Objectif
The question of how the sequence of amino acids dictates the final fold of globular proteins remains one of the fundamental riddles of structural biology. The objective of the present research plan is to identify sequence elements that contribute key local and non-local interactions that are effective during the initial steps of the folding process.
A series of experiments are proposed to identify critical residues that form such effective interactions. Initial phases of the misfolding of globular and natively unfolded proteins will be explored in order to explain these processes and ultimately to control negative consequences of misfolding, e.g. formation of amyloid plaques. An interdisciplinary approach aimed primarily at structural characterization of the rapidly changing ensembles of partially folded protein molecules will be adopted. A number of methods will be applied, in particular time resolved FRET, -FRET detected FCS; FRET detected fast-kinetic methods, (a novel high pressure jump and micromixing based double kinetics experiments); protein engineering and computational methods.
The hypothesis is that few very effective non-local contacts can direct the backbone into a native like fold at the early phase of the folding transition. This hypothesis will be explored to identify the essential key interactions and specific clusters of residues that contribute to those interactions. The response of the ensembles of conformers to changes of pressure; temperature; solvent composition and to the insertion of structure perturbation mutations will be monitored. Computational and bioinformatics methods will be applied in an attempt to generalize the experimental results.
In order to achieve these goals the host research group will bring in
- methods for construction of a pressure -jump and micromixing devices;
- methods of molecular dynamics simulations, and
- the technology enabling single molecule detection.
Champ scientifique (EuroSciVoc)
CORDIS classe les projets avec EuroSciVoc, une taxonomie multilingue des domaines scientifiques, grâce à un processus semi-automatique basé sur des techniques TLN. Voir: Le vocabulaire scientifique européen.
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- sciences naturelles sciences biologiques biochimie biomolécule protéines repliement protéique
- sciences naturelles sciences biologiques génétique mutation
- sciences naturelles sciences physiques mécanique classique mécanique des fluides hydrostatique
- sciences naturelles sciences chimiques chimie organique amines
- sciences naturelles sciences physiques optique physique des lasers
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Mots‑clés
Les mots-clés du projet tels qu’indiqués par le coordinateur du projet. À ne pas confondre avec la taxonomie EuroSciVoc (champ scientifique).
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Programme(s)
Programmes de financement pluriannuels qui définissent les priorités de l’UE en matière de recherche et d’innovation.
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Thème(s)
Les appels à propositions sont divisés en thèmes. Un thème définit un sujet ou un domaine spécifique dans le cadre duquel les candidats peuvent soumettre des propositions. La description d’un thème comprend sa portée spécifique et l’impact attendu du projet financé.
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Appel à propositions
Procédure par laquelle les candidats sont invités à soumettre des propositions de projet en vue de bénéficier d’un financement de l’UE.
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FP6-2004-MOBILITY-3
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Régime de financement
Régime de financement (ou «type d’action») à l’intérieur d’un programme présentant des caractéristiques communes. Le régime de financement précise le champ d’application de ce qui est financé, le taux de remboursement, les critères d’évaluation spécifiques pour bénéficier du financement et les formes simplifiées de couverture des coûts, telles que les montants forfaitaires.
Régime de financement (ou «type d’action») à l’intérieur d’un programme présentant des caractéristiques communes. Le régime de financement précise le champ d’application de ce qui est financé, le taux de remboursement, les critères d’évaluation spécifiques pour bénéficier du financement et les formes simplifiées de couverture des coûts, telles que les montants forfaitaires.
Coordinateur
RAMAT GAN
Israël
Les coûts totaux encourus par l’organisation concernée pour participer au projet, y compris les coûts directs et indirects. Ce montant est un sous-ensemble du budget global du projet.