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CORDIS - Résultats de la recherche de l’UE
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Contenu archivé le 2024-05-29

Environmental and meta-genomics - a bioinformatic system to detect and assign functions to habitat specific gene patterns

Objectif

More than 99% of the microbial diversity on earth still resists cultivation. To exploit this nearly inexhaustible natural resource of new genes and functions direct cloning and sequencing of large DNA fragments from the environment (the metagenome) is the ongoing goal of many researchers worldwide. Nevertheless, more than 50 to 70% of the genes currently found on the genomes and metagenomes lack functional assignments, representing so called hypothetical genes. This shortcoming will be addressed by our new integrative approach that correlates possible gene functions by taking into account habitat specific data and global patterns of gene distribution. First approaches to map biodiversity of cultivated microorganisms and correlate it with ecological and geogr aphical data have already been published, but without genomic data. Independently, the existence of clusters of genes across genomes is documented. No methodology or database integrates these two kinds of information in a single concept at this time. There fore the time is ripe to develop a new integrative system combining genomic and ecological data by using Geographic Information Systems (GIS) in a "Metagenomes Mapserver". The project will result in a new basic technology to systematically store, analyse, visualize and evaluate ecological, geographical and genomic data together. A proof of usefulness will already be given in the proposed project, as data on the carbon and sulfur-cycles will be linked with genomic data from specific sites to predict gene pat terns with potential functions involved in these globally important processes. This proposal is ideally suited for the high risk/high impact NEST program as it cuts across several scientific disciplines and only a few institutes worldwide can develop such a system (high risk). Once it has been installed and its usefulness proven, new areas of scientific development in data mining for environmental monitoring and biotechnology will be possible (high impact)

Champ scientifique (EuroSciVoc)

CORDIS classe les projets avec EuroSciVoc, une taxonomie multilingue des domaines scientifiques, grâce à un processus semi-automatique basé sur des techniques TLN. Voir: Le vocabulaire scientifique européen.

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Mots‑clés

Les mots-clés du projet tels qu’indiqués par le coordinateur du projet. À ne pas confondre avec la taxonomie EuroSciVoc (champ scientifique).

Programme(s)

Programmes de financement pluriannuels qui définissent les priorités de l’UE en matière de recherche et d’innovation.

Thème(s)

Les appels à propositions sont divisés en thèmes. Un thème définit un sujet ou un domaine spécifique dans le cadre duquel les candidats peuvent soumettre des propositions. La description d’un thème comprend sa portée spécifique et l’impact attendu du projet financé.

Appel à propositions

Procédure par laquelle les candidats sont invités à soumettre des propositions de projet en vue de bénéficier d’un financement de l’UE.

FP6-2003-NEST-A
Voir d’autres projets de cet appel

Régime de financement

Régime de financement (ou «type d’action») à l’intérieur d’un programme présentant des caractéristiques communes. Le régime de financement précise le champ d’application de ce qui est financé, le taux de remboursement, les critères d’évaluation spécifiques pour bénéficier du financement et les formes simplifiées de couverture des coûts, telles que les montants forfaitaires.

NoE - Network of Excellence

Coordinateur

MAX-PLANCK-GESELLSCHAFT ZUR FOERDERUNG DER WISSENSCHAFTEN E.V.; REPRESENTED BY MAX PLANCK INSTITUTE FOR MARINE MICROBIOLOGY
Contribution de l’UE
Aucune donnée
Coût total

Les coûts totaux encourus par l’organisation concernée pour participer au projet, y compris les coûts directs et indirects. Ce montant est un sous-ensemble du budget global du projet.

Aucune donnée

Participants (3)

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