaa118

A NOS1AP gene variant is associated with a paradoxical increase of the QT-interval shortening effect of digoxin

Autoren: Negin Soroush, Albert-Jan Aarnoudse, Maryam Kavousi, Jan A. Kors, M. Arfan Ikram, Christopher Newton-Cheh, Fariba Ahmadizar, Bruno H. Stricker
Veröffentlicht in: The Pharmacogenomics Journal, 2021, ISSN 1470-269X
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41397-021-00256-2

Genome-wide expression changes induced by bisphenol A, F and S in human stem cell derived hepatocyte-like cells

Autoren: Lucendo-Villarin, B.; Nell, Patrick; Hellwig, Birte; Filis, P.; Feuerborn, David; O'Shaughnessy, P.J.; Godoy, Patricio; Rahnenführer, Jörg; Hengstler, Jan G.; Cherianidou, A.; Sachinidis, A.; Fowler, P.A.; Hay, David C.
Veröffentlicht in: 1611-2156, Ausgabe 1, 2020, ISSN 1611-2156
Herausgeber: University of Mainz
DOI: 10.17179/excli2020-2934/supplementary_tables

Systems Modeling to Quantify Safety Risks in Early Drug Development: Using Bifurcation Analysis and Agent-Based Modeling as Examples

Autoren: Carmen Pin, Teresa Collins, Megan Gibbs, Holly Kimko
Veröffentlicht in: The AAPS Journal, Ausgabe 23/4, 2021, ISSN 1550-7416
Herausgeber: Springer New York
DOI: 10.1208/s12248-021-00580-2

Drug Safety Data Curation and Modeling in ChEMBL: Boxed Warnings and Withdrawn Drugs

Autoren: Fiona M.I. Hunter, A. Patrícia Bento, Nicolas Bosc, Anna Gaulton, Anne Hersey, Andrew R. Leach
Veröffentlicht in: Chemical Research in Toxicology, Ausgabe 34/2, 2021, Seite(n) 385-395, ISSN 0893-228X
Herausgeber: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.chemrestox.0c00296

Scientific and regulatory evaluation of mechanistic in silico drug and disease models in drug development: Building model credibility.

Autoren: Musuamba FT, Skottheim Rusten I, Lesage R, Russo G, Bursi R, Emili L, Wangorsch G, Manolis E, Karlsson KE, Kulesza A, Courcelles E, Boissel JP, Rousseau CF, Voisin EM, Alessandrello R, Curado N8, Dall'ara E, Rodriguez B, Pappalardo F, Geris L
Veröffentlicht in: CPT: Pharmacometrics & Systems Pharmacology, 2021, ISSN 2163-8306
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1002/psp4.12669

KNIME workflow for retrieving causal drug and protein interactions, building networks, and performing topological enrichment analysis demonstrated by a DILI case study.

Autoren: Füzi B, Malik-Sheriff RS, Manners EJ, Hermjakob H, Ecker GF
Veröffentlicht in: Journal of Cheminformatics, 2022, ISSN 1758-2946
Herausgeber: Chemistry Central
DOI: 10.1186/s13321-022-00615-6

Flame: an open source framework for model development, hosting, and usage in production environments

Autoren: Manuel Pastor, José Carlos Gómez-Tamayo, Ferran Sanz
Veröffentlicht in: Journal of Cheminformatics, Ausgabe 13/1, 2021, ISSN 1758-2946
Herausgeber: Chemistry Central
DOI: 10.1186/s13321-021-00509-z

Improving prediction of torsadogenic risk in the CiPA in silico model by appropriately accounting for clinical exposure

Autoren: Derek J. Leishman
Veröffentlicht in: Journal of Pharmacological and Toxicological Methods, Ausgabe 101, 2020, Seite(n) 106654, ISSN 1056-8719
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.vascn.2019.106654

Galaxy InteractoMIX: An Integrated Computational Platform for the Study of Protein–Protein Interaction Data

