Objetivo
With ever new emerging experimental techniques and advances in computer simulations, it could be shown that solvation dynamics plays a fundamental role in many processes that are essential to life on a molecular scale. In particular, an ongoing intensive activity aims to elucidate the dynamical features of hydration water in the picoseconds time scale and terahertz (THz) spectral range, owing to the fact that numerous processes in water occur on this time scale.
The main aim of the project MOLDYKITA is to characterize the solvation dynamics at THz frequencies for a physiologic scenario of enzymatic catalysis, i.e. the interaction between a zinc metalloprotease enzyme and collagen-like molecules. The study will be carried out by means of molecular dynamics (MD) simulations and time resolved kinetic THz absorption spectroscopy (KITA) techniques, thus providing a robust basis for the interpretation of the experimental results.
The catalytic domain of human membrane type-1 matrix metalloproteinase (MMP) will be used as model enzyme. Two collagen-like molecules, a highly flexible single chain peptide (SCP) versus a more rigid triple helical peptides (THP), will be used as model substrates and compared in the process of substrate-enzyme docking.
This project will provide a microscopic picture of the changes in the water motions associated with substrate binding in the MMP-SCP and MMP-THP system. The aim is to answer to fundamental questions regarding solvation in enzyme catalysis, e.g. do water networks motions play a role in enzymatic catalysis and can water networks sense different substrates. The results of the project will show whether changes in protein and solvent dynamics are not mere epiphenomena, but have a vital role in substrate binding and recognition. These answers are of paramount importance for the fields of Physics, Chemistry and Biology and might turn out to be crucial for technological applications in drug design.
Ámbito científico (EuroSciVoc)
CORDIS clasifica los proyectos con EuroSciVoc, una taxonomía plurilingüe de ámbitos científicos, mediante un proceso semiautomático basado en técnicas de procesamiento del lenguaje natural. Véas: El vocabulario científico europeo..
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Programa(s)
Programas de financiación plurianuales que definen las prioridades de la UE en materia de investigación e innovación.
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Tema(s)
Las convocatorias de propuestas se dividen en temas. Un tema define una materia o área específica para la que los solicitantes pueden presentar propuestas. La descripción de un tema comprende su alcance específico y la repercusión prevista del proyecto financiado.
Las convocatorias de propuestas se dividen en temas. Un tema define una materia o área específica para la que los solicitantes pueden presentar propuestas. La descripción de un tema comprende su alcance específico y la repercusión prevista del proyecto financiado.
Convocatoria de propuestas
Procedimiento para invitar a los solicitantes a presentar propuestas de proyectos con el objetivo de obtener financiación de la UE.
Procedimiento para invitar a los solicitantes a presentar propuestas de proyectos con el objetivo de obtener financiación de la UE.
FP7-PEOPLE-2012-IEF
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Régimen de financiación
Régimen de financiación (o «Tipo de acción») dentro de un programa con características comunes. Especifica: el alcance de lo que se financia; el porcentaje de reembolso; los criterios específicos de evaluación para optar a la financiación; y el uso de formas simplificadas de costes como los importes a tanto alzado.
Régimen de financiación (o «Tipo de acción») dentro de un programa con características comunes. Especifica: el alcance de lo que se financia; el porcentaje de reembolso; los criterios específicos de evaluación para optar a la financiación; y el uso de formas simplificadas de costes como los importes a tanto alzado.
Coordinador
44801 Bochum
Alemania
Los costes totales en que ha incurrido esta organización para participar en el proyecto, incluidos los costes directos e indirectos. Este importe es un subconjunto del presupuesto total del proyecto.