Objectif
A major goal of biology is to explain how gene regulatory information is encoded by the genome. To date, we cannot decipher this regulatory code, despite the cells ability to read it in natural and artificial sequence contexts, and in contrast to our detailed understanding of the genetic code, which allows us to seamlessly translate DNA into protein sequences. Here, I propose a regulatory genomics approach in Drosophila with three specific objectives: First, we will determine the sequence basis of how individual Hox transcription factors (Scr, Antp, Ubx, abd-A, Abd-B) and factors downstream of signalling pathways (Sd, pan, ci, Su(H), pnt, Stat93E, Mad, Smox, CrebA) regulate different genes in different tissues. We will perform tissue-specific ChIP-Seq and measure gene expression in mesoderm/muscle, epidermis, and neurons, and explain common and tissue-specific targets by their sequences. Second, we will determine requirements for enhancer function in several different cell-types, by performing an exhaustive and unbiased enhancer screen and computationally analyzing the sequences. Third, we will build a computational model to extract general rules from objectives 1 & 2, learn the regulatory codes, and make specific predictions. We will validate our model using cross-validation and predictions with unrelated sequence (e.g. from yeast), and will finally use it to design enhancers that are active in specific cell-types or combinations of cell-types. Our combination of experimental and computational methods makes us confident that we will make major contributions to the understanding of gene regulation in the fly. We anticipate that we will learn general principles, which will hold across tissues and animals, and might ultimately lead to the general regulatory code.
Champ scientifique (EuroSciVoc)
CORDIS classe les projets avec EuroSciVoc, une taxonomie multilingue des domaines scientifiques, grâce à un processus semi-automatique basé sur des techniques TLN. Voir: Le vocabulaire scientifique européen.
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- sciences naturelles sciences biologiques génétique ADN
- sciences naturelles sciences biologiques biochimie biomolécule protéines
- sciences naturelles informatique et science de l'information science informatique
- sciences naturelles sciences biologiques génétique génome
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Programme(s)
Programmes de financement pluriannuels qui définissent les priorités de l’UE en matière de recherche et d’innovation.
Programmes de financement pluriannuels qui définissent les priorités de l’UE en matière de recherche et d’innovation.
Thème(s)
Les appels à propositions sont divisés en thèmes. Un thème définit un sujet ou un domaine spécifique dans le cadre duquel les candidats peuvent soumettre des propositions. La description d’un thème comprend sa portée spécifique et l’impact attendu du projet financé.
Les appels à propositions sont divisés en thèmes. Un thème définit un sujet ou un domaine spécifique dans le cadre duquel les candidats peuvent soumettre des propositions. La description d’un thème comprend sa portée spécifique et l’impact attendu du projet financé.
Appel à propositions
Procédure par laquelle les candidats sont invités à soumettre des propositions de projet en vue de bénéficier d’un financement de l’UE.
Procédure par laquelle les candidats sont invités à soumettre des propositions de projet en vue de bénéficier d’un financement de l’UE.
ERC-2009-StG
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Régime de financement
Régime de financement (ou «type d’action») à l’intérieur d’un programme présentant des caractéristiques communes. Le régime de financement précise le champ d’application de ce qui est financé, le taux de remboursement, les critères d’évaluation spécifiques pour bénéficier du financement et les formes simplifiées de couverture des coûts, telles que les montants forfaitaires.
Régime de financement (ou «type d’action») à l’intérieur d’un programme présentant des caractéristiques communes. Le régime de financement précise le champ d’application de ce qui est financé, le taux de remboursement, les critères d’évaluation spécifiques pour bénéficier du financement et les formes simplifiées de couverture des coûts, telles que les montants forfaitaires.
Institution d’accueil
1030 Wien
Autriche
Les coûts totaux encourus par l’organisation concernée pour participer au projet, y compris les coûts directs et indirects. Ce montant est un sous-ensemble du budget global du projet.