Autoren: Patricia Mirela-Bota, Joaquim Aguirre-Plans, Alberto Meseguer, Cristiano Galletti, Joan Segura, Joan Planas-Iglesias, Javi Garcia-Garcia, Emre Guney, Baldo Oliva, Narcis Fernandez-Fuentes
Veröffentlicht in: Journal of Molecular Biology, 2020, ISSN 0022-2836
Herausgeber: Academic Press
DOI: 10.1016/j.jmb.2020.09.015

The DisGeNET cytoscape app: Exploring and visualizing disease genomics data

Autoren: Janet Piñero, Josep Saüch, Ferran Sanz, Laura I. Furlong
Veröffentlicht in: Computational and Structural Biotechnology Journal, Ausgabe 19, 2021, Seite(n) 2960-2967, ISSN 2001-0370
Herausgeber: Elsevier
DOI: 10.1016/j.csbj.2021.05.015

Genome-wide expression changes induced by bisphenol A, F and S in human stem cell derived hepatocyte-like cells

Autoren: B. Lucendo-Villarin, P. Nell, B. Hellwig, P. Filis, D. Feuerborn, P.J. O'Shaughnessy, P. Godoy, J. Rahnenführer, J.G. Hengstler, A. Cherianidou, A. Sachinidis, P.A. Fowler, and D.C. Hay*
Veröffentlicht in: EXCLI Journal, 2020, ISSN 1611-2156
Herausgeber: University of Mainz
DOI: 10.17179/excli2020-2934

Gene expression responses reflecting 5-FU-induced toxicity: Comparison between patient colon tissue and 3D human colon organoids

Autoren: Daniela Rodrigues, Roelvan Kampen, Ad A.van Bodegraven, Jos C.S.Kleinjans, Danyel G.J.Jennen, Theo M.de Kok
Veröffentlicht in: Toxicology Letters, Ausgabe 03784274, 2022, ISSN 0378-4274
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.toxlet.2022.09.013

Sex and gender differences and biases in artificial intelligence for biomedicine and healthcare

Autoren: Davide Cirillo, Silvina Catuara-Solarz, Czuee Morey, Emre Guney, Laia Subirats, Simona Mellino, Annalisa Gigante, Alfonso Valencia, María José Rementeria, Antonella Santuccione Chadha, Nikolaos Mavridis
Veröffentlicht in: npj Digital Medicine, Ausgabe 3/1, 2020, ISSN 2398-6352
Herausgeber: Springer Nature in partnership with Seoul National University Bundang Hospital
DOI: 10.1038/s41746-020-0288-5

Human In Silico Drug Trials Demonstrate Higher Accuracy than Animal Models in Predicting Clinical Pro-Arrhythmic Cardiotoxicity

Autoren: Elisa Passini, Oliver J. Britton, Hua Rong Lu, Jutta Rohrbacher, An N. Hermans, David J. Gallacher, Robert J. H. Greig, Alfonso Bueno-Orovio, Blanca Rodriguez
Veröffentlicht in: Frontiers in Physiology, Ausgabe 8, 2017, ISSN 1664-042X
Herausgeber: Frontiers Research Foundation
DOI: 10.3389/fphys.2017.00668

Integration of Genome Scale Metabolic Networks and Gene Regulation of Metabolic Enzymes With Physiologically Based Pharmacokinetics

Autoren: Elaina M. Maldonado, Vytautas Leoncikas, Ciarán P. Fisher, J. Bernadette Moore, Nick J. Plant, Andrzej M. Kierzek
Veröffentlicht in: CPT: Pharmacometrics & Systems Pharmacology, Ausgabe 6/11, 2017, Seite(n) 732-746, ISSN 2163-8306
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1002/psp4.12230

In silico models in drug development: where we are

Autoren: Janet Piñero, Laura I Furlong, Ferran Sanz
Veröffentlicht in: Current Opinion in Pharmacology, Ausgabe 42, 2018, Seite(n) 111-121, ISSN 1471-4892
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.coph.2018.08.007

