Objectif
The interconnections between intermediary metabolism and regulation of gene expression are relatively poorly understood. A few reports have analysed the ability of some metabolic enzymes to 'moonlight' as RNA-binding proteins, being responsive to small metabolites that often represent co-factors of the enzymes. Building on these observations, it was recently proposed that regulatory networks formed between mRNAs, Enzymes and Metabolites (REM networks) might represent a novel regulatory layer interconnecting intermediary metabolism and post-transcriptional regulation of gene expression.
This project aimes to comprehensively address the largely unexplored territory of cross-talk between intermediary metabolism and post-transcriptional gene regulation by identifying mRNA-binding proteins in living yeast cells using unbiased proteomic and transcriptomic methods. By adaptation of a protocol established in the host lab for human cells, I will employ in vivo crosslinking and oligo d(T)-purification followed by mass spectrometry to create a catalogue of mRNA-binding proteins for yeast, thereby identifying enzymes conserved between human and yeast. To find 'target' RNAs that specifically interact with these enzymes, I will use crosslinking and immunoprecipitation (CLIP/CRAC) assays followed by high-throughput RNA sequencing. This will allow me to identify the interacting motifs in both, the RNA and the enzymes by bioinformatic and biochemical methods. Finally, I will explore the importance of the mRNA-protein interactions for gene regulation using functional assays in vivo and in vitro.
Champ scientifique (EuroSciVoc)
CORDIS classe les projets avec EuroSciVoc, une taxonomie multilingue des domaines scientifiques, grâce à un processus semi-automatique basé sur des techniques TLN. Voir: Le vocabulaire scientifique européen.
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- sciences naturelles sciences biologiques génétique ARN
- sciences naturelles sciences chimiques chimie analytique spectrométrie de masse
- sciences naturelles sciences biologiques biochimie biomolécule protéines enzyme
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Programme(s)
Programmes de financement pluriannuels qui définissent les priorités de l’UE en matière de recherche et d’innovation.
Programmes de financement pluriannuels qui définissent les priorités de l’UE en matière de recherche et d’innovation.
Thème(s)
Les appels à propositions sont divisés en thèmes. Un thème définit un sujet ou un domaine spécifique dans le cadre duquel les candidats peuvent soumettre des propositions. La description d’un thème comprend sa portée spécifique et l’impact attendu du projet financé.
Les appels à propositions sont divisés en thèmes. Un thème définit un sujet ou un domaine spécifique dans le cadre duquel les candidats peuvent soumettre des propositions. La description d’un thème comprend sa portée spécifique et l’impact attendu du projet financé.
Appel à propositions
Procédure par laquelle les candidats sont invités à soumettre des propositions de projet en vue de bénéficier d’un financement de l’UE.
Procédure par laquelle les candidats sont invités à soumettre des propositions de projet en vue de bénéficier d’un financement de l’UE.
FP7-PEOPLE-2011-IEF
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Régime de financement
Régime de financement (ou «type d’action») à l’intérieur d’un programme présentant des caractéristiques communes. Le régime de financement précise le champ d’application de ce qui est financé, le taux de remboursement, les critères d’évaluation spécifiques pour bénéficier du financement et les formes simplifiées de couverture des coûts, telles que les montants forfaitaires.
Régime de financement (ou «type d’action») à l’intérieur d’un programme présentant des caractéristiques communes. Le régime de financement précise le champ d’application de ce qui est financé, le taux de remboursement, les critères d’évaluation spécifiques pour bénéficier du financement et les formes simplifiées de couverture des coûts, telles que les montants forfaitaires.
Coordinateur
69117 Heidelberg
Allemagne
Les coûts totaux encourus par l’organisation concernée pour participer au projet, y compris les coûts directs et indirects. Ce montant est un sous-ensemble du budget global du projet.