Las estructuras proteicas tridimensionales
Esto ha sido posible gracias al proyecto financiado por la Unión Europea «Searching protein structure space» (SPSS), en el cual se aplica en grandes grupos de datos el novedoso paradigma de «filtrar y refinar». Para recuperar los datos con rapidez y precisión en función de su paridad estructural, los métodos de filtrado deben ser indizables. Se utilizó heurística de alineación estructural para identificar las estructuras más prometedoras en la etapa de refinado. Las entidades asociadas del proyecto consiguieron diseñar y validar el novedoso método de filtrado FragBag, en el cual la representación proteica se realiza en función de sus fragmentos de esqueleto. La precisión del método de FragBag se validó con el análisis de la curva de características operativas del receptor. Si se compara con otros métodos de filtrado como SGM, STRUCTAL y PRIDE, se comprueba que FragBag es más rápido y preciso. Además, este método permite predecir la estructura pues ésta se representa como un conjunto de subestructuras. Con vectores de tamaño fijo es posible la representación tridimensional de la estructura. Los científicos de SPSS identificaron las proteínas para estudiar la distribución espacial y la diversidad estructural y funcional y así revelaron propiedades fundamentales desconocidas hasta el momento. Un hallazgo clave fue que la diversidad funcional varía considerablemente dentro del espacio propio de la estructura. A través de SPSS, las entidades asociadas han diseñado una herramienta innovadora para estudiar y describir las estructuras proteicas en el espacio. En el futuro, los investigadores podrán aplicar esta singular y novedosa herramienta para estudiar la evolución de las proteínas y la relación entre su estructura y función.
Palabras clave
Proteínas, banco de datos, sistema de búsqueda, búsqueda por estructura, indexable, filtro FragBag, predicción de la estructura, vector, representación espacial, identificación de proteínas, relación entre la estructura y la función
