Objectif
In systems biology, we aim at deriving gene-regulatory or signaling models based on multivariate readouts, thereby generating predictions for novel experiments. However any model only approximates reality, leaving out details or other types of regulation. Here I ask why a given model fails to predict a set of observations with acceptable accuracy and how to refine the model using this experimental knowledge. This resembles a question from signal processing, namely the blind identification of hidden (latent) variables in a mixing model. Many, powerful methods have been proposed to answer it. However, they have not been extended to dynamical systems due to the involved strong nonlinearities.
I propose to infer additional upstream species in a given model, denoted as latent causes, that improve the prediction and at the same time are subject to the model dynamics. Multiple causes are estimated using statistical assumptions such as minimum mutual information. The model estimation will be performed within a Bayesian framework. This will allow for the efficient but crucial inclusion of prior biological information. The method will be applied to infer a differentiation model describing lineage segregation of embryonic stem (ES) cells to endo- and mesoderm. Here, latent causes are known to be transcription factors and microRNAs, but also small molecules/drugs. Identified off-target effects of these causes will be validated in collaboration with experimental partners.
This study will establish links between information-theoretic signal processing and dynamical systems. Its application to a detailed ES cell model will foster our understanding of differentiation and may ultimately contribute to the development of more efficient differentiation protocols for cell replacement therapy.
Champ scientifique (EuroSciVoc)
CORDIS classe les projets avec EuroSciVoc, une taxonomie multilingue des domaines scientifiques, grâce à un processus semi-automatique basé sur des techniques TLN. Voir: Le vocabulaire scientifique européen.
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- ingénierie et technologie génie électrique, génie électronique, génie de l’information ingénierie électronique traitement des signaux
- sciences naturelles mathématiques mathématiques appliquées systèmes dynamiques
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Programme(s)
Programmes de financement pluriannuels qui définissent les priorités de l’UE en matière de recherche et d’innovation.
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Thème(s)
Les appels à propositions sont divisés en thèmes. Un thème définit un sujet ou un domaine spécifique dans le cadre duquel les candidats peuvent soumettre des propositions. La description d’un thème comprend sa portée spécifique et l’impact attendu du projet financé.
Les appels à propositions sont divisés en thèmes. Un thème définit un sujet ou un domaine spécifique dans le cadre duquel les candidats peuvent soumettre des propositions. La description d’un thème comprend sa portée spécifique et l’impact attendu du projet financé.
Appel à propositions
Procédure par laquelle les candidats sont invités à soumettre des propositions de projet en vue de bénéficier d’un financement de l’UE.
Procédure par laquelle les candidats sont invités à soumettre des propositions de projet en vue de bénéficier d’un financement de l’UE.
ERC-2010-StG_20091028
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Régime de financement
Régime de financement (ou «type d’action») à l’intérieur d’un programme présentant des caractéristiques communes. Le régime de financement précise le champ d’application de ce qui est financé, le taux de remboursement, les critères d’évaluation spécifiques pour bénéficier du financement et les formes simplifiées de couverture des coûts, telles que les montants forfaitaires.
Régime de financement (ou «type d’action») à l’intérieur d’un programme présentant des caractéristiques communes. Le régime de financement précise le champ d’application de ce qui est financé, le taux de remboursement, les critères d’évaluation spécifiques pour bénéficier du financement et les formes simplifiées de couverture des coûts, telles que les montants forfaitaires.
Institution d’accueil
85764 Neuherberg
Allemagne
Les coûts totaux encourus par l’organisation concernée pour participer au projet, y compris les coûts directs et indirects. Ce montant est un sous-ensemble du budget global du projet.