Ziel
The understanding of protein folding represents one of the major challenges in molecular biology. Several techniques have been developed to study protein folding, among which the most powerful are single-molecule fluorescence-based methods that allow observing fluctuations in fluorescence properties of individual molecules over time.
Such experiments, although very promising, are still in early stages of development because requirements for high temporal and spatial resolution have to be met simultaneously. Moreover, the possible effects that the extrinsic fluorophores used to label the proteins might have on the folding dynamics are unknown.
In the present project the study of different dye-labelled peptides forming loops and helices by means of computational methods, in particular molecular dynamics (MD) simulation and quantum calculations, is proposed. The MD simulations will be used to aid in interpretation of the experimental results by providing an atomic picture of the events that are responsible for the experimental signal.
Particular attention will be given to the possible interference of the extrinsic dye on the real conformational dynamics of the peptides. This will be achieved by comparing the results from simulations with and without the extrinsic dye.
Moreover, a mixed quantum/classical strategy will be developed in order to reproduce the experimentally derived conformation-dependent fluorescence spectra. Such a synergistic collaboration between experiment and simulation can deliver exciting new insight into protein folding and can improve the interpretation and understanding of experimental data.
The project is intrinsically multidisciplinary as it combines MD simulation of the dye-labelled peptides, statistical mechanics analysis of their folding process and theoretical characterization of the associated fluorescence-signal.
Results from this work can be expected to find applications across a range of fields, e.g. bionanotechnology.
Wissenschaftliches Gebiet (EuroSciVoc)
CORDIS klassifiziert Projekte mit EuroSciVoc, einer mehrsprachigen Taxonomie der Wissenschaftsbereiche, durch einen halbautomatischen Prozess, der auf Verfahren der Verarbeitung natürlicher Sprache beruht. Siehe: Das European Science Vocabulary.
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- Naturwissenschaften Informatik und Informationswissenschaften Informatik
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- Naturwissenschaften Naturwissenschaften klassische Mechanik statistische Mechanik
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Schlüsselbegriffe
Schlüsselbegriffe des Projekts, wie vom Projektkoordinator angegeben. Nicht zu verwechseln mit der EuroSciVoc-Taxonomie (Wissenschaftliches Gebiet).
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Programm/Programme
Mehrjährige Finanzierungsprogramme, in denen die Prioritäten der EU für Forschung und Innovation festgelegt sind.
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Thema/Themen
Aufforderungen zur Einreichung von Vorschlägen sind nach Themen gegliedert. Ein Thema definiert einen bestimmten Bereich oder ein Gebiet, zu dem Vorschläge eingereicht werden können. Die Beschreibung eines Themas umfasst seinen spezifischen Umfang und die erwarteten Auswirkungen des finanzierten Projekts.
Aufforderungen zur Einreichung von Vorschlägen sind nach Themen gegliedert. Ein Thema definiert einen bestimmten Bereich oder ein Gebiet, zu dem Vorschläge eingereicht werden können. Die Beschreibung eines Themas umfasst seinen spezifischen Umfang und die erwarteten Auswirkungen des finanzierten Projekts.
Aufforderung zur Vorschlagseinreichung
Verfahren zur Aufforderung zur Einreichung von Projektvorschlägen mit dem Ziel, eine EU-Finanzierung zu erhalten.
Verfahren zur Aufforderung zur Einreichung von Projektvorschlägen mit dem Ziel, eine EU-Finanzierung zu erhalten.
FP6-2005-MOBILITY-5
Andere Projekte für diesen Aufruf anzeigen
Finanzierungsplan
Finanzierungsregelung (oder „Art der Maßnahme“) innerhalb eines Programms mit gemeinsamen Merkmalen. Sieht folgendes vor: den Umfang der finanzierten Maßnahmen, den Erstattungssatz, spezifische Bewertungskriterien für die Finanzierung und die Verwendung vereinfachter Kostenformen wie Pauschalbeträge.
Finanzierungsregelung (oder „Art der Maßnahme“) innerhalb eines Programms mit gemeinsamen Merkmalen. Sieht folgendes vor: den Umfang der finanzierten Maßnahmen, den Erstattungssatz, spezifische Bewertungskriterien für die Finanzierung und die Verwendung vereinfachter Kostenformen wie Pauschalbeträge.
Koordinator
HEIDELBERG
Deutschland
Die Gesamtkosten, die dieser Organisation durch die Beteiligung am Projekt entstanden sind, einschließlich der direkten und indirekten Kosten. Dieser Betrag ist Teil des Gesamtbudgets des Projekts.