Obiettivo
The DNA molecule encodes the genetic information; reading the sequence it carries is of great relevance for biology and medicine. Currently available techniques are able to sequence DNA with high reliability but are very expensive in terms of time and human resources. We will focus on a new method for sequencing that is under intensive experimental investigation. The double helix of the DNA molecule is opened through a mechanical separation of the two strands, and the required force is measured. From the force signal one would like to reconstruct the DNA sequence.
The method is fast, but the force signal is very noisy and the reconstruction of the sequence turns out to be a difficult inference problem. A detailed comprehension of the noise and the design of optimal algorithms for data analysis are mandatory to achieve a reliable sequencing. The project will focus on the theoretical aspects of the method.
We will:
1) investigate the different sources of noise in the context of recent models for the DNA opening;
2) try to obtain theoretical bounds on the amount of information that can be obtained from the mechanical opening experiment as a function of the experimental parameters (resolution, total duration of the experiment, ...);
3) design efficient algorithms to optimise the data analysis in order to get as close as possible to the theoretical bounds;
4) test the algorithms against experimental data on known sequences and attempt to predict unknown sequences.
The project, if successful, will clearly establish the intrinsic limits of the method, in terms of information theory. Our results will be validated through a close collaboration with a leading experimental group in the field and, hopefully, will allow for a reliable mechanical sequencing in a not too far future. We believe that the project will enhance the EU competitivity in the thematic priorities 3 (nanosciences) and 1 (genomics) of the FP6.
Campo scientifico (EuroSciVoc)
CORDIS classifica i progetti con EuroSciVoc, una tassonomia multilingue dei campi scientifici, attraverso un processo semi-automatico basato su tecniche NLP. Cfr.: Il Vocabolario Scientifico Europeo.
CORDIS classifica i progetti con EuroSciVoc, una tassonomia multilingue dei campi scientifici, attraverso un processo semi-automatico basato su tecniche NLP. Cfr.: Il Vocabolario Scientifico Europeo.
- scienze naturali informatica e scienze dell'informazione scienza dei dati
- scienze naturali scienze biologiche genetica DNA
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Parole chiave
Parole chiave del progetto, indicate dal coordinatore del progetto. Da non confondere con la tassonomia EuroSciVoc (campo scientifico).
Parole chiave del progetto, indicate dal coordinatore del progetto. Da non confondere con la tassonomia EuroSciVoc (campo scientifico).
Programma(i)
Programmi di finanziamento pluriennali che definiscono le priorità dell’UE in materia di ricerca e innovazione.
Programmi di finanziamento pluriennali che definiscono le priorità dell’UE in materia di ricerca e innovazione.
Argomento(i)
Gli inviti a presentare proposte sono suddivisi per argomenti. Un argomento definisce un’area o un tema specifico per il quale i candidati possono presentare proposte. La descrizione di un argomento comprende il suo ambito specifico e l’impatto previsto del progetto finanziato.
Gli inviti a presentare proposte sono suddivisi per argomenti. Un argomento definisce un’area o un tema specifico per il quale i candidati possono presentare proposte. La descrizione di un argomento comprende il suo ambito specifico e l’impatto previsto del progetto finanziato.
Invito a presentare proposte
Procedura per invitare i candidati a presentare proposte di progetti, con l’obiettivo di ricevere finanziamenti dall’UE.
Procedura per invitare i candidati a presentare proposte di progetti, con l’obiettivo di ricevere finanziamenti dall’UE.
FP6-2005-MOBILITY-5
Vedi altri progetti per questo bando
Meccanismo di finanziamento
Meccanismo di finanziamento (o «Tipo di azione») all’interno di un programma con caratteristiche comuni. Specifica: l’ambito di ciò che viene finanziato; il tasso di rimborso; i criteri di valutazione specifici per qualificarsi per il finanziamento; l’uso di forme semplificate di costi come gli importi forfettari.
Meccanismo di finanziamento (o «Tipo di azione») all’interno di un programma con caratteristiche comuni. Specifica: l’ambito di ciò che viene finanziato; il tasso di rimborso; i criteri di valutazione specifici per qualificarsi per il finanziamento; l’uso di forme semplificate di costi come gli importi forfettari.
Coordinatore
PARIS
Francia
I costi totali sostenuti dall’organizzazione per partecipare al progetto, compresi i costi diretti e indiretti. Questo importo è un sottoinsieme del bilancio complessivo del progetto.