Objetivo
How embryonic stem cells (ESCs) maintain their dual capacity to self-renew and to differentiate into all cell types is one of the fundamental questions in biology. Although this question remains largely open, there is growing evidence suggesting that chromatin plasticity is a fundamental hallmark of ESCs, providing their necessary flexibility.
Previously we found that ESCs possess a relatively open chromatin conformation, giving rise to permissive transcriptional program. Here I propose to investigate the mechanisms that support chromatin plasticity and pluripotency in ESCs.
Using a simple biochemical assay which I developed (DCAP: Differential Chromatin Associated Proteins), based on micrococcal nuclease (MNase) digestion combined with multi-dimensional protein identification technology (MudPIT), I seek to identify ESC-specific chromatin proteins. Selected proteins will be knocked-down (or out) and their ESC function will be evaluated.
In addition, I will conduct a hypothesis-driven research using mutant ESCs and epigenetic-related drugs to search for potential mechanisms, (i.e. histone modifications, DNA methylation), that may support chromatin plasticity in ESCs. Based on our intriguing preliminary data, I will also focus on the link between the nuclear lamina and ESC plasticity.
Thirdly, we will analyze non-polyadenylated transcription using genome-wide tiling arrays and RNA-seq. We will design custom microarrays containing the identified sequences, which will allow us to reveal, using ChIP-chip experiments, the mechanistic regulation of the non-polyadenylated transcripts. Finally, we will knockout, using zinc-finger nuclease technology, selected highly conserved candidates in search of their function.
Understanding chromatin regulation, plasticity and function will enable one to intelligently manipulate ESCs to transition between the pluripotent, multipotent and unipotent states and to expedite their use in the clinic.
Ámbito científico (EuroSciVoc)
CORDIS clasifica los proyectos con EuroSciVoc, una taxonomía plurilingüe de ámbitos científicos, mediante un proceso semiautomático basado en técnicas de procesamiento del lenguaje natural. Véas: El vocabulario científico europeo..
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- ciencias naturales ciencias biológicas genética ADN
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Programa(s)
Programas de financiación plurianuales que definen las prioridades de la UE en materia de investigación e innovación.
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Tema(s)
Las convocatorias de propuestas se dividen en temas. Un tema define una materia o área específica para la que los solicitantes pueden presentar propuestas. La descripción de un tema comprende su alcance específico y la repercusión prevista del proyecto financiado.
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Convocatoria de propuestas
Procedimiento para invitar a los solicitantes a presentar propuestas de proyectos con el objetivo de obtener financiación de la UE.
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ERC-2011-StG_20101109
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Régimen de financiación
Régimen de financiación (o «Tipo de acción») dentro de un programa con características comunes. Especifica: el alcance de lo que se financia; el porcentaje de reembolso; los criterios específicos de evaluación para optar a la financiación; y el uso de formas simplificadas de costes como los importes a tanto alzado.
Régimen de financiación (o «Tipo de acción») dentro de un programa con características comunes. Especifica: el alcance de lo que se financia; el porcentaje de reembolso; los criterios específicos de evaluación para optar a la financiación; y el uso de formas simplificadas de costes como los importes a tanto alzado.
Institución de acogida
91904 JERUSALEM
Israel
Los costes totales en que ha incurrido esta organización para participar en el proyecto, incluidos los costes directos e indirectos. Este importe es un subconjunto del presupuesto total del proyecto.