Objectif
The DNA molecule encodes the genetic information; reading the sequence it carries is of great relevance for biology and medicine. Currently available techniques are able to sequence DNA with high reliability but are very expensive in terms of time and human resources. We will focus on a new method for sequencing that is under intensive experimental investigation. The double helix of the DNA molecule is opened through a mechanical separation of the two strands, and the required force is measured. From the force signal one would like to reconstruct the DNA sequence.
The method is fast, but the force signal is very noisy and the reconstruction of the sequence turns out to be a difficult inference problem. A detailed comprehension of the noise and the design of optimal algorithms for data analysis are mandatory to achieve a reliable sequencing. The project will focus on the theoretical aspects of the method.
We will:
1) investigate the different sources of noise in the context of recent models for the DNA opening;
2) try to obtain theoretical bounds on the amount of information that can be obtained from the mechanical opening experiment as a function of the experimental parameters (resolution, total duration of the experiment, ...);
3) design efficient algorithms to optimise the data analysis in order to get as close as possible to the theoretical bounds;
4) test the algorithms against experimental data on known sequences and attempt to predict unknown sequences.
The project, if successful, will clearly establish the intrinsic limits of the method, in terms of information theory. Our results will be validated through a close collaboration with a leading experimental group in the field and, hopefully, will allow for a reliable mechanical sequencing in a not too far future. We believe that the project will enhance the EU competitivity in the thematic priorities 3 (nanosciences) and 1 (genomics) of the FP6.
Champ scientifique (EuroSciVoc)
CORDIS classe les projets avec EuroSciVoc, une taxonomie multilingue des domaines scientifiques, grâce à un processus semi-automatique basé sur des techniques TLN. Voir: Le vocabulaire scientifique européen.
CORDIS classe les projets avec EuroSciVoc, une taxonomie multilingue des domaines scientifiques, grâce à un processus semi-automatique basé sur des techniques TLN. Voir: Le vocabulaire scientifique européen.
- sciences naturelles informatique et science de l'information science des données
- sciences naturelles sciences biologiques génétique ADN
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Mots‑clés
Les mots-clés du projet tels qu’indiqués par le coordinateur du projet. À ne pas confondre avec la taxonomie EuroSciVoc (champ scientifique).
Les mots-clés du projet tels qu’indiqués par le coordinateur du projet. À ne pas confondre avec la taxonomie EuroSciVoc (champ scientifique).
Programme(s)
Programmes de financement pluriannuels qui définissent les priorités de l’UE en matière de recherche et d’innovation.
Programmes de financement pluriannuels qui définissent les priorités de l’UE en matière de recherche et d’innovation.
Thème(s)
Les appels à propositions sont divisés en thèmes. Un thème définit un sujet ou un domaine spécifique dans le cadre duquel les candidats peuvent soumettre des propositions. La description d’un thème comprend sa portée spécifique et l’impact attendu du projet financé.
Les appels à propositions sont divisés en thèmes. Un thème définit un sujet ou un domaine spécifique dans le cadre duquel les candidats peuvent soumettre des propositions. La description d’un thème comprend sa portée spécifique et l’impact attendu du projet financé.
Appel à propositions
Procédure par laquelle les candidats sont invités à soumettre des propositions de projet en vue de bénéficier d’un financement de l’UE.
Procédure par laquelle les candidats sont invités à soumettre des propositions de projet en vue de bénéficier d’un financement de l’UE.
FP6-2005-MOBILITY-5
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Régime de financement
Régime de financement (ou «type d’action») à l’intérieur d’un programme présentant des caractéristiques communes. Le régime de financement précise le champ d’application de ce qui est financé, le taux de remboursement, les critères d’évaluation spécifiques pour bénéficier du financement et les formes simplifiées de couverture des coûts, telles que les montants forfaitaires.
Régime de financement (ou «type d’action») à l’intérieur d’un programme présentant des caractéristiques communes. Le régime de financement précise le champ d’application de ce qui est financé, le taux de remboursement, les critères d’évaluation spécifiques pour bénéficier du financement et les formes simplifiées de couverture des coûts, telles que les montants forfaitaires.
Coordinateur
PARIS
France
Les coûts totaux encourus par l’organisation concernée pour participer au projet, y compris les coûts directs et indirects. Ce montant est un sous-ensemble du budget global du projet.