Obiettivo
The understanding of protein folding represents one of the major challenges in molecular biology. Several techniques have been developed to study protein folding, among which the most powerful are single-molecule fluorescence-based methods that allow observing fluctuations in fluorescence properties of individual molecules over time.
Such experiments, although very promising, are still in early stages of development because requirements for high temporal and spatial resolution have to be met simultaneously. Moreover, the possible effects that the extrinsic fluorophores used to label the proteins might have on the folding dynamics are unknown.
In the present project the study of different dye-labelled peptides forming loops and helices by means of computational methods, in particular molecular dynamics (MD) simulation and quantum calculations, is proposed. The MD simulations will be used to aid in interpretation of the experimental results by providing an atomic picture of the events that are responsible for the experimental signal.
Particular attention will be given to the possible interference of the extrinsic dye on the real conformational dynamics of the peptides. This will be achieved by comparing the results from simulations with and without the extrinsic dye.
Moreover, a mixed quantum/classical strategy will be developed in order to reproduce the experimentally derived conformation-dependent fluorescence spectra. Such a synergistic collaboration between experiment and simulation can deliver exciting new insight into protein folding and can improve the interpretation and understanding of experimental data.
The project is intrinsically multidisciplinary as it combines MD simulation of the dye-labelled peptides, statistical mechanics analysis of their folding process and theoretical characterization of the associated fluorescence-signal.
Results from this work can be expected to find applications across a range of fields, e.g. bionanotechnology.
Campo scientifico (EuroSciVoc)
CORDIS classifica i progetti con EuroSciVoc, una tassonomia multilingue dei campi scientifici, attraverso un processo semi-automatico basato su tecniche NLP. Cfr.: Il Vocabolario Scientifico Europeo.
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- scienze naturali informatica e scienze dell'informazione scienze computazionali
- scienze naturali scienze biologiche biochimica biomolecole proteine ripiegamento proteico
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Parole chiave
Parole chiave del progetto, indicate dal coordinatore del progetto. Da non confondere con la tassonomia EuroSciVoc (campo scientifico).
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Programma(i)
Programmi di finanziamento pluriennali che definiscono le priorità dell’UE in materia di ricerca e innovazione.
Programmi di finanziamento pluriennali che definiscono le priorità dell’UE in materia di ricerca e innovazione.
Argomento(i)
Gli inviti a presentare proposte sono suddivisi per argomenti. Un argomento definisce un’area o un tema specifico per il quale i candidati possono presentare proposte. La descrizione di un argomento comprende il suo ambito specifico e l’impatto previsto del progetto finanziato.
Gli inviti a presentare proposte sono suddivisi per argomenti. Un argomento definisce un’area o un tema specifico per il quale i candidati possono presentare proposte. La descrizione di un argomento comprende il suo ambito specifico e l’impatto previsto del progetto finanziato.
Invito a presentare proposte
Procedura per invitare i candidati a presentare proposte di progetti, con l’obiettivo di ricevere finanziamenti dall’UE.
Procedura per invitare i candidati a presentare proposte di progetti, con l’obiettivo di ricevere finanziamenti dall’UE.
FP6-2005-MOBILITY-5
Vedi altri progetti per questo bando
Meccanismo di finanziamento
Meccanismo di finanziamento (o «Tipo di azione») all’interno di un programma con caratteristiche comuni. Specifica: l’ambito di ciò che viene finanziato; il tasso di rimborso; i criteri di valutazione specifici per qualificarsi per il finanziamento; l’uso di forme semplificate di costi come gli importi forfettari.
Meccanismo di finanziamento (o «Tipo di azione») all’interno di un programma con caratteristiche comuni. Specifica: l’ambito di ciò che viene finanziato; il tasso di rimborso; i criteri di valutazione specifici per qualificarsi per il finanziamento; l’uso di forme semplificate di costi come gli importi forfettari.
Coordinatore
HEIDELBERG
Germania
I costi totali sostenuti dall’organizzazione per partecipare al progetto, compresi i costi diretti e indiretti. Questo importo è un sottoinsieme del bilancio complessivo del progetto.