Objectif
"Somatic structural variation (i.e. those structural rearrangements arising in a tumour) is found in almost all cancer genomes studied in detail. Current next-generation sequencing (NGS) strategies allow the identification of genomic structural variation with an unprecedented base pair resolution, revealing a complex landscape of somatic rearrangements in several cancer types. The studies carried out so far have focused upon four main types of rearrangement, namely deletions, amplifications, inversions, and translocations, but the complement of somatic insertions that characterizes cancer genomes remains mostly unexplored. These genomic insertions are mainly caused by transposable elements (TEs) and exogenous viruses, and despite the fact that these sequences can lead to disease little is known about the extent they can generate diversity in somatic cells and contribute to cancer development. Thus, taking advantage of the availability of the sequencing data generated by the international cancer genome consortium (ICGC), the purpose of this project is to use NGS data to explore and characterize the landscape of somatic insertions attributable to TEs and exogenous viruses in human cancer. TASK 1 of this project aims to identify the somatic insertions due to TEs and exogenous viruses in a total of 1,000 human cancer genomes for breast, bone and blood. A unique bioinformatics pipeline will be developed to identify the entire complement of somatic insertions by the analysis of whole-genome sequencing data of these cancers. TASK 2 aims to determine if somatic insertions in Task 1 impact gene function, by investigating the presence of aberrant splicing and/or gene expression and aberrant methylation profiles using RNA sequencing data and whole-genome methylation data. This project will provide essential insights into structural and functional impact of genomic insertions in cancer. This will lead to a better understanding of molecular mechanisms involved in oncogenesis."
Champ scientifique (EuroSciVoc)
CORDIS classe les projets avec EuroSciVoc, une taxonomie multilingue des domaines scientifiques, grâce à un processus semi-automatique basé sur des techniques TLN. Voir: Le vocabulaire scientifique européen.
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- sciences naturelles sciences biologiques microbiologie virologie
- sciences médicales et de la santé médecine clinique oncologie
- sciences naturelles sciences biologiques génétique ARN
- sciences naturelles sciences biologiques génétique génome
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Programme(s)
Programmes de financement pluriannuels qui définissent les priorités de l’UE en matière de recherche et d’innovation.
Programmes de financement pluriannuels qui définissent les priorités de l’UE en matière de recherche et d’innovation.
Thème(s)
Les appels à propositions sont divisés en thèmes. Un thème définit un sujet ou un domaine spécifique dans le cadre duquel les candidats peuvent soumettre des propositions. La description d’un thème comprend sa portée spécifique et l’impact attendu du projet financé.
Les appels à propositions sont divisés en thèmes. Un thème définit un sujet ou un domaine spécifique dans le cadre duquel les candidats peuvent soumettre des propositions. La description d’un thème comprend sa portée spécifique et l’impact attendu du projet financé.
Appel à propositions
Procédure par laquelle les candidats sont invités à soumettre des propositions de projet en vue de bénéficier d’un financement de l’UE.
Procédure par laquelle les candidats sont invités à soumettre des propositions de projet en vue de bénéficier d’un financement de l’UE.
FP7-PEOPLE-2012-IEF
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Régime de financement
Régime de financement (ou «type d’action») à l’intérieur d’un programme présentant des caractéristiques communes. Le régime de financement précise le champ d’application de ce qui est financé, le taux de remboursement, les critères d’évaluation spécifiques pour bénéficier du financement et les formes simplifiées de couverture des coûts, telles que les montants forfaitaires.
Régime de financement (ou «type d’action») à l’intérieur d’un programme présentant des caractéristiques communes. Le régime de financement précise le champ d’application de ce qui est financé, le taux de remboursement, les critères d’évaluation spécifiques pour bénéficier du financement et les formes simplifiées de couverture des coûts, telles que les montants forfaitaires.
Coordinateur
CB10 1SA SAFFRON WALDEN
Royaume-Uni
Les coûts totaux encourus par l’organisation concernée pour participer au projet, y compris les coûts directs et indirects. Ce montant est un sous-ensemble du budget global du projet.