Objetivo
Glycosaminoglycans (GAGs) are polysulfated linear polysaccharides with a wide range of biological functions, including a key role in the immune response. Protein-GAG interactions are mostly electrostatic in nature, mediated by contacts between the negative ly charged groups of GAGs and positively charged amino acid side-chains. Consequently, oligosaccharides in protein-GAG complexes do not occupy hydrophobic pockets, but sit on the protein surface with only a few intermolecular contacts, making conformational analysis and binding studies challenging. Despite their biological significance, at present an atomic level of detail for protein-heparin complexes is provided by a limited number of crystal structures and NMR studies (where heparin is used as a model fo r more-heterogeneous GAGs), whilst the experimental conformations of free GAGs in solution have been exclusively obtained by NMR.
These studies suggest that typically 4-6 carbohydrate rings are in close contact with the protein surface and in the majority of cases, helical conformations very close to those found for free heparin in solution are preserved. However, models of GAG-protein complexes are emerging that involve much longer chains and/or their interactions spanning several protein subunits. Two approaches to the selective chemical functionalisation (tagging) of GAGs will be used by the EIF Fellow; using new synthetic methodology recently developed at Edinburgh.
In the first, the dual introduction of fluorescent labels will allow conformational studies of GAGs in solution, and bound to proteins, by time-resolved fluorescence resonance energy transfer (TR-FRET). In the second, the attachment of paramagnetic moieties to either the reducing, or non-reducing, end of GAGs, and observation of the effect of this on protein atoms by NMR, will allow distances between the two molecules to be inferred and the binding position of the GAG oligosaccharide on a protein surface to be determined.
Ámbito científico (EuroSciVoc)
CORDIS clasifica los proyectos con EuroSciVoc, una taxonomía plurilingüe de ámbitos científicos, mediante un proceso semiautomático basado en técnicas de procesamiento del lenguaje natural. Véas: El vocabulario científico europeo..
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- ingeniería y tecnología ingeniería de materiales cristales
- ciencias médicas y de la salud medicina clínica oftalmología
- ciencias naturales ciencias biológicas bioquímica biomoléculas carbohidratos
- ciencias naturales ciencias químicas química orgánica aminas
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Palabras clave
Palabras clave del proyecto indicadas por el coordinador del proyecto. No confundir con la taxonomía EuroSciVoc (Ámbito científico).
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Programa(s)
Programas de financiación plurianuales que definen las prioridades de la UE en materia de investigación e innovación.
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Tema(s)
Las convocatorias de propuestas se dividen en temas. Un tema define una materia o área específica para la que los solicitantes pueden presentar propuestas. La descripción de un tema comprende su alcance específico y la repercusión prevista del proyecto financiado.
Las convocatorias de propuestas se dividen en temas. Un tema define una materia o área específica para la que los solicitantes pueden presentar propuestas. La descripción de un tema comprende su alcance específico y la repercusión prevista del proyecto financiado.
Convocatoria de propuestas
Procedimiento para invitar a los solicitantes a presentar propuestas de proyectos con el objetivo de obtener financiación de la UE.
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FP6-2005-MOBILITY-5
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Régimen de financiación
Régimen de financiación (o «Tipo de acción») dentro de un programa con características comunes. Especifica: el alcance de lo que se financia; el porcentaje de reembolso; los criterios específicos de evaluación para optar a la financiación; y el uso de formas simplificadas de costes como los importes a tanto alzado.
Régimen de financiación (o «Tipo de acción») dentro de un programa con características comunes. Especifica: el alcance de lo que se financia; el porcentaje de reembolso; los criterios específicos de evaluación para optar a la financiación; y el uso de formas simplificadas de costes como los importes a tanto alzado.
Coordinador
EDINBURGH
Reino Unido
Los costes totales en que ha incurrido esta organización para participar en el proyecto, incluidos los costes directos e indirectos. Este importe es un subconjunto del presupuesto total del proyecto.