Objetivo
NMR spectroscopy detects in a unique way with atomic resolution biomolecular dynamics in the previously hidden time range between approximately 5 nano- to 50 microseconds (ns-ms time range). The detection of this motion happens in equilibrium under physiological conditions without the need for a triggering reaction. On the example of ubiquitin, this dynamics was found by us to be important for molecular recognition between proteins implying conformational selection rather than induced fit. Only free solution ensembles including this dynamics accessed the full conformational heterogeneity of structures in recognition complexes. Molecular dynamics analysis suggests high correlation of these ns-ms dynamical modes. Here, we propose to establish with NMR experimentally the correlated nature of the ns-ms dynamics, to describe ensembles reflecting ns-ms and sub-ns dynamics by separating the time scales. In this context, using temperature jump-infra-red spectroscopy and solid state NMR we want to determine the time scale of the ns to ms motion more precisely. Since the ns-ms time scale is slower than diffusion, dynamics on this time scale could be a mechanism of regulating or limiting the kinetics of molecular association and recognition. Therefore, we want to determine on-rates by NMR spectroscopy and want to explore whether mutants that do not affect the binding interface but will affect the dynamics modulate the on-rates. This would allow the control of binding kinetics and explore the influence of ns-¼s dynamics on protein-protein recognition on the long run also for membrane proteins. In addition specificity for drug interactions could be increased addressing extremal conformations present in the ns-¼s ensembles for homologous proteins with otherwise very similar average structures at interaction interfaces. If the proposal is successful this would open up new opportunities for drug design and design of protein-protein interactions.
Ámbito científico (EuroSciVoc)
CORDIS clasifica los proyectos con EuroSciVoc, una taxonomía plurilingüe de ámbitos científicos, mediante un proceso semiautomático basado en técnicas de procesamiento del lenguaje natural. Véas: El vocabulario científico europeo..
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- ciencias naturales ciencias biológicas bioquímica biomoléculas proteínas proteómica
- ciencias médicas y de la salud medicina básica química medicinal
- ciencias naturales ciencias físicas óptica espectroscopia espectroscopia de absorción
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Programa(s)
Programas de financiación plurianuales que definen las prioridades de la UE en materia de investigación e innovación.
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Tema(s)
Las convocatorias de propuestas se dividen en temas. Un tema define una materia o área específica para la que los solicitantes pueden presentar propuestas. La descripción de un tema comprende su alcance específico y la repercusión prevista del proyecto financiado.
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Convocatoria de propuestas
Procedimiento para invitar a los solicitantes a presentar propuestas de proyectos con el objetivo de obtener financiación de la UE.
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ERC-2008-AdG
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Régimen de financiación
Régimen de financiación (o «Tipo de acción») dentro de un programa con características comunes. Especifica: el alcance de lo que se financia; el porcentaje de reembolso; los criterios específicos de evaluación para optar a la financiación; y el uso de formas simplificadas de costes como los importes a tanto alzado.
Régimen de financiación (o «Tipo de acción») dentro de un programa con características comunes. Especifica: el alcance de lo que se financia; el porcentaje de reembolso; los criterios específicos de evaluación para optar a la financiación; y el uso de formas simplificadas de costes como los importes a tanto alzado.
Institución de acogida
80539 MUNCHEN
Alemania
Los costes totales en que ha incurrido esta organización para participar en el proyecto, incluidos los costes directos e indirectos. Este importe es un subconjunto del presupuesto total del proyecto.