Network, Transcriptomic and Genomic Features Differentiate Genes Relevant for Drug Response

Autoren: Janet Piñero, Abel Gonzalez-Perez, Emre Guney, Joaquim Aguirre-Plans, Ferran Sanz, Baldo Oliva, Laura I. Furlong
Veröffentlicht in: Frontiers in Genetics, Ausgabe 9, 2018, ISSN 1664-8021
Herausgeber: Frontiers Media
DOI: 10.3389/fgene.2018.00412

Embracing the Dark Side: Computational Approaches to Unveil the Functionality of Genes Lacking Biological Annotation in Drug-Induced Liver Injury

Autoren: Terezinha Souza, Panuwat Trairatphisan, Janet Piñero, Laura I. Furlong, Julio Saez-Rodriguez, Jos Kleinjans, Danyel Jennen
Veröffentlicht in: Frontiers in Genetics, Ausgabe 9, 2018, ISSN 1664-8021
Herausgeber: Frontiers Media
DOI: 10.3389/fgene.2018.00527

Development of an Infrastructure for the Prediction of Biological Endpoints in Industrial Environments. Lessons Learned at the eTOX Project

Autoren: Manuel Pastor, Jordi Quintana, Ferran Sanz
Veröffentlicht in: Frontiers in Pharmacology, Ausgabe 9, 2018, ISSN 1663-9812
Herausgeber: Frontiers Media S.A.
DOI: 10.3389/fphar.2018.01147

Quantitative systems pharmacology analysis of drug combination and scaling to humans: the interaction between noradrenaline and vasopressin in vasoconstriction

Autoren: Anyue Yin, Akihiro Yamada, Wiro B Stam, Johan G C van Hasselt, Piet H van der Graaf
Veröffentlicht in: British Journal of Pharmacology, Ausgabe 175/16, 2018, Seite(n) 3394-3406, ISSN 0007-1188
Herausgeber: Wiley-Blackwell
DOI: 10.1111/bph.14385

Characterisation of the NRF2 transcriptional network and its response to chemical insult in primary human hepatocytes: implications for prediction of drug-induced liver injury

Autoren: Ian M. Copple, Wouter den Hollander, Giulia Callegaro, Fiona E. Mutter, James L. Maggs, Amy L. Schofield, Lucille Rainbow, Yongxiang Fang, Jeffrey J. Sutherland, Ewa C. Ellis, Magnus Ingelman-Sundberg, Stephen W. Fenwick, Christopher E. Goldring, Bob van de Water, James L. Stevens, B. Kevin Park
Veröffentlicht in: Archives of Toxicology, Ausgabe 93/2, 2019, Seite(n) 385-399, ISSN 0340-5761
Herausgeber: Springer Verlag
DOI: 10.1007/s00204-018-2354-1

GUILDify v2.0: A Tool to Identify Molecular Networks Underlying Human Diseases, Their Comorbidities and Their Druggable Targets

Autoren: Joaquim Aguirre-Plans, Janet Piñero, Ferran Sanz, Laura I. Furlong, Narcis Fernandez-Fuentes, Baldo Oliva, Emre Guney
Veröffentlicht in: Journal of Molecular Biology, Ausgabe 431/13, 2019, Seite(n) 2477-2484, ISSN 0022-2836
Herausgeber: Academic Press
DOI: 10.1016/j.jmb.2019.02.027

Prediction of human drug-induced liver injury (DILI) in relation to oral doses and blood concentrations

Autoren: Wiebke Albrecht, Franziska Kappenberg, Tim Brecklinghaus, Regina Stoeber, Rosemarie Marchan, Mian Zhang, Kristina Ebbert, Hendrik Kirschner, Marianna Grinberg, Marcel Leist, Wolfgang Moritz, Cristina Cadenas, Ahmed Ghallab, Jörg Reinders, Nachiket Vartak, Christoph van Thriel, Klaus Golka, Laia Tolosa, José V. Castell, Georg Damm, Daniel Seehofer, Alfonso Lampen, Albert Braeuning, Thorsten Buhrk
Veröffentlicht in: Archives of Toxicology, Ausgabe 93/6, 2019, Seite(n) 1609-1637, ISSN 0340-5761
Herausgeber: Springer Verlag
DOI: 10.1007/s00204-019-02492-9

