Obiettivo
Living cells depend on the correct functioning of proteins that transport cargo across the membranes. We will use computer simulations to understand the mechanisms employed by three proteins that mediate transport across biological membranes. Each of these three proteins is important for physiology and disease.
A large part of the research planned aims at understanding the SecA motor protein. SecA is an essential component of the Sec translocation system in bacteria, where it couples the hydrolysis of adenosine triphosphate (ATP) with remarkable protein conformational changes to transport newly synthesized proteins across the plasma membrane. Key open questions concern the mechanism of the chemical-mechanical coupling employed by SecA, and how SecA works together with the SecYEG protein channel to translocate proteins. We will address these questions by performing molecular dynamics computations at the classical and combined quantum mechanical/molecular mechanical levels, and bioinformatics analyses.
The plasma membrane proton pump is a member of the P-type ATPases family, complex enzymes essential for maintaining the plasma membrane potential and for secondary transport systems in eukaryotes. We will assess the dynamics of the AHA2 plasma membrane proton pump in a hydrated lipid membrane, the mechanism of long-distance conformational coupling, and the functional role of specific amino acids.
Channelrhodopsin-2 is a light-gated cation channel that can be expressed in mammalian neurons and used as a powerful tool to probe neuronal circuits. Comparison of the sequences of channelrhodopsin-2 and other microbial-type rhodopsins raises intriguing questions about the functional roles of specific amino acids. To contribute to the general understanding of the principles that govern the design of membrane transporters, we will combine homology modeling of channelrhodopsin-2 with molecular dynamics of channelrhodopsin-2, bacteriorhodopsin, and sensory rhodopsin.
Campo scientifico (EuroSciVoc)
CORDIS classifica i progetti con EuroSciVoc, una tassonomia multilingue dei campi scientifici, attraverso un processo semi-automatico basato su tecniche NLP. Cfr.: Il Vocabolario Scientifico Europeo.
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- scienze naturali scienze biologiche microbiologia batteriologia
- scienze naturali scienze biologiche biochimica biomolecole lipidi
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- scienze naturali scienze biologiche biochimica biomolecole proteine enzimi
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Programma(i)
Programmi di finanziamento pluriennali che definiscono le priorità dell’UE in materia di ricerca e innovazione.
Programmi di finanziamento pluriennali che definiscono le priorità dell’UE in materia di ricerca e innovazione.
Argomento(i)
Gli inviti a presentare proposte sono suddivisi per argomenti. Un argomento definisce un’area o un tema specifico per il quale i candidati possono presentare proposte. La descrizione di un argomento comprende il suo ambito specifico e l’impatto previsto del progetto finanziato.
Gli inviti a presentare proposte sono suddivisi per argomenti. Un argomento definisce un’area o un tema specifico per il quale i candidati possono presentare proposte. La descrizione di un argomento comprende il suo ambito specifico e l’impatto previsto del progetto finanziato.
Invito a presentare proposte
Procedura per invitare i candidati a presentare proposte di progetti, con l’obiettivo di ricevere finanziamenti dall’UE.
Procedura per invitare i candidati a presentare proposte di progetti, con l’obiettivo di ricevere finanziamenti dall’UE.
FP7-PEOPLE-2010-RG
Vedi altri progetti per questo bando
Meccanismo di finanziamento
Meccanismo di finanziamento (o «Tipo di azione») all’interno di un programma con caratteristiche comuni. Specifica: l’ambito di ciò che viene finanziato; il tasso di rimborso; i criteri di valutazione specifici per qualificarsi per il finanziamento; l’uso di forme semplificate di costi come gli importi forfettari.
Meccanismo di finanziamento (o «Tipo di azione») all’interno di un programma con caratteristiche comuni. Specifica: l’ambito di ciò che viene finanziato; il tasso di rimborso; i criteri di valutazione specifici per qualificarsi per il finanziamento; l’uso di forme semplificate di costi come gli importi forfettari.
Coordinatore
14195 BERLIN
Germania
I costi totali sostenuti dall’organizzazione per partecipare al progetto, compresi i costi diretti e indiretti. Questo importo è un sottoinsieme del bilancio complessivo del progetto.