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Contenuto archiviato il 2024-06-18

Deprotonation of organic molecules in solution by ab-initio MD and rare events simulation techniques

Obiettivo

Deprotonation of organic molecules are key processes involved in the rate limiting step of many chemical and biological processes. Their reaction mechanism depends on several factors such as the nature of the acid functional group (carboxyl, hydroxyl, etc.), the substituents of the molecule, and the type of solvent. However, despite their importance, the mechanism of these processes remain not well understood.

In this project we shall study the mechanism of deprotonation of different classes of organic molecules in different solvents by ab-initio simulations, elucidating also the role of the solvent and molecular substituents. Standard atomistic simulations techniques, such as molecular dynamics (MD), cannot be used for simulating these processes by brute-force because of the time scale involved: deprotonation is a rare event. This problem will be overcame using modern 'sampling' techniques, such as Temperature Accelerated Molecular Dynamics, the String Method, and Milestoning, adapting them to the study of deprotonation process and, more generally, to chemical reactions. These techniques allow to compute the reaction rate, characterize its mechanism(s), and calculate its free energy along the reaction path (i.e. free energy barrier) of chemical reactions in realistic conditions (i.e. in solution).

The present project will require expertise in both electronic structure calculations in condensed phase, of which the proposer is an expert, and statistical mechanics in which the scientist in charge (Prof. Ciccotti) is a well-known expert. This will allow the proposer to complement his competences by learning about modern concepts and simulation methods in the statistical mechanics theory of reactive events.

Campo scientifico (EuroSciVoc)

CORDIS classifica i progetti con EuroSciVoc, una tassonomia multilingue dei campi scientifici, attraverso un processo semi-automatico basato su tecniche NLP. Cfr.: Il Vocabolario Scientifico Europeo.

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Argomento(i)

Gli inviti a presentare proposte sono suddivisi per argomenti. Un argomento definisce un’area o un tema specifico per il quale i candidati possono presentare proposte. La descrizione di un argomento comprende il suo ambito specifico e l’impatto previsto del progetto finanziato.

Invito a presentare proposte

Procedura per invitare i candidati a presentare proposte di progetti, con l’obiettivo di ricevere finanziamenti dall’UE.

FP7-PEOPLE-2009-IEF
Vedi altri progetti per questo bando

Meccanismo di finanziamento

Meccanismo di finanziamento (o «Tipo di azione») all’interno di un programma con caratteristiche comuni. Specifica: l’ambito di ciò che viene finanziato; il tasso di rimborso; i criteri di valutazione specifici per qualificarsi per il finanziamento; l’uso di forme semplificate di costi come gli importi forfettari.

MC-IEF - Intra-European Fellowships (IEF)

Coordinatore

UNIVERSITY COLLEGE DUBLIN, NATIONAL UNIVERSITY OF IRELAND, DUBLIN
Contributo UE
€ 187 330,30
Costo totale

I costi totali sostenuti dall’organizzazione per partecipare al progetto, compresi i costi diretti e indiretti. Questo importo è un sottoinsieme del bilancio complessivo del progetto.

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