Development, calibration, and validation of a novel human ventricular myocyte model in health, disease, and drug block

Autoren: Jakub Tomek, Alfonso Bueno-Orovio, Elisa Passini, Xin Zhou, Ana Minchole, Oliver Britton, Chiara Bartolucci, Stefano Severi, Alvin Shrier, Laszlo Virag, Andras Varro, Blanca Rodriguez
Veröffentlicht in: eLife, Ausgabe 8, 2019, ISSN 2050-084X
Herausgeber: eLife Sciences Publications
DOI: 10.7554/elife.48890

Drug‐induced shortening of the electromechanical window is an effective biomarker for in silico prediction of clinical risk of arrhythmias

Autoren: Elisa Passini, Cristian Trovato, Pierre Morissette, Frederick Sannajust, Alfonso Bueno‐Orovio, Blanca Rodriguez
Veröffentlicht in: British Journal of Pharmacology, Ausgabe 176/19, 2019, Seite(n) 3819-3833, ISSN 0007-1188
Herausgeber: Wiley-Blackwell
DOI: 10.1111/bph.14786

Drug-induced gene expression profile changes in relation to intestinal toxicity: State-of-the-art and new approaches

Autoren: Daniela Rodrigues, Terezinha Souza, Danyel G.J. Jennen, Lieve Lemmens, Jos C.S. Kleinjans, Theo M. de Kok
Veröffentlicht in: Cancer Treatment Reviews, Ausgabe 77, 2019, Seite(n) 57-66, ISSN 0305-7372
Herausgeber: W. B. Saunders Co., Ltd.
DOI: 10.1016/j.ctrv.2019.06.004

Quantitative Systems Toxicology Modeling To Address Key Safety Questions in Drug Development: A Focus of the TransQST Consortium

Autoren: Sofia Ferreira, Ciarán Fisher, Laura I. Furlong, Loic Laplanche, Brian Kevin Park, Carmen Pin, Julio Saez-Rodriguez, Panuwat Trairatphisan
Veröffentlicht in: Chemical Research in Toxicology, Ausgabe 33/1, 2020, Seite(n) 7-9, ISSN 0893-228X
Herausgeber: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.chemrestox.9b00499

From expression footprints to causal pathways: contextualizing large signaling networks with CARNIVAL

Autoren: Anika Liu, Panuwat Trairatphisan, Enio Gjerga, Athanasios Didangelos, Jonathan Barratt, Julio Saez-Rodriguez
Veröffentlicht in: npj Systems Biology and Applications, Ausgabe 5/1, 2019, ISSN 2056-7189
Herausgeber: Nature
DOI: 10.1038/s41540-019-0118-z

Proximal Pathway Enrichment Analysis for Targeting Comorbid Diseases via Network Endopharmacology

Autoren: Joaquim Aguirre-Plans, Janet Piñero, Jörg Menche, Ferran Sanz, Laura Furlong, Harald Schmidt, Baldo Oliva, Emre Guney
Veröffentlicht in: Pharmaceuticals, Ausgabe 11/3, 2018, Seite(n) 61, ISSN 1424-8247
Herausgeber: Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI: 10.3390/ph11030061

Capturing variation impact on molecular interactions in the IMEx Consortium mutations data set

Autoren: N. del-Toro, M. Duesbury, M. Koch, L. Perfetto, A. Shrivastava, D. Ochoa, O. Wagih, J. Piñero, M. Kotlyar, C. Pastrello, P. Beltrao, L. I. Furlong, I. Jurisica, H. Hermjakob, S. Orchard, P. Porras
Veröffentlicht in: Nature Communications, Ausgabe 10/1, 2019, ISSN 2041-1723
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-018-07709-6

