Objectif
The structure-based drug design (SBDD) and quantitative structure activity relationships (QSAR) approaches to lead discovery and optimisation are very valuable in drug design. They form the basis of the COMparative BINding Energy (COMBINE) analysis method which is a procedure to derive 3D-QSARs based on the structures of receptor-ligand complexes. COMBINE analysis has been applied to a range of systems including enzyme-inhibitor, enzyme-substrate, protein-protein and protein-DNA complexes. Unlike other 3D-Q SAR methodologies, COMBINE analysis can identify regions in the receptor important for binding specificity. However, the subsequent use of this information for optimising binding by ligand or receptor design is done by manual intervention. Our project aims to develop a software tool, COMBINE-ENGINEER, to automate this design task and embed it with a full iterative COMBINE analysis. It will thus provide an automated procedure for molecular design governed by protein structure based QSARs.
Specifically, COMBINE-ENGINEER will integrate:
1 COMBINE analysis to compute receptor-based 3D-QSARs;
2 Design of ligands and/or proteins to optimise binding as suggested by the COMBINE QSAR model. For proteins, this requires modelling of mutants, performing conformational searches and energetic optimisation. Existent techniques, such as side-chain conformations searching will be incorporated; For ligands, a virtual library of functional groups and a docking algorithm will be used to modify the known ligands;
3 Computation of COMBINE scores with the new- modelled complexes;
4 Iteration of points 2 and 3 to select the best molecules with optimal binding;
5 Additionally, further criteria, such as ADMET prediction and drug-like analysis, will be also considered.
The COMBINE-ENGINEER software will, as a whole, provide a package for system-specific lead optimisation in drug design and protein engineering applications.
Champ scientifique (EuroSciVoc)
CORDIS classe les projets avec EuroSciVoc, une taxonomie multilingue des domaines scientifiques, grâce à un processus semi-automatique basé sur des techniques TLN. Voir: Le vocabulaire scientifique européen.
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- sciences naturelles informatique et science de l'information logiciel
- sciences médicales et de la santé médecine fondamentale chimie médicinale
- sciences naturelles sciences biologiques biochimie biomolécule protéines
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Mots‑clés
Les mots-clés du projet tels qu’indiqués par le coordinateur du projet. À ne pas confondre avec la taxonomie EuroSciVoc (champ scientifique).
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Programme(s)
Programmes de financement pluriannuels qui définissent les priorités de l’UE en matière de recherche et d’innovation.
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Thème(s)
Les appels à propositions sont divisés en thèmes. Un thème définit un sujet ou un domaine spécifique dans le cadre duquel les candidats peuvent soumettre des propositions. La description d’un thème comprend sa portée spécifique et l’impact attendu du projet financé.
Les appels à propositions sont divisés en thèmes. Un thème définit un sujet ou un domaine spécifique dans le cadre duquel les candidats peuvent soumettre des propositions. La description d’un thème comprend sa portée spécifique et l’impact attendu du projet financé.
Appel à propositions
Procédure par laquelle les candidats sont invités à soumettre des propositions de projet en vue de bénéficier d’un financement de l’UE.
Procédure par laquelle les candidats sont invités à soumettre des propositions de projet en vue de bénéficier d’un financement de l’UE.
FP6-2004-MOBILITY-7
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Régime de financement
Régime de financement (ou «type d’action») à l’intérieur d’un programme présentant des caractéristiques communes. Le régime de financement précise le champ d’application de ce qui est financé, le taux de remboursement, les critères d’évaluation spécifiques pour bénéficier du financement et les formes simplifiées de couverture des coûts, telles que les montants forfaitaires.
Régime de financement (ou «type d’action») à l’intérieur d’un programme présentant des caractéristiques communes. Le régime de financement précise le champ d’application de ce qui est financé, le taux de remboursement, les critères d’évaluation spécifiques pour bénéficier du financement et les formes simplifiées de couverture des coûts, telles que les montants forfaitaires.
IIF - Marie Curie actions-Incoming International Fellowships
Coordinateur
Allemagne
Les coûts totaux encourus par l’organisation concernée pour participer au projet, y compris les coûts directs et indirects. Ce montant est un sous-ensemble du budget global du projet.