Obiettivo
The structure-based drug design (SBDD) and quantitative structure activity relationships (QSAR) approaches to lead discovery and optimisation are very valuable in drug design. They form the basis of the COMparative BINding Energy (COMBINE) analysis method which is a procedure to derive 3D-QSARs based on the structures of receptor-ligand complexes. COMBINE analysis has been applied to a range of systems including enzyme-inhibitor, enzyme-substrate, protein-protein and protein-DNA complexes. Unlike other 3D-Q SAR methodologies, COMBINE analysis can identify regions in the receptor important for binding specificity. However, the subsequent use of this information for optimising binding by ligand or receptor design is done by manual intervention. Our project aims to develop a software tool, COMBINE-ENGINEER, to automate this design task and embed it with a full iterative COMBINE analysis. It will thus provide an automated procedure for molecular design governed by protein structure based QSARs.
Specifically, COMBINE-ENGINEER will integrate:
1 COMBINE analysis to compute receptor-based 3D-QSARs;
2 Design of ligands and/or proteins to optimise binding as suggested by the COMBINE QSAR model. For proteins, this requires modelling of mutants, performing conformational searches and energetic optimisation. Existent techniques, such as side-chain conformations searching will be incorporated; For ligands, a virtual library of functional groups and a docking algorithm will be used to modify the known ligands;
3 Computation of COMBINE scores with the new- modelled complexes;
4 Iteration of points 2 and 3 to select the best molecules with optimal binding;
5 Additionally, further criteria, such as ADMET prediction and drug-like analysis, will be also considered.
The COMBINE-ENGINEER software will, as a whole, provide a package for system-specific lead optimisation in drug design and protein engineering applications.
Campo scientifico (EuroSciVoc)
CORDIS classifica i progetti con EuroSciVoc, una tassonomia multilingue dei campi scientifici, attraverso un processo semi-automatico basato su tecniche NLP. Cfr.: Il Vocabolario Scientifico Europeo.
CORDIS classifica i progetti con EuroSciVoc, una tassonomia multilingue dei campi scientifici, attraverso un processo semi-automatico basato su tecniche NLP. Cfr.: Il Vocabolario Scientifico Europeo.
- scienze naturali informatica e scienze dell'informazione software
- scienze mediche e della salute medicina di base chimica farmaceutica
- scienze naturali scienze biologiche biochimica biomolecole proteine
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Parole chiave
Parole chiave del progetto, indicate dal coordinatore del progetto. Da non confondere con la tassonomia EuroSciVoc (campo scientifico).
Parole chiave del progetto, indicate dal coordinatore del progetto. Da non confondere con la tassonomia EuroSciVoc (campo scientifico).
Programma(i)
Programmi di finanziamento pluriennali che definiscono le priorità dell’UE in materia di ricerca e innovazione.
Programmi di finanziamento pluriennali che definiscono le priorità dell’UE in materia di ricerca e innovazione.
Argomento(i)
Gli inviti a presentare proposte sono suddivisi per argomenti. Un argomento definisce un’area o un tema specifico per il quale i candidati possono presentare proposte. La descrizione di un argomento comprende il suo ambito specifico e l’impatto previsto del progetto finanziato.
Gli inviti a presentare proposte sono suddivisi per argomenti. Un argomento definisce un’area o un tema specifico per il quale i candidati possono presentare proposte. La descrizione di un argomento comprende il suo ambito specifico e l’impatto previsto del progetto finanziato.
Invito a presentare proposte
Procedura per invitare i candidati a presentare proposte di progetti, con l’obiettivo di ricevere finanziamenti dall’UE.
Procedura per invitare i candidati a presentare proposte di progetti, con l’obiettivo di ricevere finanziamenti dall’UE.
FP6-2004-MOBILITY-7
Vedi altri progetti per questo bando
Meccanismo di finanziamento
Meccanismo di finanziamento (o «Tipo di azione») all’interno di un programma con caratteristiche comuni. Specifica: l’ambito di ciò che viene finanziato; il tasso di rimborso; i criteri di valutazione specifici per qualificarsi per il finanziamento; l’uso di forme semplificate di costi come gli importi forfettari.
Meccanismo di finanziamento (o «Tipo di azione») all’interno di un programma con caratteristiche comuni. Specifica: l’ambito di ciò che viene finanziato; il tasso di rimborso; i criteri di valutazione specifici per qualificarsi per il finanziamento; l’uso di forme semplificate di costi come gli importi forfettari.
IIF - Marie Curie actions-Incoming International Fellowships
Coordinatore
Germania
I costi totali sostenuti dall’organizzazione per partecipare al progetto, compresi i costi diretti e indiretti. Questo importo è un sottoinsieme del bilancio complessivo del progetto.