Ziel
A major goal of biology is to explain how gene regulatory information is encoded by the genome. To date, we cannot decipher this regulatory code, despite the cells ability to read it in natural and artificial sequence contexts, and in contrast to our detailed understanding of the genetic code, which allows us to seamlessly translate DNA into protein sequences. Here, I propose a regulatory genomics approach in Drosophila with three specific objectives: First, we will determine the sequence basis of how individual Hox transcription factors (Scr, Antp, Ubx, abd-A, Abd-B) and factors downstream of signalling pathways (Sd, pan, ci, Su(H), pnt, Stat93E, Mad, Smox, CrebA) regulate different genes in different tissues. We will perform tissue-specific ChIP-Seq and measure gene expression in mesoderm/muscle, epidermis, and neurons, and explain common and tissue-specific targets by their sequences. Second, we will determine requirements for enhancer function in several different cell-types, by performing an exhaustive and unbiased enhancer screen and computationally analyzing the sequences. Third, we will build a computational model to extract general rules from objectives 1 & 2, learn the regulatory codes, and make specific predictions. We will validate our model using cross-validation and predictions with unrelated sequence (e.g. from yeast), and will finally use it to design enhancers that are active in specific cell-types or combinations of cell-types. Our combination of experimental and computational methods makes us confident that we will make major contributions to the understanding of gene regulation in the fly. We anticipate that we will learn general principles, which will hold across tissues and animals, and might ultimately lead to the general regulatory code.
Wissenschaftliches Gebiet (EuroSciVoc)
CORDIS klassifiziert Projekte mit EuroSciVoc, einer mehrsprachigen Taxonomie der Wissenschaftsbereiche, durch einen halbautomatischen Prozess, der auf Verfahren der Verarbeitung natürlicher Sprache beruht. Siehe: Das European Science Vocabulary.
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Programm/Programme
Mehrjährige Finanzierungsprogramme, in denen die Prioritäten der EU für Forschung und Innovation festgelegt sind.
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Thema/Themen
Aufforderungen zur Einreichung von Vorschlägen sind nach Themen gegliedert. Ein Thema definiert einen bestimmten Bereich oder ein Gebiet, zu dem Vorschläge eingereicht werden können. Die Beschreibung eines Themas umfasst seinen spezifischen Umfang und die erwarteten Auswirkungen des finanzierten Projekts.
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Aufforderung zur Vorschlagseinreichung
Verfahren zur Aufforderung zur Einreichung von Projektvorschlägen mit dem Ziel, eine EU-Finanzierung zu erhalten.
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ERC-2009-StG
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Finanzierungsplan
Finanzierungsregelung (oder „Art der Maßnahme“) innerhalb eines Programms mit gemeinsamen Merkmalen. Sieht folgendes vor: den Umfang der finanzierten Maßnahmen, den Erstattungssatz, spezifische Bewertungskriterien für die Finanzierung und die Verwendung vereinfachter Kostenformen wie Pauschalbeträge.
Finanzierungsregelung (oder „Art der Maßnahme“) innerhalb eines Programms mit gemeinsamen Merkmalen. Sieht folgendes vor: den Umfang der finanzierten Maßnahmen, den Erstattungssatz, spezifische Bewertungskriterien für die Finanzierung und die Verwendung vereinfachter Kostenformen wie Pauschalbeträge.
Gastgebende Einrichtung
1030 Wien
Österreich
Die Gesamtkosten, die dieser Organisation durch die Beteiligung am Projekt entstanden sind, einschließlich der direkten und indirekten Kosten. Dieser Betrag ist Teil des Gesamtbudgets des Projekts.