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CORDIS - Forschungsergebnisse der EU
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Inhalt archiviert am 2024-05-27

Solvent dynamics in enzymatic catalysis: a molecular dynamics simulations and kinetic terahertz absorption spectroscopy study

Ziel

With ever new emerging experimental techniques and advances in computer simulations, it could be shown that solvation dynamics plays a fundamental role in many processes that are essential to life on a molecular scale. In particular, an ongoing intensive activity aims to elucidate the dynamical features of hydration water in the picoseconds time scale and terahertz (THz) spectral range, owing to the fact that numerous processes in water occur on this time scale.
The main aim of the project MOLDYKITA is to characterize the solvation dynamics at THz frequencies for a physiologic scenario of enzymatic catalysis, i.e. the interaction between a zinc metalloprotease enzyme and collagen-like molecules. The study will be carried out by means of molecular dynamics (MD) simulations and time resolved kinetic THz absorption spectroscopy (KITA) techniques, thus providing a robust basis for the interpretation of the experimental results.
The catalytic domain of human membrane type-1 matrix metalloproteinase (MMP) will be used as model enzyme. Two collagen-like molecules, a highly flexible single chain peptide (SCP) versus a more rigid triple helical peptides (THP), will be used as model substrates and compared in the process of substrate-enzyme docking.
This project will provide a microscopic picture of the changes in the water motions associated with substrate binding in the MMP-SCP and MMP-THP system. The aim is to answer to fundamental questions regarding solvation in enzyme catalysis, e.g. do water networks motions play a role in enzymatic catalysis and can water networks sense different substrates. The results of the project will show whether changes in protein and solvent dynamics are not mere epiphenomena, but have a vital role in substrate binding and recognition. These answers are of paramount importance for the fields of Physics, Chemistry and Biology and might turn out to be crucial for technological applications in drug design.

Wissenschaftliches Gebiet (EuroSciVoc)

CORDIS klassifiziert Projekte mit EuroSciVoc, einer mehrsprachigen Taxonomie der Wissenschaftsbereiche, durch einen halbautomatischen Prozess, der auf Verfahren der Verarbeitung natürlicher Sprache beruht. Siehe: Das European Science Vocabulary.

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Programm/Programme

Mehrjährige Finanzierungsprogramme, in denen die Prioritäten der EU für Forschung und Innovation festgelegt sind.

Thema/Themen

Aufforderungen zur Einreichung von Vorschlägen sind nach Themen gegliedert. Ein Thema definiert einen bestimmten Bereich oder ein Gebiet, zu dem Vorschläge eingereicht werden können. Die Beschreibung eines Themas umfasst seinen spezifischen Umfang und die erwarteten Auswirkungen des finanzierten Projekts.

Aufforderung zur Vorschlagseinreichung

Verfahren zur Aufforderung zur Einreichung von Projektvorschlägen mit dem Ziel, eine EU-Finanzierung zu erhalten.

FP7-PEOPLE-2012-IEF
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Finanzierungsplan

Finanzierungsregelung (oder „Art der Maßnahme“) innerhalb eines Programms mit gemeinsamen Merkmalen. Sieht folgendes vor: den Umfang der finanzierten Maßnahmen, den Erstattungssatz, spezifische Bewertungskriterien für die Finanzierung und die Verwendung vereinfachter Kostenformen wie Pauschalbeträge.

MC-IEF - Intra-European Fellowships (IEF)

Koordinator

RUHR-UNIVERSITAET BOCHUM
EU-Beitrag
€ 161 968,80
Adresse
UNIVERSITAETSSTRASSE 150
44801 Bochum
Deutschland

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Region
Nordrhein-Westfalen Arnsberg Bochum, Kreisfreie Stadt
Aktivitätstyp
Higher or Secondary Education Establishments
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Gesamtkosten

Die Gesamtkosten, die dieser Organisation durch die Beteiligung am Projekt entstanden sind, einschließlich der direkten und indirekten Kosten. Dieser Betrag ist Teil des Gesamtbudgets des Projekts.

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