Human Purkinje in silico model enables mechanistic investigations into automaticity and pro-arrhythmic abnormalities

Autoren: Cristian Trovato, Elisa Passini, Norbert Nagy, András Varró, Najah Abi-Gerges, Stefano Severi, Blanca Rodriguez
Veröffentlicht in: Journal of Molecular and Cellular Cardiology, Ausgabe 142, 2020, Seite(n) 24-38, ISSN 0022-2828
Herausgeber: Academic Press
DOI: 10.1016/j.yjmcc.2020.04.001

Application of High-Throughput Transcriptomics for Mechanism-Based Biological Read-Across of Short-Chain Carboxylic Acid Analogues of Valproic Acid

Autoren: Nanette G. Vrijenhoek, Matthias M. Wehr, Steven J. Kunnen, Lukas S. Wijaya, Giulia Callegaro, Martijn J. Moné, Sylvia E. Escher and Bob van de Water
Veröffentlicht in: ALTEX, 2022, ISSN 1868-8551
Herausgeber: Pringer
DOI: 10.14573/altex.2107261

Women are started on a lower daily dose of metoprolol than men irrespective of dose recommendations: A potential source of confounding by contraindication in pharmacoepidemiology

Autoren: Linda C. Hendriksen, Katia M. C. Verhamme, Paul D. Van der Linden, Bruno H. Stricker, Loes E. Visser
Veröffentlicht in: Pharmacoepidemiology and Drug Safety, 2021, ISSN 1053-8569
Herausgeber: John Wiley & Sons Inc.
DOI: 10.1002/pds.5220

Addressing barriers in comprehensiveness, accessibility, reusability, interoperability and reproducibility of computational models in systems biology.

Autoren: Niarakis A, Waltemath D, Glazier J, Schreiber F, Keating SM, Nickerson D, Chaouiya C, Siegel A, Noël V, Hermjakob H, Helikar T, Soliman S,Calzona L
Veröffentlicht in: Briefings in Bioinformatics, 2022, ISSN 1467-5463
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/bib/bbac212

Cross clinical-experimental-computational qualification of in silico drug trials on human cardiac purkinje cells for proarrhythmia risk prediction

Autoren: Cristian Trovato, Marcel Mohr, Friedemann Schmidt, Elisa Passini, Blanca Rodriguez
Veröffentlicht in: Frontiers in Toxicology, Ausgabe 26733080, 2022, ISSN 2673-3080
Herausgeber: Frontiers in Toxicology
DOI: 10.3389/ftox.2022.992650

A Transcriptomic Approach to Elucidate the Mechanisms of Gefitinib-Induced Toxicity in Healthy Human Intestinal Organoids

Autoren: Daniela Rodrigues,* Bram Herpers,Sofia Ferreira, Heeseung Jo, Ciarán Fisher, Luke Coyle, Seung-Wook Chung, Jos C. S. Kleinjans, Danyel G. J. Jennen, and Theo M. de Kok
Veröffentlicht in: International Journal of Molecular Sciences, 2022, ISSN 1422-0067
Herausgeber: Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI: 10.3390/ijms23042213

Integrated intra‐ and intercellular signaling knowledge for multicellular omics analysis

Autoren: Dénes Türei, Alberto Valdeolivas, Lejla Gul, Nicolàs Palacio‐Escat, Michal Klein, Olga Ivanova, Márton Ölbei, Attila Gábor, Fabian Theis, Dezső Módos, Tamás Korcsmáros, Julio Saez‐Rodriguez
Veröffentlicht in: Molecular Systems Biology, Ausgabe 17/3, 2021, ISSN 1744-4292
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.15252/msb.20209923

In-silico human electro-mechanical ventricular modelling and simulation for drug-induced pro-arrhythmia and inotropic risk assessment

