Objetivo
The DNA molecule encodes the genetic information; reading the sequence it carries is of great relevance for biology and medicine. Currently available techniques are able to sequence DNA with high reliability but are very expensive in terms of time and human resources. We will focus on a new method for sequencing that is under intensive experimental investigation. The double helix of the DNA molecule is opened through a mechanical separation of the two strands, and the required force is measured. From the force signal one would like to reconstruct the DNA sequence.
The method is fast, but the force signal is very noisy and the reconstruction of the sequence turns out to be a difficult inference problem. A detailed comprehension of the noise and the design of optimal algorithms for data analysis are mandatory to achieve a reliable sequencing. The project will focus on the theoretical aspects of the method.
We will:
1) investigate the different sources of noise in the context of recent models for the DNA opening;
2) try to obtain theoretical bounds on the amount of information that can be obtained from the mechanical opening experiment as a function of the experimental parameters (resolution, total duration of the experiment, ...);
3) design efficient algorithms to optimise the data analysis in order to get as close as possible to the theoretical bounds;
4) test the algorithms against experimental data on known sequences and attempt to predict unknown sequences.
The project, if successful, will clearly establish the intrinsic limits of the method, in terms of information theory. Our results will be validated through a close collaboration with a leading experimental group in the field and, hopefully, will allow for a reliable mechanical sequencing in a not too far future. We believe that the project will enhance the EU competitivity in the thematic priorities 3 (nanosciences) and 1 (genomics) of the FP6.
Ámbito científico (EuroSciVoc)
CORDIS clasifica los proyectos con EuroSciVoc, una taxonomía plurilingüe de ámbitos científicos, mediante un proceso semiautomático basado en técnicas de procesamiento del lenguaje natural. Véas: El vocabulario científico europeo..
CORDIS clasifica los proyectos con EuroSciVoc, una taxonomía plurilingüe de ámbitos científicos, mediante un proceso semiautomático basado en técnicas de procesamiento del lenguaje natural. Véas: El vocabulario científico europeo..
- ciencias naturales informática y ciencias de la información ciencia de datos
- ciencias naturales ciencias biológicas genética ADN
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Palabras clave
Palabras clave del proyecto indicadas por el coordinador del proyecto. No confundir con la taxonomía EuroSciVoc (Ámbito científico).
Palabras clave del proyecto indicadas por el coordinador del proyecto. No confundir con la taxonomía EuroSciVoc (Ámbito científico).
Programa(s)
Programas de financiación plurianuales que definen las prioridades de la UE en materia de investigación e innovación.
Programas de financiación plurianuales que definen las prioridades de la UE en materia de investigación e innovación.
Tema(s)
Las convocatorias de propuestas se dividen en temas. Un tema define una materia o área específica para la que los solicitantes pueden presentar propuestas. La descripción de un tema comprende su alcance específico y la repercusión prevista del proyecto financiado.
Las convocatorias de propuestas se dividen en temas. Un tema define una materia o área específica para la que los solicitantes pueden presentar propuestas. La descripción de un tema comprende su alcance específico y la repercusión prevista del proyecto financiado.
Convocatoria de propuestas
Procedimiento para invitar a los solicitantes a presentar propuestas de proyectos con el objetivo de obtener financiación de la UE.
Procedimiento para invitar a los solicitantes a presentar propuestas de proyectos con el objetivo de obtener financiación de la UE.
FP6-2005-MOBILITY-5
Consulte otros proyectos de esta convocatoria
Régimen de financiación
Régimen de financiación (o «Tipo de acción») dentro de un programa con características comunes. Especifica: el alcance de lo que se financia; el porcentaje de reembolso; los criterios específicos de evaluación para optar a la financiación; y el uso de formas simplificadas de costes como los importes a tanto alzado.
Régimen de financiación (o «Tipo de acción») dentro de un programa con características comunes. Especifica: el alcance de lo que se financia; el porcentaje de reembolso; los criterios específicos de evaluación para optar a la financiación; y el uso de formas simplificadas de costes como los importes a tanto alzado.
Coordinador
PARIS
Francia
Los costes totales en que ha incurrido esta organización para participar en el proyecto, incluidos los costes directos e indirectos. Este importe es un subconjunto del presupuesto total del proyecto.