Ziel
The structure-based drug design (SBDD) and quantitative structure activity relationships (QSAR) approaches to lead discovery and optimisation are very valuable in drug design. They form the basis of the COMparative BINding Energy (COMBINE) analysis method which is a procedure to derive 3D-QSARs based on the structures of receptor-ligand complexes. COMBINE analysis has been applied to a range of systems including enzyme-inhibitor, enzyme-substrate, protein-protein and protein-DNA complexes. Unlike other 3D-Q SAR methodologies, COMBINE analysis can identify regions in the receptor important for binding specificity. However, the subsequent use of this information for optimising binding by ligand or receptor design is done by manual intervention. Our project aims to develop a software tool, COMBINE-ENGINEER, to automate this design task and embed it with a full iterative COMBINE analysis. It will thus provide an automated procedure for molecular design governed by protein structure based QSARs.
Specifically, COMBINE-ENGINEER will integrate:
1 COMBINE analysis to compute receptor-based 3D-QSARs;
2 Design of ligands and/or proteins to optimise binding as suggested by the COMBINE QSAR model. For proteins, this requires modelling of mutants, performing conformational searches and energetic optimisation. Existent techniques, such as side-chain conformations searching will be incorporated; For ligands, a virtual library of functional groups and a docking algorithm will be used to modify the known ligands;
3 Computation of COMBINE scores with the new- modelled complexes;
4 Iteration of points 2 and 3 to select the best molecules with optimal binding;
5 Additionally, further criteria, such as ADMET prediction and drug-like analysis, will be also considered.
The COMBINE-ENGINEER software will, as a whole, provide a package for system-specific lead optimisation in drug design and protein engineering applications.
Wissenschaftliches Gebiet (EuroSciVoc)
CORDIS klassifiziert Projekte mit EuroSciVoc, einer mehrsprachigen Taxonomie der Wissenschaftsbereiche, durch einen halbautomatischen Prozess, der auf Verfahren der Verarbeitung natürlicher Sprache beruht. Siehe: Das European Science Vocabulary.
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- Naturwissenschaften Informatik und Informationswissenschaften Software
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- Naturwissenschaften Biowissenschaften Biochemie Biomoleküle Proteine
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Schlüsselbegriffe
Schlüsselbegriffe des Projekts, wie vom Projektkoordinator angegeben. Nicht zu verwechseln mit der EuroSciVoc-Taxonomie (Wissenschaftliches Gebiet).
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Programm/Programme
Mehrjährige Finanzierungsprogramme, in denen die Prioritäten der EU für Forschung und Innovation festgelegt sind.
Mehrjährige Finanzierungsprogramme, in denen die Prioritäten der EU für Forschung und Innovation festgelegt sind.
Thema/Themen
Aufforderungen zur Einreichung von Vorschlägen sind nach Themen gegliedert. Ein Thema definiert einen bestimmten Bereich oder ein Gebiet, zu dem Vorschläge eingereicht werden können. Die Beschreibung eines Themas umfasst seinen spezifischen Umfang und die erwarteten Auswirkungen des finanzierten Projekts.
Aufforderungen zur Einreichung von Vorschlägen sind nach Themen gegliedert. Ein Thema definiert einen bestimmten Bereich oder ein Gebiet, zu dem Vorschläge eingereicht werden können. Die Beschreibung eines Themas umfasst seinen spezifischen Umfang und die erwarteten Auswirkungen des finanzierten Projekts.
Aufforderung zur Vorschlagseinreichung
Verfahren zur Aufforderung zur Einreichung von Projektvorschlägen mit dem Ziel, eine EU-Finanzierung zu erhalten.
Verfahren zur Aufforderung zur Einreichung von Projektvorschlägen mit dem Ziel, eine EU-Finanzierung zu erhalten.
FP6-2004-MOBILITY-7
Andere Projekte für diesen Aufruf anzeigen
Finanzierungsplan
Finanzierungsregelung (oder „Art der Maßnahme“) innerhalb eines Programms mit gemeinsamen Merkmalen. Sieht folgendes vor: den Umfang der finanzierten Maßnahmen, den Erstattungssatz, spezifische Bewertungskriterien für die Finanzierung und die Verwendung vereinfachter Kostenformen wie Pauschalbeträge.
Finanzierungsregelung (oder „Art der Maßnahme“) innerhalb eines Programms mit gemeinsamen Merkmalen. Sieht folgendes vor: den Umfang der finanzierten Maßnahmen, den Erstattungssatz, spezifische Bewertungskriterien für die Finanzierung und die Verwendung vereinfachter Kostenformen wie Pauschalbeträge.
IIF - Marie Curie actions-Incoming International Fellowships
Koordinator
Deutschland
Die Gesamtkosten, die dieser Organisation durch die Beteiligung am Projekt entstanden sind, einschließlich der direkten und indirekten Kosten. Dieser Betrag ist Teil des Gesamtbudgets des Projekts.