Autoren: Francesca Margara, Zhinuo J. Wang, Francesc Levrero-Florencio, Alfonso Santiago, Mariano Vázquez, Alfonso Bueno-Orovio, Blanca Rodriguez
Veröffentlicht in: Progress in Biophysics and Molecular Biology, 2020, ISSN 0079-6107
Herausgeber: Pergamon Press Ltd.
DOI: 10.1016/j.pbiomolbio.2020.06.007

Converting networks to predictive logic models from perturbation signalling data with CellNOpt

Autoren: Enio Gjerga, Panuwat Trairatphisan, Attila Gabor, Hermann Koch, Celine Chevalier, Franceco Ceccarelli, Aurelien Dugourd, Alexander Mitsos, Julio Saez-Rodriguez
Veröffentlicht in: Bioinformatics, 2020, ISSN 1367-4803
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/bioinformatics/btaa561

Integration of temporal single cell cellular stress response activity with logic-ODE modeling reveals activation of ATF4-CHOP axis as a critical predictor of drug-induced liver injury

Autoren: Lukas Surya Wijaya, Panuwat Trairatphisan, Attila Gabor, Marije Niemeijer, Jason Keet, Ariadna Alcalà Morera, Kirsten E. Snijders, Steven Wink, Huan Yang, Stefan Schildknecht, James L. Stevens, Peter Bouwman, Hennicke Kamp, Jan Hengstler, Joost Beltman, Marcel Leist, Sylvia Le Dévédec, Julio Saez-Rodriguez, Bob van de Water
Veröffentlicht in: Biochemical Pharmacology, Ausgabe 190, 2021, Seite(n) 114591, ISSN 0006-2952
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.bcp.2021.114591

Functional Genomics Analysis to Disentangle the Role of Genetic Variants in Major Depression

Autoren: Judith Pérez-Granado, Janet Piñero, Alejandra Medina-Rivera, and Laura I. Furlong
Veröffentlicht in: MDPI, Ausgabe 20754701, 2022, ISSN 2075-4701
Herausgeber: MDPI
DOI: 10.3390/genes13071259

New insights into the mechanisms underlying 5-fluorouracil-induced intestinal toxicity based on transcriptomic and metabolomic responses in human intestinal organoids.

Autoren: Daniela Rodrigues*, Terezinha de Souza, Luke Coyle, Matteo Di Piazza, Bram Herpers, Sofia Ferreira, Mian Zhang, Daniel Sevin, Anthony Lynch, Attila Gabor, Seung-Wook Chung, Julio Saez-Rodriguez, Danyel G.J. Jennen1, Jos C.S. Kleinjans, Theo M. de Kok.
Veröffentlicht in: Archives of Toxicology, 2021, ISSN 1432-0738
Herausgeber: Springer Science+Business Media
DOI: 10.1007/s00204-021-03092-2

Human biventricular electromechanical simulations on the progression of electrocardiographic and mechanical abnormalities in post-myocardial infarction

Autoren: Zhinuo J Wang, Alfonso Santiago, Xin Zhou, Lei Wang, Francesca Margara, Francesc Levrero-Florencio, Arka Das, Chris Kelly, Erica Dall'Armellina, Mariano Vazquez, Blanca Rodriguez
Veröffentlicht in: EP Europace, Ausgabe 23/Supplement_1, 2021, Seite(n) i143-i152, ISSN 1099-5129
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/europace/euaa405

Comparison of the Simulated Response of Three in Silico Human Stem Cell-Derived Cardiomyocytes Models and in Vitro Data Under 15 Drug Actions

Autoren: Michelangelo Paci, Jussi T. Koivumäki, Hua Rong Lu, David J. Gallacher, Elisa Passini, Blanca Rodriguez
Veröffentlicht in: Frontiers in Pharmacology, Ausgabe 12, 2021, ISSN 1663-9812
Herausgeber: Frontiers Media S.A.
DOI: 10.3389/fphar.2021.604713

