Objectif
Living cells depend on the correct functioning of proteins that transport cargo across the membranes. We will use computer simulations to understand the mechanisms employed by three proteins that mediate transport across biological membranes. Each of these three proteins is important for physiology and disease.
A large part of the research planned aims at understanding the SecA motor protein. SecA is an essential component of the Sec translocation system in bacteria, where it couples the hydrolysis of adenosine triphosphate (ATP) with remarkable protein conformational changes to transport newly synthesized proteins across the plasma membrane. Key open questions concern the mechanism of the chemical-mechanical coupling employed by SecA, and how SecA works together with the SecYEG protein channel to translocate proteins. We will address these questions by performing molecular dynamics computations at the classical and combined quantum mechanical/molecular mechanical levels, and bioinformatics analyses.
The plasma membrane proton pump is a member of the P-type ATPases family, complex enzymes essential for maintaining the plasma membrane potential and for secondary transport systems in eukaryotes. We will assess the dynamics of the AHA2 plasma membrane proton pump in a hydrated lipid membrane, the mechanism of long-distance conformational coupling, and the functional role of specific amino acids.
Channelrhodopsin-2 is a light-gated cation channel that can be expressed in mammalian neurons and used as a powerful tool to probe neuronal circuits. Comparison of the sequences of channelrhodopsin-2 and other microbial-type rhodopsins raises intriguing questions about the functional roles of specific amino acids. To contribute to the general understanding of the principles that govern the design of membrane transporters, we will combine homology modeling of channelrhodopsin-2 with molecular dynamics of channelrhodopsin-2, bacteriorhodopsin, and sensory rhodopsin.
Champ scientifique (EuroSciVoc)
CORDIS classe les projets avec EuroSciVoc, une taxonomie multilingue des domaines scientifiques, grâce à un processus semi-automatique basé sur des techniques TLN. Voir: Le vocabulaire scientifique européen.
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- sciences naturelles sciences biologiques microbiologie bactériologie
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Programme(s)
Programmes de financement pluriannuels qui définissent les priorités de l’UE en matière de recherche et d’innovation.
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Thème(s)
Les appels à propositions sont divisés en thèmes. Un thème définit un sujet ou un domaine spécifique dans le cadre duquel les candidats peuvent soumettre des propositions. La description d’un thème comprend sa portée spécifique et l’impact attendu du projet financé.
Les appels à propositions sont divisés en thèmes. Un thème définit un sujet ou un domaine spécifique dans le cadre duquel les candidats peuvent soumettre des propositions. La description d’un thème comprend sa portée spécifique et l’impact attendu du projet financé.
Appel à propositions
Procédure par laquelle les candidats sont invités à soumettre des propositions de projet en vue de bénéficier d’un financement de l’UE.
Procédure par laquelle les candidats sont invités à soumettre des propositions de projet en vue de bénéficier d’un financement de l’UE.
FP7-PEOPLE-2010-RG
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Régime de financement
Régime de financement (ou «type d’action») à l’intérieur d’un programme présentant des caractéristiques communes. Le régime de financement précise le champ d’application de ce qui est financé, le taux de remboursement, les critères d’évaluation spécifiques pour bénéficier du financement et les formes simplifiées de couverture des coûts, telles que les montants forfaitaires.
Régime de financement (ou «type d’action») à l’intérieur d’un programme présentant des caractéristiques communes. Le régime de financement précise le champ d’application de ce qui est financé, le taux de remboursement, les critères d’évaluation spécifiques pour bénéficier du financement et les formes simplifiées de couverture des coûts, telles que les montants forfaitaires.
Coordinateur
14195 BERLIN
Allemagne
Les coûts totaux encourus par l’organisation concernée pour participer au projet, y compris les coûts directs et indirects. Ce montant est un sous-ensemble du budget global du projet.