Ziel
"We propose to investigate a number of algorithmic problems on jumbled strings, where we refer to a string t as a jumbled version of string s if t's positions can be permuted such that it is transformed into s. In other words, the two strings have the same Parikh vector, where the Parikh vector counts the number of occurrences of each character. For example, the strings AAGACGT and AAACGGT both have Parikh vector (3,1,2,1). All strings with the same Parikh vector build an equivalence class, which we refer to as a 'jumbled string.' We want to develop algorithms and dedicated data structures for searching, storing, comparing, and identifying jumbled strings.
Jumbled strings have important applications in bioinformatics, above all in interpretation of mass spectrometry data; but they have also been applied to alignment, pattern discovery in biological strings, or SNP detection. Searching for a jumbled pattern in a text constitutes a special case of approximate string matching, and is thus of particular interest in the pattern matching field. Similar problems regarding unique reconstruction of strings have been investigated in the area of formal languages.
The project involves both theoretical and practical parts. Besides searching for asymptotically optimal procedures for different models of the source which generates the text, we will also test on real instances of biological and textual data. We are not only interested in theoretically optimal algorithms but focus on algorithms that work well in practice. Thus, we consider also heuristics and ad hoc methods to enhance the practical implementation of our methods.
The project will enable the fellow to greatly enhance her competencies in algorithms development and formal languages, while training in information theory and extremal combinatorics, benefitting from the expertise at the host institution. This will constitute a major step in her career towards a professorship in algorithmic bioinformatics."
Wissenschaftliches Gebiet (EuroSciVoc)
CORDIS klassifiziert Projekte mit EuroSciVoc, einer mehrsprachigen Taxonomie der Wissenschaftsbereiche, durch einen halbautomatischen Prozess, der auf Verfahren der Verarbeitung natürlicher Sprache beruht. Siehe: Das European Science Vocabulary.
CORDIS klassifiziert Projekte mit EuroSciVoc, einer mehrsprachigen Taxonomie der Wissenschaftsbereiche, durch einen halbautomatischen Prozess, der auf Verfahren der Verarbeitung natürlicher Sprache beruht. Siehe: Das European Science Vocabulary.
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Programm/Programme
Mehrjährige Finanzierungsprogramme, in denen die Prioritäten der EU für Forschung und Innovation festgelegt sind.
Mehrjährige Finanzierungsprogramme, in denen die Prioritäten der EU für Forschung und Innovation festgelegt sind.
Thema/Themen
Aufforderungen zur Einreichung von Vorschlägen sind nach Themen gegliedert. Ein Thema definiert einen bestimmten Bereich oder ein Gebiet, zu dem Vorschläge eingereicht werden können. Die Beschreibung eines Themas umfasst seinen spezifischen Umfang und die erwarteten Auswirkungen des finanzierten Projekts.
Aufforderungen zur Einreichung von Vorschlägen sind nach Themen gegliedert. Ein Thema definiert einen bestimmten Bereich oder ein Gebiet, zu dem Vorschläge eingereicht werden können. Die Beschreibung eines Themas umfasst seinen spezifischen Umfang und die erwarteten Auswirkungen des finanzierten Projekts.
Aufforderung zur Vorschlagseinreichung
Verfahren zur Aufforderung zur Einreichung von Projektvorschlägen mit dem Ziel, eine EU-Finanzierung zu erhalten.
Verfahren zur Aufforderung zur Einreichung von Projektvorschlägen mit dem Ziel, eine EU-Finanzierung zu erhalten.
FP7-PEOPLE-2010-IEF
Andere Projekte für diesen Aufruf anzeigen
Finanzierungsplan
Finanzierungsregelung (oder „Art der Maßnahme“) innerhalb eines Programms mit gemeinsamen Merkmalen. Sieht folgendes vor: den Umfang der finanzierten Maßnahmen, den Erstattungssatz, spezifische Bewertungskriterien für die Finanzierung und die Verwendung vereinfachter Kostenformen wie Pauschalbeträge.
Finanzierungsregelung (oder „Art der Maßnahme“) innerhalb eines Programms mit gemeinsamen Merkmalen. Sieht folgendes vor: den Umfang der finanzierten Maßnahmen, den Erstattungssatz, spezifische Bewertungskriterien für die Finanzierung und die Verwendung vereinfachter Kostenformen wie Pauschalbeträge.
Koordinator
84084 Fisciano Sa
Italien
Die Gesamtkosten, die dieser Organisation durch die Beteiligung am Projekt entstanden sind, einschließlich der direkten und indirekten Kosten. Dieser Betrag ist Teil des Gesamtbudgets des Projekts.