BioModels Parameters: a treasure trove of parameter values from published systems biology models

Autoren: Mihai Glont, Chinmay Arankalle, Krishna Tiwari, Tung V N Nguyen, Henning Hermjakob, Rahuman S Malik-Sheriff
Veröffentlicht in: Bioinformatics, 2020, ISSN 1367-4803
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/bioinformatics/btaa560

Model-based translation of DNA damage signaling dynamics across cell types

Autoren: Muriel M. Heldring,Lukas S. Wijaya,Marije Niemeijer,Huan Yang,Talel Lakhal,Sylvia E. Le Dévédec,Bob van de Water,Joost B. Beltman
Veröffentlicht in: PLoS Comput Biol, 2022, ISSN 1553-734X
Herausgeber: Public Library of Science
DOI: 10.1371/journal.pcbi.1010264

Accurate in silico simulation of the rabbit Purkinje fiber electrophysiological assay to facilitate early pharmaceutical cardiosafety assessment: Dream or reality?

Autoren: Marcel Mohr, Jean-Marie Chambard, Véronique Ballet, Friedemann Schmidt
Veröffentlicht in: J Pharmacol Toxicol Methods ., 2022, ISSN 1056-8719
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.vascn.2022.107172

Transcriptomic Cross‐Species Analysis of Chronic Liver Disease Reveals Consistent Regulation Between Humans and Mice

Autoren: Christian H. Holland, Ricardo O. Ramirez Flores, Maiju Myllys, Reham Hassan, Karolina Edlund, Ute Hofmann, Rosemarie Marchan, Cristina Cadenas, Jörg Reinders, Stefan Hoehme, Abdel‐latif Seddek, Steven Dooley, Verena Keitel, Patricio Godoy, Brigitte Begher‐Tibbe, Christian Trautwein, Christian Rupp, Sebastian Mueller, Thomas Longerich, Jan G. Hengstler, Julio Saez‐Rodriguez, Ahmed Ghallab
Veröffentlicht in: Hepatology Communications, 2021, ISSN 2471-254X
Herausgeber: Wiley
DOI: 10.1002/hep4.1797

The DisGeNET knowledge platform for disease genomics: 2019 update

Autoren: Janet Piñero, Juan Manuel Ramírez-Anguita, Josep Saüch-Pitarch, Francesco Ronzano, Emilio Centeno, Ferran Sanz, Laura I Furlong
Veröffentlicht in: Nucleic Acids Research, 2019, ISSN 0305-1048
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkz1021

Contextualization of causal regulatory networks from toxicogenomics data applied to drug-induced liver injury

Autoren: Panuwat Trairatphisan, Terezinha Maria de Souza, Jos Kleinjans, Danyel Jennen, Julio Saez-Rodriguez
Veröffentlicht in: Toxicology Letters, 2021, ISSN 0378-4274
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.toxlet.2021.06.020

An ensemble learning approach for modeling the systems biology of drug-induced injury

Autoren: Joaquim Aguirre-Plans, Janet Piñero, Terezinha Souza, Giulia Callegaro, Steven J. Kunnen, Ferran Sanz, Narcis Fernandez-Fuentes, Laura I. Furlong, Emre Guney, Baldo Oliva
Veröffentlicht in: Biology Direct, Ausgabe 16/1, 2021, ISSN 1745-6150
Herausgeber: BioMed Central
DOI: 10.1186/s13062-020-00288-x

SARS-CoV-2-Specific Antibody Profiles Distinguish Patients with Moderate from Severe COVID-19

Autoren: de Campos Mata L, Piñero J, Vaquero ST, Tachó-Piñot R, Kuksin M, Aldea IA, Melero NR, Carolis C, Furlong L, Cerutti A, Villar-García J, Magri G
Veröffentlicht in: medRxiv, 2020
Herausgeber: medRxiv
DOI: 10.1101/2020.12.18.20248461

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Translational quantitative systems toxicology to improve the understanding of the safety of medicines - Sofia: 116030

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