Objectif
The understanding of protein folding represents one of the major challenges in molecular biology. Several techniques have been developed to study protein folding, among which the most powerful are single-molecule fluorescence-based methods that allow observing fluctuations in fluorescence properties of individual molecules over time.
Such experiments, although very promising, are still in early stages of development because requirements for high temporal and spatial resolution have to be met simultaneously. Moreover, the possible effects that the extrinsic fluorophores used to label the proteins might have on the folding dynamics are unknown.
In the present project the study of different dye-labelled peptides forming loops and helices by means of computational methods, in particular molecular dynamics (MD) simulation and quantum calculations, is proposed. The MD simulations will be used to aid in interpretation of the experimental results by providing an atomic picture of the events that are responsible for the experimental signal.
Particular attention will be given to the possible interference of the extrinsic dye on the real conformational dynamics of the peptides. This will be achieved by comparing the results from simulations with and without the extrinsic dye.
Moreover, a mixed quantum/classical strategy will be developed in order to reproduce the experimentally derived conformation-dependent fluorescence spectra. Such a synergistic collaboration between experiment and simulation can deliver exciting new insight into protein folding and can improve the interpretation and understanding of experimental data.
The project is intrinsically multidisciplinary as it combines MD simulation of the dye-labelled peptides, statistical mechanics analysis of their folding process and theoretical characterization of the associated fluorescence-signal.
Results from this work can be expected to find applications across a range of fields, e.g. bionanotechnology.
Champ scientifique (EuroSciVoc)
CORDIS classe les projets avec EuroSciVoc, une taxonomie multilingue des domaines scientifiques, grâce à un processus semi-automatique basé sur des techniques TLN. Voir: Le vocabulaire scientifique européen.
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- sciences naturelles informatique et science de l'information science informatique
- sciences naturelles sciences biologiques biochimie biomolécule protéines repliement protéique
- sciences naturelles sciences physiques mécanique classique mécanique statistique
- sciences naturelles sciences biologiques biologie moléculaire
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Mots‑clés
Les mots-clés du projet tels qu’indiqués par le coordinateur du projet. À ne pas confondre avec la taxonomie EuroSciVoc (champ scientifique).
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Programme(s)
Programmes de financement pluriannuels qui définissent les priorités de l’UE en matière de recherche et d’innovation.
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Thème(s)
Les appels à propositions sont divisés en thèmes. Un thème définit un sujet ou un domaine spécifique dans le cadre duquel les candidats peuvent soumettre des propositions. La description d’un thème comprend sa portée spécifique et l’impact attendu du projet financé.
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Appel à propositions
Procédure par laquelle les candidats sont invités à soumettre des propositions de projet en vue de bénéficier d’un financement de l’UE.
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FP6-2005-MOBILITY-5
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Régime de financement
Régime de financement (ou «type d’action») à l’intérieur d’un programme présentant des caractéristiques communes. Le régime de financement précise le champ d’application de ce qui est financé, le taux de remboursement, les critères d’évaluation spécifiques pour bénéficier du financement et les formes simplifiées de couverture des coûts, telles que les montants forfaitaires.
Régime de financement (ou «type d’action») à l’intérieur d’un programme présentant des caractéristiques communes. Le régime de financement précise le champ d’application de ce qui est financé, le taux de remboursement, les critères d’évaluation spécifiques pour bénéficier du financement et les formes simplifiées de couverture des coûts, telles que les montants forfaitaires.
Coordinateur
HEIDELBERG
Allemagne
Les coûts totaux encourus par l’organisation concernée pour participer au projet, y compris les coûts directs et indirects. Ce montant est un sous-ensemble du budget global du projet.