Ziel
Achieving a quantitative understanding of the transcriptome is critical to the development of RNA biology and RNA-based therapeutics. One of the main “road-blocks” to the advancement of these fields is the inability, at present, to dynamically track most RNA molecules in vivo. In order to achieve a quantitative understanding of RNA interactions in vivo, we propose to develop a new class of genetically encoded fluorescent probes that will be designed to dynamically track gene expression (mRNA), miRNA trans-interactions, riboswitch or hairpin-type cis-interactions, ribozyme, and any other class of ncRNA.
The probes will consist of large self-assembled RNA-FP complexes that will report RNA-RNA interaction dynamically via an engineered structural change that will be detected through a change in fluorescence. The signal will consist of a change in the light polarization, and will be detected by a novel implementation of a polarization Total Internal Reflection Fluorescence (polTIRF) microscope design, which will enable the detection of small structural changes within the nanoprobe at fast sampling rates.
In this proposal, I intend to develop, in bacteria, the first generation of these probes. Development of the probes and the imaging apparatus will take place simultaneously, in order to optimize both detection capability and the probe design. The development and demonstration of the probes' capabilities will be guided by three objectives, each divided into individual milestones and sub-projects. In particular, I intend to use this approach to quantitatively characterize synthetic hammerhead ribozyme trans interaction, cis-acting RNA thermosensors, and the Hfq RNA-protein complex. I believe that successful implementation of this combined molecular and imaging tool to quantitatively characterize the kinetics associated with RNA-RNA trans/cis-interactions will constitute a proof-of-principle to the broad applicability for our method to other RNA-based platforms.
Wissenschaftliches Gebiet (EuroSciVoc)
CORDIS klassifiziert Projekte mit EuroSciVoc, einer mehrsprachigen Taxonomie der Wissenschaftsbereiche, durch einen halbautomatischen Prozess, der auf Verfahren der Verarbeitung natürlicher Sprache beruht. Siehe: Das European Science Vocabulary.
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- Naturwissenschaften Biowissenschaften Mikrobiologie Bakteriologie
- Naturwissenschaften Naturwissenschaften Optik Mikroskopie
- Naturwissenschaften Biowissenschaften Genetik RNS Transkriptome
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Programm/Programme
Mehrjährige Finanzierungsprogramme, in denen die Prioritäten der EU für Forschung und Innovation festgelegt sind.
Mehrjährige Finanzierungsprogramme, in denen die Prioritäten der EU für Forschung und Innovation festgelegt sind.
Thema/Themen
Aufforderungen zur Einreichung von Vorschlägen sind nach Themen gegliedert. Ein Thema definiert einen bestimmten Bereich oder ein Gebiet, zu dem Vorschläge eingereicht werden können. Die Beschreibung eines Themas umfasst seinen spezifischen Umfang und die erwarteten Auswirkungen des finanzierten Projekts.
Aufforderungen zur Einreichung von Vorschlägen sind nach Themen gegliedert. Ein Thema definiert einen bestimmten Bereich oder ein Gebiet, zu dem Vorschläge eingereicht werden können. Die Beschreibung eines Themas umfasst seinen spezifischen Umfang und die erwarteten Auswirkungen des finanzierten Projekts.
Aufforderung zur Vorschlagseinreichung
Verfahren zur Aufforderung zur Einreichung von Projektvorschlägen mit dem Ziel, eine EU-Finanzierung zu erhalten.
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FP7-PEOPLE-2012-CIG
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Finanzierungsplan
Finanzierungsregelung (oder „Art der Maßnahme“) innerhalb eines Programms mit gemeinsamen Merkmalen. Sieht folgendes vor: den Umfang der finanzierten Maßnahmen, den Erstattungssatz, spezifische Bewertungskriterien für die Finanzierung und die Verwendung vereinfachter Kostenformen wie Pauschalbeträge.
Finanzierungsregelung (oder „Art der Maßnahme“) innerhalb eines Programms mit gemeinsamen Merkmalen. Sieht folgendes vor: den Umfang der finanzierten Maßnahmen, den Erstattungssatz, spezifische Bewertungskriterien für die Finanzierung und die Verwendung vereinfachter Kostenformen wie Pauschalbeträge.
MC-CIG - Support for training and career development of researcher (CIG)
Koordinator
32000 Haifa
Israel
Die Gesamtkosten, die dieser Organisation durch die Beteiligung am Projekt entstanden sind, einschließlich der direkten und indirekten Kosten. Dieser Betrag ist Teil des Gesamtbudgets des Projekts.